Die Änderung des Personenbeförderungsgesetzes gelangte in der Herbstsession 2022 zur Differenzbereinigung in den Ständerat. Dabei blieben jedoch bei den zwei wichtigsten Punkten Differenzen zur grossen Kammer bestehen. Bei beiden Punkten nahm der Ständerat eine Neuformulierung der vorberatenden KVF-SR an, die einen Kompromissvorschlag darstellten, wie Kommissionssprecher Hans Wicki (fdp, NW) ausführte. So kam der Ständerat dem Nationalrat entgegen, indem er entschied, dass die Unternehmen die Hälfte des Gewinnes aus den von Bund und Kantonen gemeinsam bestellten Angeboten einer Spezialreserve zuweisen müssen, welche nur zur Deckung von Verlusten in diesem Zusammenhang gebraucht werden darf. Ursprünglich wollte der Ständerat lediglich einen Drittel des Gewinns dieser Reserve zuweisen. Bei der Ermittlung der ungedeckten Kosten der Unternehmen beschloss die kleine Kammer, dass Unternehmungen innerhalb der konzessionierten Personenbeförderung Marktpreise verrechnen dürfen, sofern «einzelne Leistungen überwiegend zu Marktpreisen ausserhalb der konzessionierten Personenbeförderung erbracht werden» (Wicki). Verkehrsministerin Sommaruga bat den Ständerat vergeblich, der Version des Nationalrates zuzustimmen.