In der Wintersession 2020 beugte sich der Ständerat ein zweites Mal über die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zur Einführung der E-Vignette. Nach dieser Debatte bestanden noch immer zwei Differenzen zum Nationalrat. Die erste Differenz wurde mit der Zustimmung zu einem Minderheitsantrag Herzog (sp, BS) aufrecht erhalten. Durch diesen beschloss der Ständerat, den Verkauf der Klebevignette im Ausland einzustellen. Auch Bundesrat Maurer sprach sich in der Debatte für diesen Minderheitsantrag aus, resultiere durch diesen doch eine Einsparung von CHF 8 Mio. pro Jahr. Die zweite Differenz betraf die Kontrollen zur Durchsetzung der Abgabe. Hier schlug die kleine Kammer vor, dass die Kantone selber entscheiden können, ob sie nebst mobilen Geräten auch feste Anlagen für die automatisierten Kontrollen einsetzen wollen. Mit diesen Differenzen ging das Geschäft zurück an den Nationalrat.

Die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zwecks Einführung einer freiwilligen digitalen Vignette wurde in der Wintersession 2019 im Ständerat traktandiert. Der Erstrat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm, nachdem sowohl Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) wie auch Bundesrat Ueli Maurer dem Rat versichert hatten, es gebe keine Datenschutzproblematik in der vorliegenden Regelung, die Vorlage mit 39 gegen 2 Stimmen (ohne Enthaltungen) an.
Zudem schrieb der Ständerat die Motion KVF-SR für die Einführung einer elektronischen Vignette (Mo. 16.3009) ab, welche im Rahmen der Debatte zum Nationalstrassenfonds im März bzw. Juni 2016 angenommen worden war und welche gemäss Regierung mit der nun behandelten bundesrätlichen Vorlage erfüllt sei.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund war im Ständerat kaum bestritten und auch im Vorfeld an die Plenardebatte in der grossen Kammer wurden die Zeichen auf grün gesetzt. Das auf eine Motion Eder (fdp, ZG) zurück gehende Anliegen fand einstimmige Unterstützung in der sicherheitspolitischen Kommission des Nationalrates. Sie kam nach Gesprächen mit Cybersicherheits-Fachpersonen aus der Bundesverwaltung sowie unter Berücksichtigung der bereits laufenden Arbeiten im Bereich der Nationalen Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyberrisiken (NCS) und dem entsprechenden Aktionsplan zum Schluss, dass die Motion unterstützt werden soll, denn tiefer greifende Koordination sei im Cyberbereich notwendig. Ein Kompetenzzentrum für Cybersicherheit sei hierzu der richtige Weg.
Kommissionssprecher Glättli (gp, ZH) präzisierte in seiner Einleitung zur Debatte, dass die MELANI nur über beschränkte Personalressourcen verfüge und zudem ihr Auftrag limitiert sei. MELANI, als verwaltungsinterne Koordinationsstelle auch für Cyberkriminalität zuständig, leiste gute Arbeit, so Glättli weiter, es bedürfe aber weiter reichender Kompetenzen für ein eigentliches Kompetenzzentrum. Der anwesende Bundesrat Maurer vertrat auch im Nationalrat die ablehnende Haltung des Siebnerkollegiums: Es werde bereits viel im Cyberbereich unternommen und diverse Expertengruppen würden bald ihre Arbeiten abschliessen. Insofern bat Maurer die Nationalrätinnen und Nationalräte, nicht vorzugreifen. Im Wesentlichen zielten die gegenwärtig angestossenen Prozesse in die gleiche Richtung, wie der Motionär vorgebe, und dies ohne Aufblähung der Verwaltung. Letzteres befürchtete Maurer, falls eine zusätzliche Verwaltungseinheit geschaffen werden müsste. Kommissionssprecher Glättli entgegnete hierauf, dass mit der Motion noch keine operativen Beschlüsse gefasst und die Ausgestaltung und Umsetzung eines solchen Cyber-Kompetenzzentrums Gegenstand weiterer Diskussionen sein würden.
Das Ratsplenum folgte seiner Kommission und hiess die Motion mit 177 zu 2 Stimmen ohne Enthaltungen deutlich gut.

Zeitgleich mit Josef Dittli (cvp, UR) reichte auch Ständerat Eder (fdp, ZG) eine Motion zu Cyber-Fragen ein. Er fokussierte jedoch nicht auf Armeestrukturen, sondern regte generell die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund an. Im Laufe der Überprüfung der NCS solle der Bund Massnahmen in die Wege leiten, um eine solche Organisationseinheit zu schaffen. Eder schwebte eine Koordinationsstelle vor, die bundesweit die Vorgänge im Bereich der Cybersicherheit überwacht und fördert, die jedoch ferner auch eine Weisungsbefugnis gegenüber den Ämtern erhalten solle. Die Notwendigkeit einer solchen Stelle leitete Eder aus früheren parlamentarischen Vorstössen sowie dem Geschäftsbericht des Bundesrates über das vergangene Jahr ab, wo klar geworden sei, dass noch zu wenig für die Cybersicherheit gemacht werde. Wie sein Ratskollege Dittli regte Eder eine Zusammenarbeit mit Wissenschaft und Hochschulen sowie der IT-Branche an.

Der Bundesrat teilte die Auffassung, dass der Cyberbereich eine Koordinationsstelle braucht. Zusammen mit MELANI sei eine solche Stelle jedoch bereits geschaffen worden. Das Know-how sei vorhanden und die geforderte Weisungsbefugnis sei auch bereits erteilt worden. Bei grösseren Cybervorfällen würden departementsübergreifende Task-Forces eingesetzt, um Kräfte zu bündeln. Die Bedrohung werde zunehmen – dessen war sich auch die Regierung sicher – und die Anforderungen an die Durchhaltefähigkeit der zuständigen Stellen steige im Ereignisfall. Ein Koordinationszentrum, wie es in der Motion gefordert wird, sei entsprechend fachlich und personell weiterzuentwickeln. Genau dies werde in der Weiterentwicklung der NCS angestrebt, weswegen der Bundesrat die Ablehnung der Motion beantrage.

Anders sah dies der Ständerat. Die Motion wurde mit 41 zu 4 Stimmen deutlich angenommen. Der Abstimmung ging jedoch eine längere Debatte voraus, die rasch verdeutlichte, dass der Bundesrat allein auf weiter Flur stand. Der Motionär selbst eröffnete die Beratungen mit seiner Erstaunensbekundung: Zwar sage die Regierung, sie wolle die Kompetenzen zur Cyberabwehr verstärken und koordinieren, aber die Motion wolle sie nicht zur Annahme empfehlen. Das passe nicht zusammen und das gehe auch für andere Mitunterzeichnende (22 an der Zahl) nicht auf. Verdeutlichen konnte er sein Anliegen mit eben bekannt gewordenen Angriffen auf zwei Departemente. Die Meinung. dass die Meldestelle MELANI bereits Aufgaben im Cyberbereich wahrnehme, teilte der Motionär nicht. Deren Arbeit stellte er nicht infrage, aber in der noch gültigen Cyberstrategie des Bundes komme das Wort "Cybersecurity-Kompetenzzentrum nicht ein einziges Mal vor." Daraufhin hielt er ein eigentliches Plädoyer für die Sache, man müsse endlich handeln – die beiden ETH stünden bereit. Weitere Redner pflichteten Eder (fdp, ZG) bei. Besonders Vertreter der SP sprachen sich dabei für einen Ausbau der Cyberabwehr aus, durchaus auch zu Lasten von anderen Abwehrprogrammen (Rüstung). Erich Ettlin (cvp, OW) fand die Debatte dann "fast schon langweilig", weil sich alle einig waren. Alle ausser Bundesrat Maurer, der die Regierung vertrat. Sein langes Votum – im Wesentlichen zeigte er die bisher angewendeten Vorgänge und Massnahmen auf und die Tatsache, dass kaum eine Bundesratssitzung ohne Cyber-Thema abgehalten werde – schloss er mit dem Appell, man solle die Regierung und MELANI nicht unterschätzen. Das Plenum wollte jedoch ganz offensichtlich ein Zeichen setzen und die Arbeiten im Cyberbereich dergestalt bündeln, dass eine zentrale Stelle die Koordination übernimmt.