Lors de la session d’été, le Conseil des Etats s’est saisi de la vue d’ensemble du fonds destiné à la réalisation des projets d’infrastructure des transports publics (FTP) et le futur développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). Le projet contient notamment le crédit actualisé de la NLFA pour un montant de CHF 19,1 milliards, la planification et le financement (à hauteur de CHF 5,2 milliards) de la première étape du ZEB, ainsi qu’un crédit de CHF 40 millions pour l’élaboration d’un future message ZEB 2, concédé après les vives critiques émises par les cantons lors de la consultation de l’année précédente. Le Conseil des Etats a pour l’essentiel approuvé la planification et les modalités de financement prévues par le Conseil fédéral. Lors de l’examen du projet de loi sur le développement de l’infrastructure ferroviaire (LDIF), les sénateurs ont approuvé un amendement de leur CTT contraignant le gouvernement à présenter aux chambres un projet concernant les étapes ultérieures du ZEB (ZEB 2) d’ici à 2010. Surtout, par 26 voix contre 12, ils ont introduit dans la LDIF une liste des mesures que le Conseil fédéral devra étudier et dans laquelle figurent notamment l’étoffement du Pied sud du Jura et de la ligne Lausanne–Genève, l’accélération du tronçon Lucerne–Zurich (avec et sans le tunnel de base du Zimmerberg II), ainsi que des améliorations de cadences sur les lignes Berne–Viège, Bienne–Bâle, Bienne–Zurich, Zurich–Coire, etc. Suivant la majorité de sa commission, la chambre haute a en outre chargé le Conseil fédéral de prévoir des versements supplémentaires au FTP afin de financer les projets susmentionnés. Dans le même registre, elle a approuvé des amendements Burkhalter (prd, NE) et Schweiger (prd, ZG) visant à élargir les possibilités de financement à des partenariats public-privé. Au vote sur l’ensemble, le projet modifié de LDIF a été approuvé à l’unanimité. Concernant le crédit d’ensemble pour le ZEB 1, le Conseil des Etats a décidé, par 19 voix contre 13, de l’accroître de CHF 200 millions afin de pallier les conséquences négatives des travaux du ZEB sur le trafic régional, notamment en matière de correspondance avec le trafic longue distance. Les autres actes du projet ont été adoptés à l’unanimité et sans modification.

La CTT-CN ayant pris du retard, le Conseil national s’est d’abord saisi du projet d’arrêté concernant l’adaptation du crédit d’ensemble pour la NLFA, afin d’éviter une interruption des travaux en cours. Après avoir rejeté, par 124 voix contre 48, une proposition de renvoi issue du groupe UDC, le plénum a débattu un amendement Binder (udc, ZH) visant à augmenter le crédit de CHF 1,2 milliard afin de réintroduire dans la NLFA le tunnel du Zimmerberg. Malgré le soutien unanime du groupe UDC ainsi que de députés PDC et PRD, cette proposition a été balayée par 130 voix contre 51. Au vote sur l’ensemble, l’arrêté a été approuvé par 172 voix contre 7. Lors de la session d’hiver, la chambre basse s’est penchée sur les autres projets. Elle a suivi la chambre des cantons concernant l’augmentation de CHF 200 millions du crédit alloué au ZEB 1. Lors de l’examen du projet de LDIF, le plénum a suivi le Conseil des Etats sur toutes les questions essentielles. Par contre, il s’en est clairement écarté au sujet de la réduction du crédit destiné aux mesures antibruit. Le Conseil des Etats a en effet approuvé la baisse de CHF 1,854 à 1,33 milliard proposée par le gouvernement et justifiée par les progrès réalisés au niveau des émissions sonores du matériel roulant. Le Conseil national a cependant suivi sa CTT et refusé d’entrer en matière sur le projet d’arrêté du Conseil fédéral, jugeant inopportun de réduire les efforts en ce domaine. Au final, des divergences mineures subsistent concernant la LDIF et l’ordonnance portant règlement du fonds pour les grands projets ferroviaires, tandis que le désaccord est complet au sujet du financement des mesures antibruit.

Dans la foulée, le Conseil national a rejeté la motion du conseiller aux Etats Pfisterer (prd, AG) (07.3328) concernant le ZEB 2, puisque ses revendications ont été intégrées à la LDIF. L’Assemblée fédérale a par ailleurs pris acte du rapport de la Délégation de surveillance de la NLFA (08.006).

Aux Chambres, des parlementaires ont cependant relayé certaines revendications cantonales. Début octobre, le Conseil des Etats a adopté à l’unanimité une motion Pfisterer (prd, AG) (07.3328) donnant mandat au Conseil fédéral de présenter d’ici à fin 2010 un projet additionnel concernant un financement complémentaire pour la NLFA et une phase supplémentaire pour le développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB 2). Les sénateurs ont ainsi exprimé leur volonté que le gouvernement entreprenne au plus vite la planification, puis la réalisation des projets prioritaires reportés en raison des retards et surcoûts de la NLFA (tunnels du Zimmerberg, de Brütten, du Wisenberg et du Heitersberg, ainsi que la 3ème voie Lausanne-Genève) et des options d’extension élaborées avec les cantons. Lors de la session d’hiver, le Conseil national a pour sa part approuvé sans discussion une motion Wehrli (pdc, SZ) chargeant le Conseil fédéral d’exposer d’ici à 2011 la planification complète et le financement de la réalisation de la NLFA et du projet ZEB. Il a également décidé de donner suite à une motion Leutenegger Oberholzer (ps, BL) (07.3492) en faveur de l’intégration au projet ZEB d’une nouvelle ligne ferroviaire entre Bâle et le plateau (à travers le Jura).

2005 hatte das Parlament die zweite Etappe der Bahnreform an die Regierung zurückgewiesen, weshalb die vorgesehene Neuordnung der Finanzierung der Eisenbahn-Infrastruktur nicht wie geplant auf den 1. Januar 2007 in Kraft treten kann. Da der 8. Rahmenkredit für die Privatbahnen Ende 2006 erschöpft ist, beantragte der Bundesrat dem Parlament als Übergangslösung einen 9. Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an die konzessionierten Eisenbahnunternehmen (KTU) für die Jahre 2007–2010 von CHF 600 Mio. und die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen.

Gegen den Willen des Bundesrates erhöhte der Ständerat diesen Kredit auf CHF 800 Mio. – die KTU hatten aufgrund des Bedarfs CHF 1,05 Mrd. verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Pfisterer (fdp, AG) reiche die von der Regierung beantragte Summe weder für die Erhaltung der Substanz noch für die nötigen Erweiterungsinvestitionen aus. Die Privatbahnen müssten haushälterisch mit den Finanzmitteln umgehen sowie Umfang und Optimierungsmöglichkeiten ihres Angebots prüfen, allenfalls auch die Umstellung vom Bahn- auf den Busbetrieb. Der Bundesrat erwäge mittelfristig Streckenschliessungen aus Sicherheitsgründen, aber auch aufgrund unverhältnismässiger Sanierungskosten. Bundesrat Leuenberger hielt an den von der Regierung beantragten CHF 600 Mio. fest, da der Bund sparen müsse, die Parteien für Bildung und Forschung aber mehr Geld ausgeben wollten. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat sowohl den 9. Rahmenkredit für die KTU als auch die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in ein bedingt rückzahlbares Darlehen einstimmig an. Er überwies zudem ein Postulat (06.3179), das einen Bericht zum Zustand der Infrastruktur der Privatbahnen verlangt.

Im Nationalrat stand eine weitere Erhöhung des KTU-Kredits auf CHF 920 Mio. zur Diskussion, welche die Mehrheit der Verkehrskommission vorschlug und die von der SP und den Grünen getragen wurde. CVP und FDP wollten sich dem Ständerat anschliessen (CHF 800 Mio.), die SVP unterstützte den Vorschlag des Bundesrats (CHF 600 Mio.). Die grosse Kammer folgte mit 109:80 Stimmen dem Ständerat und setzte den Rahmenkredit für die KTU auf CHF 800 Mio. fest. Ein Antrag der SVP, für Strecken, die längerfristig stillzulegen sind, keine wertvermehrenden Investitionen zu tätigen, wurde mit 116:73 Stimmen verworfen. In der Gesamtamtstimmung hiess der Nationalrat den Rahmenkredit für die KTU mit 161:8 Stimmen bei 20 Enthaltungen gut. Die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen hatte die Verkehrskommission des Nationalrats erst andiskutiert, aber noch nicht beschlossen.

Suivant sa commission, le Conseil des Etats a débloqué, par 34 voix contre 1, le crédit additionnel de CHF 900 millions et CHF 2,25 milliards pour la deuxième phase de la première étape des NLFA. Les Etats se sont également montrés sensibles aux nuisances que subit le canton d'Uri; par 31 voix contre 5, les sénateurs ont refusé de fermer définitivement la porte à un tracé dans la montagne, octroyant CHF 100 millions pour les travaux préparatoires. Cette somme ne sera libérée que si les travaux peuvent débuter d'ici le 31 mars 2005. La proposition d'une minorité emmenée par Pfisterer (prd, AG), qui aurait voulu augmenter les moyens du tronçon uranais de CHF 250 millions, mais en les affectant exclusivement à une variante "vallée optimisée", a été repoussée. Répondant à l’interpellation « Explosion des coûts des NLFA » de Mathys (udc, AG) (03.3524), le Conseil fédéral a déclaré que selon le dernier rapport d’étape NLFA, les frais finaux prévisionnels se monteraient à CHF 15 milliards. Ils dépasseraient donc pour la première fois de deux pour-cent le total du crédit global NLFA (CHF 14,7 milliards, état des prix en 1998). Auparavant, la délégation de surveillance des NLFA avait estimé que les coûts des ouvrages restaient sous contrôle.