Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Im September überwies der Nationalrat ein Postulat Grossen (glp, BE), welches den Bundesrat beauftragt, Anpassungen der Trassenprioritäten zu prüfen, um das Verlagerungsziel im Güterverkehr zu erreichen. Trassenausbauten würden gemäss Postulat oft vom Personenverkehr beansprucht, auch wenn diese ursprünglich für den Güterverkehr geplant waren. Dies sei der Umsetzung des Verlagerungszieles hinderlich. Der Bundesrat äusserte in seiner Stellungnahme die Bereitschaft, die Kapazitätssicherung des Güterverkehrs zu prüfen. Das Postulat wurde mit 129 zu 54 Stimmen überwiesen.