In der Wintersession 2020 beugte sich der Ständerat ein zweites Mal über die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zur Einführung der E-Vignette. Nach dieser Debatte bestanden noch immer zwei Differenzen zum Nationalrat. Die erste Differenz wurde mit der Zustimmung zu einem Minderheitsantrag Herzog (sp, BS) aufrecht erhalten. Durch diesen beschloss der Ständerat, den Verkauf der Klebevignette im Ausland einzustellen. Auch Bundesrat Maurer sprach sich in der Debatte für diesen Minderheitsantrag aus, resultiere durch diesen doch eine Einsparung von CHF 8 Mio. pro Jahr. Die zweite Differenz betraf die Kontrollen zur Durchsetzung der Abgabe. Hier schlug die kleine Kammer vor, dass die Kantone selber entscheiden können, ob sie nebst mobilen Geräten auch feste Anlagen für die automatisierten Kontrollen einsetzen wollen. Mit diesen Differenzen ging das Geschäft zurück an den Nationalrat.

In der Wintersession 2020 behandelten National- und Ständerat nach dem Nachtrag I, dem Nachtrag IIa und dem Nachtrag IIb schliesslich den zweiten ordentlichen Nachtrag zum Voranschlag 2020. Dabei ging es um ordentlich verbuchte nachträgliche Kosten des Jahres 2020, nicht um die bereits im Nachtrag IIa und IIb abgesegneten ausserordentlichen Corona-bedingten Kosten. Insgesamt lagen zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. vor, wobei 80 Prozent des gesamten beantragten Nachtragskredits auf die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.) entfielen. Die Kosten der Ergänzungsleistungen seien in den Kantonen höher ausgefallen als geplant, weshalb auch die diesbezüglichen Kosten für den Bund gestiegen seien, wie Finanzminister Maurer erklärte. Er sah dies als erstes Anzeichen dafür, dass sich die Situation bei den Ergänzungsleistungen verschärfen könnte und Kantone und Gemeinden hier Probleme bekommen könnten. Keiner der Nachträge war umstritten, die FK-NR und die FK-SR hatten sie zuvor einstimmig angenommen – sie fielen denn ob den bereits genehmigten Budgetnachträgen 2020 in der Höhe von CHF 31.9 Mrd. auch kaum ins Gewicht. Zudem konnte die Schuldenbremse 2020 bei einem erlaubten Defizit von CHF 3.4 Mrd. problemlos eingehalten werden, da ein Grossteil der Corona-bedingten Kosten als ausserordentliche Ausgaben verbucht worden waren und somit die Schuldenbremse nicht belasteten. Einstimmig lösten Nationalrat und Ständerat die dafür nötige Ausgabenbremse und nahmen den Bundesbeschluss über den Nachtrag II zum Voranschlag 2020 an (Nationalrat: 183 zu 0 Stimmen; Ständerat: 39 zu 0 Stimmen).

Die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zwecks Einführung einer freiwilligen digitalen Vignette wurde in der Wintersession 2019 im Ständerat traktandiert. Der Erstrat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm, nachdem sowohl Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) wie auch Bundesrat Ueli Maurer dem Rat versichert hatten, es gebe keine Datenschutzproblematik in der vorliegenden Regelung, die Vorlage mit 39 gegen 2 Stimmen (ohne Enthaltungen) an.
Zudem schrieb der Ständerat die Motion KVF-SR für die Einführung einer elektronischen Vignette (Mo. 16.3009) ab, welche im Rahmen der Debatte zum Nationalstrassenfonds im März bzw. Juni 2016 angenommen worden war und welche gemäss Regierung mit der nun behandelten bundesrätlichen Vorlage erfüllt sei.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

In der Frühjahrssession 2017 gab es bezüglich des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 noch vier Differenzen zu klären. Eine erste bereinigte der Nationalrat, indem er dem Minderheitsantrag Maire (sp, NE) folgte und auf die zusätzliche Kürzung der Beiträge an die Regionalpolitik um CHF 10 Mio. verzichtete. Maire hatte den Nationalrat zuvor aufgefordert, sich mit den wirtschaftlich weniger privilegierten Regionen solidarisch zu zeigen und diese Beiträge nicht zu kürzen. Die neue Regionalpolitik sei für diese Regionen sehr wichtig, da sie ihnen zum Beispiel erlaube, ihre Industrie mithilfe von Innovationsprojekten zu diversifizieren oder die Attraktivität ihrer Region durch Tourismusprojekte zu steigern. Demgegenüber übte zum Beispiel Albert Vitali (fdp, LU) allgemeine Kritik an der Regionalpolitik, da diese – als Anschubfinanzierung für Projekte gedacht – zunehmend zu deren Dauerfinanzierung verwendet würde. Entsprechend sei eine grundsätzliche Überarbeitung notwendig, welche man über die Finanzen steuern könne. Bundesrat Maurer entgegnete, dass es beim Stabilisierungsprogramm lediglich um die Speisung des Fonds und nicht um die Ausgestaltung der Regionalpolitik gehe. Der Fonds sei zwar gut bestückt und würde eine Reduktion verkraften, da es hier jedoch um einen vergleichsweise geringen Betrag gehe, wäre die geplante zusätzliche Reduktion ein unnötiges negatives Signal an die Randregionen. Mit 96 zu 93 Stimmen bei 3 Enthaltungen pflichtete der Nationalrat der Minderheit Maire knapp bei und lehnte die zusätzliche Reduktion ab.

Eine weitere Differenz bereinigte der Ständerat in der nächsten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens. Die FK-SR hatte beantragt, dem Nationalrat bei den Sparanstrengungen im Eigenbereich entgegenzukommen, nachdem noch einmal klar gestellt worden war, dass die Zollstellen in Bargen, Ponte Tresa, Thônex-Vallard, St. Gallen und Buchs erhalten bleiben würden. Zudem hatte der Bundesrat am 22. Februar 2017 seinerseits für den Voranschlag 2018 Einsparungen im Eigenbereich von CHF 150 Mio. beschlossen – bat das Parlament bei dieser Gelegenheit jedoch darum, ihm die Freiheit zu geben, selbst zu entscheiden, wo diese Sparmassnahmen am ehesten möglich sind. Der Ständerat stimmte in der Folge dem Nationalrat in diesem Punkt mit 33 zu 9 Stimmen zu.

Da der Nationalrat in der letzten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens die verbliebenen zwei Differenzen nicht klären konnte, musste eine Einigungskonferenz einberufen werden. Offen geblieben waren die zwei Differenzen, von denen der Ständerat in den vorangegangenen Beratungen befürchtet hatte, dass sich die Sparanstrengungen des Bundes negativ auf die Kantonsfinanzen auswirken könnten. So wollten Bundesrat und Nationalrat Integrationsbeiträge an die Kantone in der Höhe von CHF 23,3 Mio. streichen, die – so die Befürchtung einer Mehrheit des Ständerats – stattdessen durch die Kantone hätten aufgebracht werden müssen. Bundesrat Maurer betonte im Rahmen der Parlamentsdebatte jedoch, dass es sich dabei weniger um eine Ausgabenreduktion als um eine Ausgabenverschiebung handle. So schaffe der Bundesrat zwar Unterstützungsmassnahmen mit schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis ab, erarbeite gleichzeitig aber auch neue, effizientere Projekte. Diese zielten insbesondere auf eine bessere Integration der neu angekommenen Asylbewerber durch Sprachkurse und eine Integrationsvorlehre ab. Auch die Reduktion des Bundesbeitrags an die Prämienverbilligung von 7,5 auf 7,3 Prozent sei gemäss Bundesrat Maurer keine Lastenverschiebung hin zu den Kantonen, da der Beitrag erst nach Annahme der Änderung des Ergänzungsleistungsgesetzes reduziert werden würde. Diese Änderung würde es den Kantonen erlauben, die dort eingesparten Gelder für die Prämienverbilligung einzusetzen. Als Kompromiss beschloss die Einigungskonferenz, dem Nationalrat bezüglich der Kürzung der Integrationskosten und dem Ständerat bezüglich den Kürzungen der Beiträge an die Prämienverbilligung zu folgen. Entsprechend werden einige bisherige Integrationsprogramme durch neue, effizientere Programme ersetzt. Gleichzeitig wird bezüglich des Bundesanteils an die Prämienverbilligung das Ergebnis der Ergänzungsleistungsreform abgewartet, in deren Rahmen diese Problematik nochmals besprochen werden soll. Die Einigungskonferenz nahm diesen Vorschlag mit 25 zu 1 Stimme an und die beiden Parlamentskammern folgten ihrem Votum: In der Schlussabstimmung sprachen sich der Ständerat mit 36 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung und der Nationalrat mit 139 zu 55 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die finale Version des Stabilisierungsprogrammes aus.