Lors de la session de printemps, le Conseil national s’est saisi du message concernant la première des trois révisions partielles de la loi sur l’aviation (LA). L’entrée en matière a été contestée par une minorité UDC de la CTT-CN, hostile à la taxe de surveillance proposée par le gouvernement. Mais cette proposition de renvoi a été retirée après que les rapporteurs de la commission ont rappelé la proposition de celle-ci de biffer cette taxe du projet de loi au motif qu’elle serait préjudiciable à la compétitivité de l’industrie aéronautique suisse. Lors de la discussion par article, le débat a principalement porté sur cette nouvelle taxe, donnant lieu à une confrontation opposant les partis bourgeois, soucieux d’éviter un renchérissement du transport aérien, d’une part, au camp rose-vert, soutenant Moritz Leuenberger dans son souhait de voir les coûts de surveillance de l’Office fédéral de l’aviation civile (OFAC) couverts par le produit de cette taxe, d’autre part. Les groupes socialiste et écologiste ont en outre jugé inopportun de favoriser un secteur d’activités générant de fortes nuisances environnementales (pollution de l’air et bruit). Par 124 voix contre 62, les députés ont suivi leur commission et supprimé la taxe de surveillance. Egalement sur proposition de la CTT-CN, le plénum a décidé, par 105 voix contre 55, de préciser les critères de fixation, par les sociétés exploitantes, des diverses taxes et redevances assurant le financement des aéroports, de sorte à ne pas pénaliser les compagnies ayant un fort volume de trafic. Contre l’avis de la majorité de la commission et du Conseil fédéral, les députés ont approuvé, par 109 voix contre 61, une proposition Hany (pdc, ZH) en faveur d’un soutien financier accrû de la Confédération à la formation et au perfectionnement du personnel du transport aérien. Au vote sur l’ensemble, la chambre basse a approuvé le projet de loi, par 105 voix contre 56, les groupes socialiste et écologiste l’ayant unanimement rejeté. Elle a par ailleurs adopté sans discussion et à l’unanimité le projet d’arrêté fédéral portant approbation de la poursuite de la participation de la Suisse à l’Agence européenne de la sécurité aérienne (AESA).

Au Conseil des Etats, les sénateurs ont entériné tacitement la suppression de la taxe de surveillance et suivi le Conseil national sur tous les points susmentionnés. Ils s’en sont toutefois distancés sur plusieurs questions d’ordre technique ou juridique. Au vote sur l’ensemble, la chambre haute a unanimement approuvé le projet de loi et le projet d’arrêté fédéral.

L’élimination des divergences n’a pas suscité de véritable débat, faute d’enjeux. En votation finale, les chambres ont adopté le projet de LA, respectivement par 165 voix contre 21 et à l’unanimité.

Les juges allemands du Tribunal administratif de Mannheim ont rejeté la plainte de Swiss et de l’aéroport de Zurich (Unique) à l’encontre des restrictions de survol du sud de l’Allemagne. Les plaignants y voyaient une entrave au développement de l’aéroport et de sa principale compagnie Swiss. Le Tribunal de Mannheim a expliqué que les restrictions étaient valables pour toutes les compagnies et que la liberté du trafic aérien n’était pas violée. Les entretiens exploratoires entre Moritz Leuenberger et son homologue allemand, Manfred Stolpe, n’ont pas permis de rapprocher les points de vue. L’hostilité zurichoise et la fermeté du Bade-Wurtemberg, qui n’était pas disposé à faire des concessions sur la réglementation des vols du week-end, ont eu raison des tentatives de renégociation de l’accord aérien entre la Suisse et l’Allemagne. Au plan national, la fronde d’opposition zurichoise (Unique, Swiss et les autorités cantonales zurichoises) a réussi à peser sur la CEATE-CE, puis sur le Conseil des Etats afin qu’il donne le coup de grâce à l’accord aérien. Avec 30 voix contre 13 (5 PS, 4 PRD, 3 PDC et 1 UDC), les élus bourgeois ont enterré le traité, le jugeant discriminatoire et préjudiciable à la Suisse. Les critiques bourgeoises ont porté sur le fait que l’accord reposait sur des mouvements d’avions et non sur des normes de bruit. Aucun aéroport allemand ne devait respecter des directives aussi strictes que celles prévues pour Kloten.

Le Conseil fédéral a approuvé le message concernant l’accord de trafic aérien entre la Suisse et l’Allemagne et l’a transmis aux Chambres fédérales. A l’exception du Parti socialiste et des Verts, l’accord a fait l’unanimité contre lui. Le PRD, l’UDC, le PDC, le PL, Economiesuisse, Aerosuisse, Swiss et l’aéroport de Kloten se sont mobilisés afin de s’opposer à sa ratification et afin d’exiger une renégociation de ce qu’ils jugeaient comme discriminatoire et en violation avec le droit européen et les accords bilatéraux. Le Conseil d’Etat zurichois a également opéré une volte-face afin de le dénoncer. Le parlement zurichois en a fait de même. Premier à se saisir du sujet, le Bundestag allemand a ratifié l’accord. En cas de refus suisse, il a menacé la Suisse de mesures unilatérales plus strictes et de retirer la gestion de l’espace du sud de l’Allemagne à Skyguide. Lors du vote au Conseil national, la cohorte du non a toutefois refusé d’entrer en matière sur l’accord par 105 à 79. Les opposants invoquaient la nécessité d’appuyer Unique et Swiss, par rapport à un accord qu’ils jugeaient mal négocié. Le vote suivait les recommandations de la Commission des transports, mais se mettait en porte-à-faux avec celles de la Commission des affaires extérieures. A quelques jours d’intervalle, le Bundesrat allemand rejetait également l’accord, acceptant un recours du Land de Bade-Wurtemberg. L’accord retournait au Bundestag. Suite à ces votes, Skyguide a milité pour le traité, argumentant qu’en cas de non-ratification, il perdrait le contrôle de cette zone et des revenus qui pourraient en être tirés. (L’entrée en vigueur du traité devait permettre à Skyguide de vendre ses prestations, qui jusqu’alors étaient gratuites.) Afin d’empêcher l’entrée en vigueur du deuxième volet de l’accord aérien, Swiss et Unique ont déposé une plainte auprès du tribunal administratif du Bade-Wurtemberg. La nouvelle réglementation interdisait les vol les week-ends et les jours fériés allemands de 20 heures à 9 heures. Par 29 contre 10, le Conseil des Etats a suivi la proposition de sa CTT en acceptant d’entrer en matière sur l’accord et en le lui renvoyant, afin d’examiner les possibilités de renégociation et les effets de l’acceptation ou du rejet de la ratification. En agissant de la sorte, les Etats se sont donnés jusqu’en mars 2003 pour analyser la situation, mais ils ont surtout privilégié le débat plutôt qu’un conflit ouvert avec l’Allemagne. Le Conseil fédéral a quant à lui chargé Moritz Leuenberger de mener un entretien exploratoire avec l’Allemagne sur le contenu de l’accord. En effet, Berlin n’excluait plus une idée de renégociation sur un dossier qui n’avait pas avancé au Bundestag.

Si les conditions de restrictions du survol de l’espace aérien étaient acceptées par l’Allemagne et la Suisse, les conditions d’application du nouveau régime faisaient l’objet d’un âpre débat. Les négociateurs butaient sur la mise en œuvre des réductions de vols, l’indemnisation des riverains allemands, ainsi le caractère juridique de l’accord. Sur ce dernier point, la Suisse souhaitait obtenir l’assurance que l’accord sur Kloten ne s’appliquera que subsidiairement à des dispositions découlant d’accords existants ou à venir conclu entre la Suisse et l’UE. La Confédération a en plus concédé d’augmenter le nombre de zones d’attentes au-dessus de son propre territoire. Au terme du treizième round, Moritz Leuenberger et son homologue Kurt Bodewig ont réussi à éliminer leurs dernières divergences. La réduction des survols entre 2001 et 2005 ne se fera pas par étapes comme le désirait l’Allemagne. Ainsi, pendant la période transitoire de 41 mois, le nombre de survols pourra rester constant, c’est-à-dire au niveau mesuré de 154'000. Le droit suisse sera déterminant pour l’indemnisation des riverains allemands incommodés par le bruit des avions utilisant l’aéroport de Zurich. Concernant la subordination du traité au droit européen et aux accords bilatéraux, Berlin a accepté de se plier au verdict de la Commission européenne que consultera Moritz Leuenberger. Pour le reste, l’accord restait fidèle au compromis trouvé en avril à Berlin.

Après l’impasse de décembre 2000, la Suisse et l’Allemagne ont réussi à esquisser les contours d’un compromis sur les vols en provenance et en destination de Zurich, qui survolent le territoire allemand. Sous la menace d’une ordonnance par laquelle l’Allemagne aurait fixé unilatéralement les conditions de survol de son territoire, Moritz Leuenberger a dû lâcher beaucoup de lest. Dès la ratification du traité, l’interdiction des vols sera étendue de deux heures; à partir du 1er septembre, plus aucun avion en phase d’atterrissage ne pourra survoler la région frontière allemande entre 22 heures et 6 heures du matin. Avec l’entrée en vigueur de l’horaire d’été 2002, ces vols seront également interdits les jours fériés et les week-ends de 20h à 9h. En outre, les deux parties se sont mises d’accord pour réduire à 100'000 par an le nombre d’avions passant au-dessus du sud de l’Allemagne (réduction de 35%). Berlin et Berne se donnaient 41 mois après la signature officielle pour y arriver. Une clause prévoyait de revoir après huit ans l’ensemble des dispositions à la lumière de l’évolution du trafic et des nuisances sonores qui en découlent. Alors que le Conseil fédéral s’était félicité de la tournure politique des événements, les trois partis gouvernementaux bourgeois refusaient de ratifier l’accord.

Berlin, via son ministre des Transports Reinhard Klimmt, a annoncé en mai sa décision à Moritz Leuenberger et au Conseil fédéral de résilier l'accord international de 1984 réglant les vols à destination et en provenance de Zurich qui empruntent l'espace aérien allemand. Une négociation, dans laquelle l'Allemagne exigeait de la Suisse une réduction radicale des survols de son espace aérien proche de Kloten, avait été entamée depuis 1998, mais elle n'avait abouti à rien. Dans les négociations qui avaient été menées, la Suisse était représentée par l'Office fédéral de l'aviation (OFAC). Cette dernière, de concert avec Zurich et la direction de Swissair, n'a pas voulu faire de concessions. Par cet acte unilatéral, le gouvernement allemand est venu au secours du village allemand de Hohentengen, distant d'une quinzaine de kilomètres de Kloten. Au lieu des 140'000 vols recensés par année, l'Allemagne était prête à n'en tolérer plus que 80'000. En outre, elle réclamait de prolonger de deux heures la fenêtre d'interdiction des vols de nuit, soit entre 21h et 7h au lieu de 22h à 6h. Dès la fin mai 2001, Berlin entendait fixer par voie d'ordonnance ses propres conditions au survol du sol allemand. Les Allemands ont joué finement là où les revendications des populations riveraines de Kloten avaient échoué face aux intérêts de Swissair et de la direction de l'aéroport. La pression était accrue, car au 31 mai 2001 le traité germano-suisse devait être renouvelé, ainsi que la concession pour l'aéroport accordée par le Conseil fédéral au canton de Zurich. Malgré le fait accompli, l'Allemagne a ouvert le dialogue.

La Suisse a été mise dans une situation d'état d'urgence; divers scénarios ont été imaginé avec le DDPS pour trouver une alternative à l'approche des avions sur le seul axe du nord (Hohentengen). La mise à disposition de l'espace militaire de Dübendorf (ZH) et d'Emmen (LU), ainsi que la répartition des nuisances sur la ville de Zurich et ses communes ont été évoquées. Par contre, personne n'avait envisagé de transférer des vols sur Genève ou Bâle. La Suisse fit des contre-propositions à l'Allemagne dans le but de protéger le hub intercontinental; au niveau du nombre des vols, Berne ne voulait pas de plafonnement, mais un socle de départs additionnés d'un pourcentage de la croissance estimée des mouvements aériens pour les dix prochaines années; au niveau des vols, le Conseil fédéral refusait la revendication d'interdiction de vol le week-end, mais acceptait le survol par le sud de l'aéroport. Les contre-propositions suisses ne firent pas mouche et l'antagonisme de départ, à savoir d'un côté Berne qui voulait assurer le développement de Kloten et de l'autre Berlin qui voulait soulager du bruit les riverains allemands de l'aéroport, demeura intact. Le round de négociations à Waldshut (D) en décembre a abouti à une impasse totale entre les deux parties: les Allemands n'entrèrent pas en matière sur les propositions suisses et les Suisses refusèrent le plafonnement, estimant qu'il contrevenait à l'accord sur le transit et à la Convention de Chicago sur l'aviation civile de 1944. (Pour les négociations avec l'Allemagne à partir de 2001, voir ici.)

Les services civils et militaires de sécurité aérienne ont constitué le conseil d'administration de la nouvelle société qui a succédé à Swisscontrol. La nouvelle société a été nommée Skyguide. Elle répondait à la volonté du Conseil fédéral de réunir les contrôles aériens militaires et civils en une seule instance pour le 1er janvier 2001 dans le but d'améliorer l'utilisation de l'espace aérien suisse. Cette nouvelle structure avait été décidée en août 1999 par les ministres concernés, Adolf Ogi et Moritz Leuenberger. Elle faisait suite au rapport HELCO. La nouvelle société gérera la navigation aérienne dans un espace unifié, tant pour l'aviation civile que pour les Forces aériennes.

La compagnie aérienne EasyJet, implantée à Genève, projetait d’ouvrir trois nouvelles lignes dès la fin du mois de juillet à destination de Nice, Amsterdam et Barcelone. Swissair est intervenue auprès de l’OFAC pour s’opposer au projet de liaison Genève-Barcelone, faisant valoir son monopole de fait qu’elle détient jusqu’à fin 2008 sur les lignes qu’elle desservait déjà au moment de l’adoption de la nouvelle loi sur l’aviation civile. Le conseiller fédéral Leuenberger a donné raison à Swissair en refusant à EasyJet le droit de rallier Genève à Barcelone. Les deux autres liaisons ont été autorisées.