In der Wintersession 2020 beugte sich der Ständerat ein zweites Mal über die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zur Einführung der E-Vignette. Nach dieser Debatte bestanden noch immer zwei Differenzen zum Nationalrat. Die erste Differenz wurde mit der Zustimmung zu einem Minderheitsantrag Herzog (sp, BS) aufrecht erhalten. Durch diesen beschloss der Ständerat, den Verkauf der Klebevignette im Ausland einzustellen. Auch Bundesrat Maurer sprach sich in der Debatte für diesen Minderheitsantrag aus, resultiere durch diesen doch eine Einsparung von CHF 8 Mio. pro Jahr. Die zweite Differenz betraf die Kontrollen zur Durchsetzung der Abgabe. Hier schlug die kleine Kammer vor, dass die Kantone selber entscheiden können, ob sie nebst mobilen Geräten auch feste Anlagen für die automatisierten Kontrollen einsetzen wollen. Mit diesen Differenzen ging das Geschäft zurück an den Nationalrat.

Die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zwecks Einführung einer freiwilligen digitalen Vignette wurde in der Wintersession 2019 im Ständerat traktandiert. Der Erstrat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm, nachdem sowohl Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) wie auch Bundesrat Ueli Maurer dem Rat versichert hatten, es gebe keine Datenschutzproblematik in der vorliegenden Regelung, die Vorlage mit 39 gegen 2 Stimmen (ohne Enthaltungen) an.
Zudem schrieb der Ständerat die Motion KVF-SR für die Einführung einer elektronischen Vignette (Mo. 16.3009) ab, welche im Rahmen der Debatte zum Nationalstrassenfonds im März bzw. Juni 2016 angenommen worden war und welche gemäss Regierung mit der nun behandelten bundesrätlichen Vorlage erfüllt sei.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Der Nationalrat hatte im Mai 2018 über die Motion der KVF-SR betreffend die übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern zu entscheiden. Eine Mehrheit der KVF-NR beantragte, dem Ständerat zu folgen und die Motion anzunehmen. Eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) wollte die Motion hingegen ablehnen, da sie «zu gravierenden Verzerrungen und zu nichtnachvollziehbaren unterschiedlichen Steuerbelastungen» führe und das Gebot der Gleichbehandlung aller Steuerpflichtigen verletze. Auch Bundesrat Maurer bat im Rat darum, das Geschäft «schicklich zu beerdigen». Mit der gegenwärtigen Lösung sei der administrative Aufwand bereits etwas verkleinert und das System habe sich so schon eingespielt. Mit der Motion würden nur neue Ungerechtigkeiten geschaffen. Diese Bedenken teilten nur die SP, die Grünen, die Grünliberalen und einzelne Stimmende aus der CVP: Mit 117 zu 65 Stimmen (1 Enthaltung) nahm der Nationalrat die Motion an.

Eine Motion von Nationalrätin Flückiger-Bäni (svp, AG) forderte, dass für sämtliche Wartungs- und Betriebskosten im Zusammenhang mit dem LSVA-Erfassungsgerät nicht wie heute der Fahrzeughalter, sondern der Bund aufkommen müsse. Im März 2018 kam die Motion in den Nationalrat. Bundesrat Maurer, der ein Nullsummenspiel ausmachte und erklärte, was der Bund durch die Übernahme der Wartungskosten weniger aus der LSVA einnehme, fehle dann beim Strassenunterhalt, musste sich von Nationalrat Giezendanner (svp, AG) belehren lassen, dass die LSVA-Mittel zur Bahn flössen und nicht in den Strassenunterhalt. Die Motion wurde dennoch mit 66 zu 124 Stimmen (3 Enthaltungen) abgelehnt.

Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Im Februar 2017 behandelte der Nationalrat die Motion Ettlin (cvp, OW). Der Motionär hatte in der im Rahmen von FABI in Kraft getretenen Beschränkung des Fahrkostenabzugs eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern ausgemacht, die er mittels Motion aufheben wollte. Der Ständerat hatte die Motion im September 2016 angenommen. Die nationalrätliche Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-NR) beantragte ihrem Rat, eine abgeänderte Fassung der Motion anzunehmen. Diese Fassung sah vor, dass der Bundesrat gesetzliche Änderungen vorschlagen würde, damit auf Verwaltungsstufe ein Einkommensteil für die Nutzung des Geschäftsfahrzeugs für den Arbeitsweg mit den 9,6 Prozent des Fahrzeugkaufpreises für die private Nutzung des Geschäftsfahrzeugs mitabgegolten werden kann. Die vorgeschlagene Lösung soll erreichen, dass der administrative Aufwand für KMU und die steuerliche Belastung für Inhaber eines Geschäftsfahrzeugs entscheidend kleiner würde. Eine Kommissionsminderheit Birrer-Heimo (sp, LU) beantragte dem Rat die Ablehnung der Motion und berief sich dabei auf den Volkswillen, der in der Abstimmung über FABI eine Begrenzung des Pendlerabzugs für alle Steuerpflichtigen gleichermassen zum Ausdruck gebracht habe. Wie schon in der Debatte im Ständerat versuchte auch Finanzminister Maurer, den Rat zur Ablehnung der Motion zu bewegen. Mit 121 Stimmen aus den bürgerlichen Fraktionen gegen 57 Stimmen von SP, Grünen und GLP (bei 6 Enthaltungen) nahm der Rat jedoch die Fassung seiner WAK an.

Eine im Dezember 2015 von Ständerat Erich Ettlin (cvp, OW) eingereichte Motion richtete sich gegen eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern. Im Rahmen der FABI war 2014 der steuerliche Fahrkostenabzug auf CHF 3000 plafoniert worden. Um den Fahrkostenabzug war in der FABI-Debatte heftig gekämpft worden, doch mit der Annahme der FABI-Vorlage durch das Stimmvolk im Februar 2014 galt ein maximaler Fahrkostenabzug von CHF 3000. Im Sinne einer Gleichbehandlung aller Steuerpflichtigen plante die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Praxisänderung, die den maximalen Fahrkostenabzug auch für Inhaber von Geschäftsfahrzeugen berücksichtigt. Weil zwischen Arbeitsweg und Aussendienst unterschieden wird, steigt gemäss Ettlin der administrative Aufwand für Arbeitgeber und -nehmer übermässig an. Weil die Fahrkosten, die CHF 3000 übersteigen, den Arbeitnehmern mit Geschäftsfahrzeug neu als Einkommen angerechnet werden, droht diesen zudem eine höhere Steuerrechnung. Motion Ettlin fordert den Bundesrat auf, die Steuerverwaltung anzuweisen, diese Praxis nicht umzusetzen. Am 3. März 2016 nahm sich der Ständerat der Motion an. Ein Ordnungsantrag von Claude Hêche (sp, JU) wollte die Motion an die Kommission für Wirtschaft und Abgaben zurückweisen. Der Ordnungsantrag Hêche wurde bei 21 zu 21 Stimmen mit dem Stichentscheid des Präsidenten Comte (fdp, NE) angenommen.
Am 27. September 2016 kam die kleine Kammer auf das Geschäft zurück. Die Kommission empfahl dem Rat mit 6 zu 5 Stimmen die Ablehnung der Motion mit der Begründung, die Gleichbehandlung der Steuerpflichtigen sei mit der neuen Praxis gewährleistet und der Aufwand zu bewältigen. Bundesrat Maurer stiess ins selbe Horn und betonte, es sei ausgiebig nach der einfachsten Lösung gesucht worden und die Annahme der Motion führe kaum zu einer weniger aufwändigen Praxis. Trotzdem folgte der Rat der Minderheit Wicki (fdp, NW) und nahm die Motion bei 3 Enthaltungen mit 19 zu 18 Stimmen an.