Am 4. Mai 2020 beriet der Ständerat als Erstrat über die dringliche Änderung des Luftfahrtgesetzes. Eintreten war unbestritten, es gab aber Minderheitsanträge: Eine Minderheit Mazzone (gp, GE) verlangte, dass der Bund nur dann Beiträge oder Darlehen gewähren soll, wenn sich die Flugunternehmen verpflichten, auf den gewerbsmässigen Personentransport zwischen Landesflughäfen zu verzichten, wenn eine Zugverbindung mit einer Fahrzeit von weniger als drei Stunden besteht. Eine Minderheit Zopfi (gp, GL) wollte einen Passus aufnehmen, nachdem die Rückzahlung erhaltener Unterstützung fällig wird, sobald die Anzahl der Luftbewegungen wieder bei 80 Prozent des Niveaus von vor der Unterstützung liegt. Die beiden klimapolitisch motivierten Anträge stiessen bei Bundesrätin Simonetta Sommaruga auf Verständnis, trotzdem beantragte sie deren Ablehnung. An Ständerätin Mazzone gerichtet erklärte die Verkehrsministerin, die Inlandverbindung zwischen Genf und Zürich sei 1998 – als sich die Swissair aus Genf zurückzog – vom Kanton Genf explizit gewünscht worden. Auch wenn unklar sei, ob der Kanton diese Verbindung immer noch wünsche: Eine solche Änderung sollte nicht in einer dringlichen Sitzung diskutiert, sondern zuerst in die Vernehmlassung geschickt werden. Auch der Vorschlag Zopfi gehöre zuerst in eine Vernehmlassung. Weiter mahnte Bundesrätin Sommaruga: «Machen Sie Klimapolitik, auch für die Luftfahrt, aber machen Sie sie am richtigen Ort, d.h. im CO2-Gesetz.» Die beiden Minderheitenanträge wurden deutlich verworfen. Ferner verlangte ein Einzelantrag von Carlo Sommaruga (sp, GE), dass die Landesflughäfen bezüglich der Gewährung von Darlehen, Bürgschaften, Garantien und Hilfszahlungen gleich behandelt werden. Die Verkehrsministerin begegnete diesem Antrag mit der Zusicherung, dass die Gleichbehandlung der Landesflughäfen sowie der ansässigen Unternehmen vom Bundesrat «wirklich genau so gemeint» sei und durchgesetzt werde, auch wenn sie im Gesetzestext nicht explizit genannt sei. Auch der Antrag Sommaruga wurde abgelehnt. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage einstimmig mit 39 Stimmen (2 Enthaltungen) angenommen.

Im Rahmen der Revision des Datenschutzgesetzes entschied sich die SPK-NR im August 2019, den Bundesrat mit sechs Motionen (Mo. 19.3960, Mo. 19.3961, Mo. 19.3962, Mo. 19.3963, Mo. 19.3964, Mo. 19.3965) aufzufordern, die Datenschutzbestimmungen in anderen Bundesgesetzen zu vervollständigen.
Mit der Motion 19.3965 wollte die Kommission eine gesetzliche Grundlage für die Bearbeitung von Personendaten – auch von besonders schützenswerten Daten – durch Flughafenhalter und deren Auftragsbearbeiter schaffen. Im Flugbereich müssten an verschiedenen Stellen Daten bearbeitet werden, etwa zur Flugsicherheit, zum Zutritt zu sicherheitskontrollierten Bereichen, zu Vorfällen und Unfällen oder für Passagierprozesse wie Check-ins. Personendaten müssten an Sicherheitsorgane des Bundes und der Kantone oder an Luftverkehrsunternehmen weitergegeben werden. Zudem seien im Rahmen des Nationalen Sicherheitsprogramms Luftfahrt (NASP) Möglichkeiten zur Videoüberwachung oder zur Bearbeitung von biometrischen Daten geschaffen worden – jedoch fehlten für diese Vorgänge die gesetzlichen Grundlagen. Zudem solle bei Verabschiedung der Revision des Datenschutzgesetzes eine gesetzliche Grundlage für Profiling erstellt werden.
Der Bundesrat erachtete die Erweiterung der Datenbearbeitungskompetenz als nicht notwendig. Die heutigen Vorschritften entsprächen den Vorgaben der internationalen Zivilluftfahrtbehörde und der EU und hätten sich bewährt. Die von der Kommission aufgelisteten Prozesse seien nicht Aufgabe der Flughafenhalter, somit benötigten diese auch keine Kompetenz zur entsprechenden Datenbearbeitung. Mit dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus (PMT) erhielten die Flughafenhalter zudem die für den Zugang zu geschützten Bereichen im Flughafen nötigen Informationen.
In der Wintersession 2019 behandelte der Nationalrat diese Motion, nicht aber die fünf verwandten Vorstösse. Man habe diese sechs Aspekte aus der Beratung des Datenschutzgesetzes ausgelagert, um weitere Verzögerungen bei Letzterem zu vermeiden, erklärte der Sprecher der SPK-NR Matthias Jauslin (fdp, AG). Er zeigte sich über die ablehnende Haltung des Bundesrates erstaunt, zumal die Kommission die Motion mit 20 zu 2 Stimmen (bei 1 Enthaltung) verabschiedet habe und kein Minderheitsantrag vorliege. Verkehrsministerin Sommaruga versuchte, die Position des Bundesrates noch einmal zu verdeutlichen: In denjenigen Bereichen, in denen die Flughafenhalter für die Sicherheit zuständig sind, erhielten sie bereits heute die notwendigen Informationen; für alle anderen Bereiche, die nicht zu ihren Aufgaben zählten, benötigten sie auch keine entsprechenden Kompetenzen. Wie Simonetta Sommaruga in der Debatte vermutet hatte, nahm der Nationalrat die Motion mit 132 zu 50 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) deutlich an. Die SVP-Fraktion lehnte den Vorstoss einstimmig ab.