Noch in der Herbstsession 2018 nahm sich der Ständerat den fünf verbliebenen Differenzen in der Organisation der Bahninfrastruktur an. Die KVF-SR empfahl der Ständekammer, in allen Punkten dem Nationalrat zu folgen – für die Kommission hielt Ständerat Janiak (sp, BL) fest, es gehe nur um Formulierungsfragen und in einem Fall um eine Ergänzung, die aber «rein deklamatorischer Art» sei. Die Ratsmitglieder folgten den Kommissionsanträgen diskussionslos und bereinigten damit sämtliche Differenzen.

Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Das Postulat der KVF-SR zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo – eingereicht und angenommen 2015 – wurde im Sommer 2018 abgeschrieben. Der Bundesrat hatte im November 2017 wie vom Postulat verlangt einen Bericht vorgelegt und erachtete das Postulat nun als erfüllt. Die Abschreibung war in den Räten unbestritten.

Wie schon die Motion Reimann (svp, SG) in der Frühlingsession 2018 fand auch das ähnliche Anliegen von Irène Kälin (gp, AG), den Parlamentarierinnen und Parlamentariern sei nicht mehr wie bisher ein Generalabonnement (GA) erster, sondern neu zweiter Klasse zu bezahlen, im Rat keine nennenswerte Unterstützung.
Ein GA erster Klasse sei ein unnötiger Luxus, begründete die Neo-Parlamentarierin in der Ratsdebatte. Sie könne zudem der Begründung für die ablehnende Haltung des Büros nichts abgewinnen. Freilich sei es so, dass Ratsmitglieder während ihrer Zugfahrt arbeiteten und es sei auch so, dass der Lärmpegel und die dichtere Belegung dies in der zweiten Klasse schwieriger machten. Es gebe aber zahlreiche Pendlerinnen und Pendler, für die dies ebenfalls der Fall sei und die sich ein GA erster Klasse nicht leisten könnten. Edith Graf-Litscher (sp, TG) führte für das Büro aus, dass auch zu berücksichtigen sei, dass die Reise von Bern für viele Ratsmitglieder lange dauere und man jene mit langer Strecke eher benachteiligen würde. Nur weil einzelne Abgeordnete eine kürzere und ruhigere Reisestrecke hätten oder den Zug nicht als Arbeitsort nutzten, sollten andere, die möglichst ungestört und konzentriert arbeiten wollten, nicht eingeschränkt werden. Im Ratsreglement sei vermerkt, dass Parlamentarierinnen und Parlamentarier entweder ein GA erster Klasse oder einen entsprechenden Pauschalbetrag erhalten. Es sei jedem Nationalrat und jeder Nationalrätin freigestellt, diesen Pauschalbetrag zu beziehen und damit ein GA zweiter Klasse zu erstehen. Den 141 Gegenstimmen standen lediglich 31 befürwortende Stimmen gegenüber, die mit 28 Stimmen überwiegend aus der SVP-Fraktion stammten. Diese Zahl entspricht zwar der Zustimmung zur Motion Reimann, innerhalb des SVP-Lagers gab es aber einige Positionswechsel in der Frage.

Ende Mai 2018 debattierte der Ständerat ausgiebig über die Organisation der Bahninfrastruktur. Während er in vielen Fragen dem Bundesrat und dem Nationalrat folgte, schuf er doch auch Differenzen: Hatte der Nationalrat bezüglich der Regulierung des Fernbus-Verkehrs entgegen des Antrags seiner Verkehrskommission auf schärfere Bestimmungen verzichtet, so folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und erhöhte die Restriktionen für Fernbusanbieter. Bundesrätin Leuthard hielt fest, der Kommissionsantrag beinhalte «schon extrem viel Heimatschutz» und etwas Konkurrenz schade dem öffentlichen Verkehr bestimmt nicht – der Rat folgte trotzdem seiner Kommission. Weiter wollte der Ständerat die Regelung der Entschädigung von Passagieren bei Verspätungen dem Bundesrat überlassen und kippte die detaillierte Regelung aus der Vorlage. Die kleine Kammer nahm die Vorlage schliesslich einstimmig an.

Mit einer Motion wollte Nationalrat Hadorn (sp, SO) „den McKinsey-Express bei den SBB stoppen.“ Hadorn sah im Railfit-Programm der SBB, welches unter Beizug der Unternehmensberatung McKinsey ausgearbeitet worden war, einen unannehmbaren Abbau im Service public und einen inakzeptablen Personalabbau. Er verlangte vom Bundesrat deshalb Massnahmen, um das Railfit-Programm zu stoppen. Der Bundesrat verwies in seiner Stellungnahme auf die aktuellen, grossen Veränderungen am Mobilitätsmarkt und hielt fest, dass der Bund nicht in die operative Führung der SBB eingreife. Der Nationalrat lehnte die Motion im Februar 2018 mit 135 gegen 58 Stimmen (0 Enthaltungen) ab.

Die seit September 2016 hängige Motion von Nationalrat Hadorn (sp, SO) für begleitete Züge auf der Gotthard-Bergstrecke wurde im Februar 2018 vom Nationalrat abgelehnt. Der Motionär hatte die Pläne der SBB, Züge auf der Gotthard-Bergstrecke künftig unbegleitet verkehren zu lassen, als Sicherheitsrisiko und als Service-Abbau auf einer touristisch relevanten Linie bezeichnet. Zudem hatte er gefordert, es sei auf die SBB einzuwirken, damit der unbegleitete Verkehr auf dieser Linie nicht per Fahrplanwechsel 2016 eingeführt werde. Als die Motion im Februar 2018 im Nationalrat behandelt wurde, gab der Motionär zu, dass es sich bei einer Annahme der Motion mittlerweile um einen symbolischen Akt gegen weitere Abbaumassnahmen der SBB handeln würde. Bundesrätin Leuthard wies im Plenum darauf hin, dass mit dem Gotthard Panorama Express und dem regulären Betrieb gute und rege genutzte Angebote auf der alten Gotthardstrecke bestünden und sich die Befürchtungen des Motionärs nicht bestätigt hätten. Der Rat lehnte die Motion mit 136 gegen 55 Stimmen (2 Enthaltungen) ab.

Ende Februar debattierte der Nationalrat über die Organisation der Bahninfrastruktur. Die meisten Änderungen, welche die KVF-NR dem Rat beantragt hatte, nahm dieser an. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) setzte sich jedoch gegen den Kommissionsantrag zur Konkurrenz-Klausel für Fernbusse durch, welcher mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten zustande gekommen war. Nationalrat Giezendanner sah im Kommissionsantrag, welcher Fernbusse nur zulassen wollte, wenn sie keine wesentliche Konkurrenzierung zu bestehenden Angeboten des öffentlichen Verkehrs darstellten, eine Rückkehr zur Planwirtschaft. Die Kommissionsminderheit wollte dagegen einen geregelten Wettbewerb zulassen. Bundesrätin Leuthard gab Giezendanner in dieser Frage Recht und der Rat folgte der Minderheit mit 122 gegen 69 Stimmen (2 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung zur Vorlage nahm die grosse Kammer die Organisation der Bahninfrastruktur mit 178 gegen 1 Stimme (bei 16 Enthaltungen) an.

Im Januar 2018 nahm die KVF-NR die Detailberatung zur Organisation der Bahninfrastruktur auf. Obschon sie in weiten Teilen dem Bundesrat folgte, wich sie auch in einigen Punkten ab: Mit 18 zu 5 Stimmen verwarf sie die Bestimmungen zur Systemführerschaft und ersetzte diese durch eine „einvernehmliche Branchenlösung“ – statt festzuschreiben, wer die Führung bei den technischen Systemen innehat, setzte die Kommission darauf, dass sich die Branchenvertreter bei Fragen um divergierende Systeme auf eine Lösung einigen können. Neu nahm die Kommission eine Bestimmung zum Fernbusverkehr auf. Unternehmen sollten nur dann Fernbus-Transporte durchführen dürfen, wenn diese im Fernverkehr zu keinen wesentlichen Konkurrenzierungen führen würden. Bezüglich der Zukunft der SBB Cargo hielt die KVF-NR fest, sie sei mit dem Bericht des Bundesrates zum Postulat der KVF-SR (15.3496) einverstanden. In der Gesamtabstimmung nahm die Kommission die Vorlage einstimmig an.

Im November 2017 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo vor, mit dem er seinen Verpflichtungen aus dem im Rahmen der Debatte zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes angenommenen Postulat KVF-SR (15.3496) nachkam. Der Bundesrat stellte darin verschiedene Zukunftsszenarien für die SBB Cargo vor und zeigte auf, dass eine vollständige Privatisierung zur Zeit nicht angezeigt sei. Der Verwaltungsrat der SBB Cargo AG solle aber innerhalb des SBB-Konzerns gestärkt werden. Damit der Verwaltungsrat der SBB Cargo eine höhere Unabhängigkeit erhalte, sei er durch fachkundige Dritte ausserhalb der SBB zu ergänzen. Das Präsidium des Verwaltungsrats sei ebenfalls durch eine Drittperson zu besetzen. Darüber hinaus soll der Verwaltungsrat über die üblichen strategischen und geschäftsentscheidenden Kompetenzen verfügen – das Organisationsreglement der SBB sei in diesem Sinne anzupassen.

Die Motion der KVF-NR bezüglich eines Moratoriums für den Serviceabbau bei den SBB-Drittverkaufsstellen, welche im Juni 2017 im Nationalrat angenommen worden war, fand auch im Ständerat eine Mehrheit. Zwar wollte eine Mehrheit der KVF-SR die Motion ablehnen, doch eine Minderheit Häberli-Koller (cvp, TG) beantragte die Annahme und konnte sich in der Debatte mit 28 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) durchsetzen.

Die Organisation der Bahninfrastruktur wurde im Juni 2017 im Ständerat behandelt. Nachdem der Nationalrat die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat beschlossen hatte, drehten sich die Voten in der kleinen Kammer nicht um inhaltliche Fragen, sondern darum, ob der Rückweisung zugestimmt werden soll oder nicht. Sprecher aus allen Parteien stellten klar, dass alle strittigen Punkte in der Detailberatung geklärt werden könnten. Bundesrätin Leuthard bat den Rat, seine Aufgabe wahrzunehmen – eine Rückweisung bringe eigentlich nur Mehraufwand; inhaltlich würden sich die Räte früher oder später trotzdem um diese Vorlage kümmern müssen. Ohne Opposition lehnte der Ständerat die Rückweisung schliesslich ab und gab das Geschäft damit zurück an den Nationalrat.

Die KVF-NR reichte im März 2017 eine Motion ein, mit der sie ein Moratorium für den Serviceabbau bei den SBB-Drittverkaufsstellen forderte. Hintergrund des Vorstosses war die Ankündigung der SBB vom September 2016, 52 Drittverkaufsstellen per Ende 2017 zu schliessen. Die SBB-Drittverkaufsstellen werden von verschiedenen Partnern wie Migrolino- und Avec-Shops, Poststellen und von Privaten im Sinne des "Agenturmodells" geführt. Mit der Motion sollte der Bundesrat beauftragt werden, die SBB zu verpflichten, mit der Einstellung der Drittverkaufsstellen bis mindestens 2020 zu warten. Dies gebe genügend Zeit, um technische Lösungen für die vom Service-Abbau betroffenen Regionen zu finden. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion. Er nehme keinen Einfluss auf die operative Tätigkeit der SBB und prüfe bereits, ob der Zugang zu den Vertriebssystemen des öffentlichen Verkehrs geöffnet werden soll, damit Dritte ohne Zustimmung eines Transportunternehmens Billette verkaufen dürfen. Der Bundesrat verwies auf seine diesbezügliche Stellungnahme vom September 2016 zur Motion Büchler (cvp, SG) "Schliessung von SBB-Ticketstellen auf dem Land" (16.3866), welche zu diesem Zeitpunkt von den Räten noch nicht behandelt worden war. Obschon sich Bundesrätin Leuthard vor dem Rat gegen die Einmischung ins operative Geschäft der SBB wehrte, wurde das Moratorium im Juni 2017 mit 93 zu 79 Stimmen bei 12 Enthaltungen vom Nationalrat angenommen.

Im März 2017 nahm sich der Nationalrat der Organisation der Bahninfrastruktur an. Eine Mehrheit der KVF-NR beantragte dem Rat, die Vorlage an den Bundesrat zurückzuweisen mit dem Auftrag, die Auslagerung der SBB Cargo in eine eigene Unternehmung, die Regelung der Systemführerschaften im Güterverkehr sowie die Stärkung der Mitwirkungsrechte von Kantonen und Verkehrsverbänden bei Systemaufgaben in die Vorlage aufzunehmen. Die Bestimmungen zu den Passagierrechten sollten hingegen ausgegliedert werden. Eine Kommissionsminderheit Graf-Litscher (sp, TG) beantragte die Ablehnung der Rückweisung. Während sich die Ratslinke gegen die geforderte Auslagerung der SBB Cargo aussprach und auf die Vorlage eintreten wollte, sprach die Ratsrechte von einer unannehmbaren „Zementierung von schlechten Rechten und Pflichten” – so Ulrich Giezendanner (svp, AG). Nationalrat Guhl (bdp, AG) hielt fest, dass die mit der Rückweisung verbundenen Aufträge zuhanden der Regierung durchaus in der Detailberatung im Rat eingebracht werden könnten – es wäre gerade die Aufgabe des Parlaments, solche Anpassungen von Regierungsvorlagen vorzunehmen. Die Anhänger der Rückweisung setzten sich trotzdem durch: Mit 98 zu 75 Stimmen (10 Enthaltungen) wies der Nationalrat das Geschäft gemäss dem Antrag der Kommissionsmehrheit an den Bundesrat zurück.

Mit 103 zu 83 Stimmen lehnte der Nationalrat eine Motion Golay (mcg, GE) ab, die quasi einen Inländervorrang in der Bundesverwaltung gefordert hätte. Golay argumentierte, dass trotz 150'946 Arbeitslosen und 206'138 Stellensuchenden (Zahlen des Seco vom Januar 2015) zahlreiche Grenzgängerinnen und Grenzgänger in bundesnahen Betrieben (SBB, Post) beschäftigt seien. Insbesondere in Grenzkantonen könnten mit einer besonderen Berücksichtigung von Schweizerinnen und Schweizern die Sozialkosten gesenkt werden – so der Genfer in der Begründung seines Vorstosses.
In der Ratsdebatte wies Bundesrat Ueli Maurer darauf hin, dass mit der Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative bereits Schritte in die geforderte Richtung unternommen worden seien. Die Motion sei zudem aus zwei Gründen nicht erfüllbar. Erstens sei sie nicht kompatibel mit dem Personenfreizügigkeitsabkommen mit der EU und zweitens habe der Bundesrat gar keinen Einfluss auf die bundesnahen Betriebe. Er können diesen keine Vorschriften hinsichtlich ihrer Anstellungspolitik machen. Ob dieser Argumentation erstaunt die dennoch relativ starke Unterstützung der Motion, die nicht nur alle Mitglieder der SVP-Fraktion, sondern auch eine Zweidrittelsmehrheit der CVP-Fraktion hinter sich scharen konnte. Die Stimmen der mit Ausnahme der FDP geschlossenen anderen Fraktionen reichten allerdings aus, um die Idee zu versenken.

Im November 2016 unterbreitete der Bundesrat dem Parlament einen Entwurf eines Bundesgesetzes über die Organisation der Bahninfrastruktur. In der Botschaft zum Entwurf beantragte der Bundesrat, das Postulat der KVF-NR (08.3763) abzuschreiben. Eine Modernisierung der Organisation der Bahninfrastruktur soll für mehr Transparenz und weniger Diskriminierungspotenzial sorgen. So soll etwa die Trasse Schweiz AG als Tochterfirma der Bahnunternehmen SBB, BLS und SOB vom Bund übernommen und als unabhängige Trassenvergabestelle weiterbetrieben werden. Damit könne eine Benachteiligung von anderen Bahnunternehmen bei der Trassenvergabe ausgeschlossen werden. Der Bund soll zudem Systemführerschaften gesetzlich regeln, damit nicht jedes Bahnunternehmen eigene Systeme entwickelt.
Alle Eisenbahnverkehrsunternehmen sollen ein Mitwirkungsrecht bei der kurz- und mittelfristigen Planung von Investitionen und Fahrplänen erhalten und dieses bei der Regulierungsbehörde einfordern können. Die Regulierungsbehörde, bis dahin „Schiedskommission im Eisenbahnverkehr” genannt, soll in RailCom umbenannt werden und bezüglich Mitwirkungsrechte und Systemführerschaften neue Kompetenzen erhalten. Nicht zuletzt sollen die Rechte der Reisenden gestärkt werden: Die Schweiz soll sich den internationalen Standards bezüglich Informationspflicht, der Haftung und dem Umgang mit den Folgen von Verspätungen oder verpassten Anschlüssen angleichen.

In Erfüllung der Motion 10.3881 legte der Bundesrat dem Parlament im April 2014 eine Botschaft zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes vor. Die Vorlage zielte auf eine Institutionalisierung des Planungsprozesses für den Schienengüterverkehr, in den auch die Kantone und die betroffenen Akteure einbezogen werden sollen. Mit Netznutzungskonzept und -plänen soll der Verdrängung des Güterverkehrs durch den Personenverkehr aus dem Netz vorgebeugt werden. Der Bundesrat wollte die SBB von der Verpflichtung, Güterverkehr als Kerngeschäft anzubieten, befreien. Investitionsbeiträge für Anschlussgleise und Umschlagsanlagen des kombinierten Verkehrs soll der Bund als A-fonds-perdu-Beiträge leisten, Darlehen soll der Bund für Umschlagsanlagen im Ausland gewähren können. Der Bund kann Förderbeiträge für neue Angebote auszahlen oder sich an Bestellungen von Transportangeboten der Kantone beteiligen. Die Fördermöglichkeiten sind jedoch bis 2027 befristet. Der Bundesrat forderte zudem, dass Güterverkehrsangebote grundsätzlich eigenwirtschaftlich sein müssen. Von einem Verlagerungsziel in der Fläche analog zum Verlagerungsziel im alpenquerenden Güterverkehr sah der Bundesrat ab. Der Nationalrat hatte in der Frühlingssession 2015 dem Vorschlag des Bundesrates zugestimmt, den Güterverkehr nicht mehr als Kernaufgabe der SBB festzuschreiben. Mit der Annahme einer Motion der KVF-NR (14.3998) ging die grosse Kammer sogar noch weiter: Die SBB-Cargo solle aus der SBB herausgelöst und als eigenständiges Unternehmen weitergeführt werden. Der Ständerat, der im Juni 2015 die Behandlung der Totalrevision des Gütertransportgesetzes aufnahm, war mit dieser Stossrichtung nicht einverstanden und lehnte die Motion der KVF-NR ab. Mit der Annahme eines Postulat der KVF-SR (15.3496) beauftragte die kleine Kammer den Bundesrat aber, eine „Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten von SBB Cargo“ vorzunehmen. Die KVF-SR empfahl, über die wichtige Frage der Zukunft der SBB-Cargo erst zu beschliessen, wenn dieser Bericht vorliege.
Im September 2015 diskutierte der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat. Während er bei einigen Differenzen auf die Formulierungen der kleinen Kammer einschwenkte, so blieb er doch in der Frage hart, ob der Bund nicht nur Bau und Erweiterung, sondern auch die Erneuerung von Anschlussgleisen und Umschlaganlagen unterstützen können soll. Erneuerungen würden zum betrieblichen Aufwand gehören, welcher in der Regel gerade nicht mehr unterstützt werden solle, warnte Bundesrätin Leuthard vergebens vor den Kosten dieses „neuen Subventionstatbestands“. Der Ständerat gab in der Debatte vom 21. September nach und akzeptierte die Position des Nationalrates in der letzten Differenz stillschweigend. In den Schlussabstimmungen vom 25. September nahm der Nationalrat die Totalrevision des Gütertransportgesetzes mit 142 zu 53 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte mit 43 Stimmen einstimmig zu.

Im ersten Quartal 2013 sorgten die SBB mit einer beispiellosen Unfallserie für Verunsicherung bei der Kundschaft, in Medien und Politik. Bis Anfang März gab es bereits zehn Zwischenfälle, darunter aussergewöhnlich viele Entgleisungen, aber auch Zusammenstösse mit vielen Verletzten, so etwa in Neuhausen (SH), wo der Zusammenstoss von zwei Regionalzügen im Januar 26 Verletzte gefordert hatte. Die Sicherheit des Zugfahrens war im März ein wiederkehrendes Thema in den Medien. SBB-Verwaltungsratspräsident Ulrich Gygi verteidigte die SBB gegen den Vorwurf, die Sicherheit habe ihre Priorität zugunsten der Pünktlichkeit verloren und hielt fest, dass die Zwischenfälle kein Muster aufwiesen und also kein systematisches Problem vorliege. Ein Postulat Regazzi (cvp, TI) (13.3102) forderte im März ein externes Audit zur Erhöhung der Sicherheit des Eisenbahnnetzes, dies wurde im Nationalrat jedoch abgelehnt. Nach einem weiteren schweren Unfall mit einem Todesfall und mehreren Verletzten bei Granges-près-Marnand (VD) im Juli flammte die Diskussion erneut auf, bis Ende Jahr glich sich die Zahl der Zwischenfälle aber wieder dem mehrjährigen Durchschnitt an.

Im März 2014 wiesen die SBB ihre Betriebszahlen für 2013 aus. Die Bundesbahnen beförderten im Berichtjahr erstmals durchschnittlich eine Million Passagiere pro Tag (Zunahme gegenüber dem Vorjahr um 3,7%). Die Anzahl Personenkilometer stieg auf 17,77 Mrd. und lag damit nach dem Einbruch im Vorjahr leicht über dem Ergebnis von 2011 (17,75 Mrd.). Die SBB begründen die gestiegene Anzahl Personenkilometer mit Angebotsverbesserungen in der Romandie. Trotz der Zunahme von Passagieren und Personenkilometern wies die SBB einen um 44% geschrumpften Konzerngewinn aus. Grund für den Gewinnrückgang seien die gestiegenen Trassenpreise, welche mit der Preiserhöhung vom Dezember 2012 nicht vollständig kompensiert werden konnten. Auch zusätzliche Unterhaltsarbeiten an der Infrastruktur belasteten die Rechnung. SBB Cargo schrieb erstmals seit über vierzig Jahren schwarze Zahlen: Die Kosteneinsparungen durch die Reduktion von Bedienpunkten führten in Kombination mit dem Zuwachs an Kunden zu einem Gewinn von CHF 14,7 Mio. Im April wurde bekannt, dass DB Schenker, eine Gütertransport-Tochterfirma der Deutschen Bahn, ihre Aufträge per 2014 nicht mehr mit der BLS Cargo abwickeln wird, sondern mit der SBB Cargo. Die BLS Cargo verliert damit ihren wichtigsten Kunden: Rund 5'000 Züge über die Gotthardstrecke fallen weg (von total 6'000 Zügen). Die BLS Cargo muss deshalb rund 80 Stellen streichen. Die SBB Cargo teilte mit, dass sie mit dem neuen Auftraggeber bestehende Kapazitäten besser nutzen könne und dass auch die Einstellung von zusätzlichem Personal (auch von der BLS Cargo) möglich sei.

Die Planungsarbeiten für das Containerterminal Basel Nord, welches die Schweizer Rheinhäfen zusammen mit SBB Cargo planen, wurden im Berichtjahr vorangetrieben und konkretisiert: Bis 2015/2016 soll die Bahninfrastruktur für den Umschlag Bahn-Strasse realisiert sein, das neue Hafenbecken soll 2018/2019 eröffnet werden. Die Bedeutung des Logistik-Clusters der Region Basel für die Landesversorgung und die Aussenwirtschaft betonte die Metropolitankonferenz Basel im Abschlusspapier ihrer dritten Konferenz. 10 bis 12% der Importe erreichten die Schweiz per Binnenschiff und rund 70% dieser Güter würden aus der Region Basel in andere Landesteile weiterspediert. Die Metropolitankonferenz Basel möchte deshalb die Rheinschifffahrt als Infrastruktur von nationaler Bedeutung verstanden wissen und forderte vom Bund eine angemessene Beteiligung an der Finanzierung des trimodalen Containerterminals Basel Nord samt neuem Hafenbecken.

Mit dem Fahrplanwechsel am 9. Dezember hat die SBB ihr Angebot ausgebaut: RegioExpress-Züge zwischen Genf und Lausanne fahren fortan im Halbstundentakt und alternierend nach Vevey oder nach Palézieux-Romont. Das Sitzplatzangebot hat auf dieser Strecke damit um 33 Prozent zugenommen, 13 neue Doppelstockzüge sind im Einsatz. Eine weitere bedeutende Neuerung ist der Halbstundentakt zwischen Zürich und Schaffhausen. Dieser wird mit einem neuen RegioExpress erreicht, welcher die bestehenden InterCity- und InterRegio-Verbindungen ergänzt. Im internationalen Personenverkehr baute die SBB ihr Angebot ebenfalls aus: Auf Verbindungen zwischen Zürich und Österreich ist seit Fahrplanwechsel ein sechstes Paar Railjets unterwegs. Die Reisezeit von Zürich nach Wien verkürzt sich um 20 Minuten. Die TGV Lyria, Tochtergesellschaft der französischen Staatsbahn (SNCF) und der SBB, baute ihre Verbindungen zwischen Frankreich und der Schweiz ebenfalls aus: Die TGV-Verbindung Paris-Bern wird bis Interlaken Ost weitergeführt. Auch das Angebot im Regionalverkehr wurde vergrössert, mit einzelnen zusätzlichen Zügen, neuem Rollmaterial und neuen Haltestellen. Zudem hat die SBB die Benutzerfreundlichkeit der Billettautomaten erhöht und die SBB Applikation für Mobiltelefone verbessert. 70 Prozent der verkauften Billetts werden von den Kunden am Automaten oder via App in Selbstbedienung gekauft.

Per 1. Mai 2013 soll das Personal der SBB individuelle Lohnerhöhungen im Umfang von insgesamt 0.75 Prozent der Lohnsumme erhalten. Zwei Drittel der Lohnerhöhungen fliessen in die individuelle Lohnentwicklung, ein Drittel dient als Bonus, um gute Leistungen der Mitarbeitenden zu honorieren. Die Gewerkschaften verzichteten darauf, gegen dieses Lohnangebot vorzugehen.

Die bereits vor Ostern durchgeführte Kampagne gegen Taschendiebstähle im Zug wurde auch vor Weihnachten 2012 wieder aufgenommen. Auf den Strecken Basel-Interlaken, Basel-Chur, Basel-Luzern sowie Basel-Mannheim informierten gemischte Patrouillen der Transportpolizei der SBB und der deutschen Bundespolizei die Fahrgäste über die Tricks von Taschendieben und über einfache Vorsichtsmassnahmen. Die Zunahme von Diebstählen und Gewalt in Zügen wurde im Berichtsjahr von den Medien thematisiert. Im ersten Halbjahr 2012 habe die Gewalt gegen SBB-Personal um 20%, jene gegen andere Bahnkunden um 93% zugenommen. Diebstähle seien um 60% häufiger vorgekommen als im Vorjahr. Die SBB mahnte jedoch zur vorsichtigen Verwendung dieser Zahlen, da die Einstufung von Vorfällen zuweilen schwierig sei.

Nachdem bekannt worden war, dass sich die Firma Apple unrechtmässig der Bahnhofsuhr bediente, indem sie diese ohne Absprache mit der SBB auf ihren Geräten iPad und iPhone verwendet hatte, wurde im Oktober eine Lizenzvereinbarung unterzeichnet. Über die Höhe der Lizenzgebühr und die weiteren Einzelheiten der Regelung wurden keine Auskünfte erteilt, Medien schrieben aber von rund CHF 20 Mio.

Im März des Berichtjahres unterbreitete der Bundesrat dem Parlament die Botschaft zu den Bundesbeschlüssen über die Leistungsvereinbarung zwischen dem Bund und der SBB für die Jahre 2013-2016, über den Zahlungsrahmen der Finanzierung der Infrastruktur der SBB und über die Finanzierung der Infrastruktur der schweizerischen Privatbahnen für denselben Zeitraum. Die Leistungsvereinbarungen mit den Privatbahnen werden neu statt für zwei für vier Jahre abgeschlossen. Der Bund stellte für den Ausgleich von ungedeckten Kosten in Betrieb und Unterhalt der Eisenbahninfrastruktur sowie zur Finanzierung von Investitionen für die Jahre 2013-2016 insgesamt CHF 9,449 Mrd. bereit (SBB: CHF 6,624 Mrd.; Privatbahnen: CHF 2,825 Mrd.). Der Bund kompensiert die Aufstockung der Beträge durch eine Reduktion der Speisung des FinöV-Fonds um CHF 650 Mio. Die Zielsetzungen für die Eisenbahninfrastruktur 2013-2016 bleibt im Wesentlichen gleich, sie umfasst die Gewährleistung eines hohen Sicherheitsniveaus und der Leistungsfähigkeit des Netzes, eine optimale Nutzung der vorhandenen Kapazitäten, eine Verbesserung der Interoperabilität sowie eine Erhöhung der Produktivität. Die Bundesbeschlüsse waren im Parlament unumstritten: Sie wurden im Ständerat im Juni und im Nationalrat im September des Berichtjahres ohne Gegenstimme gutgeheissen. Verschiedentlich wurde festgehalten, dass die Einstimmigkeit mit dem Wechsel zur FABI wohl ein Ende finden werde.