Peu après avoir quitté ses fonctions de chef du DETEC, Moritz Leuenberger a été nommé par le Conseil fédéral au sein de la fondation Swiss Aviation, qui a pour but d’accompagner le développement de la compagnie Swiss et du transport aérien, ainsi que de veiller à ce que les intérêts de la Suisse soient adéquatement représentés au sein du groupe Lufthansa.

En parallèle de cette restructuration, Swiss a demandé à l'aéroport de Zurich-Kloten (Unique) et Skyguide, ainsi qu’à la Confédération de la soutenir. En réponse, le Conseil fédéral a opposé une fin de non-recevoir aux exigences formulées par Swiss: pas de baisse des impôts sur le carburants, pas de baisse des taxes d’aéroport, pas de rabais chez Skyguide, pas d’injection d’argent public et pas de garantie financière pour l’obtention de crédits. Le gouvernement a par contre institué un comité intitulé "Conditions cadres Swiss" composé de Moritz Leuenberger, Kaspar Villiger et Joseph Deiss. Celui-ci jugera de la nécessité d'agir pour la Confédération et évaluera les conditions cadres, ainsi que les éventuelles mesures de surveillance. Lors de l'assemblée générale, les 860 actionnaires de Swiss, représentant 84,3% des droits de vote, ont approuvé la demande de la compagnie de réduire de la valeur nominale de l'action de CHF 50 à CHF 32. Cette mesure avait été proposée pour que les fonds propres ne dépassent pas la barre de la moitié du capital-actions.

La compagnie aérienne EasyJet, implantée à Genève, projetait d’ouvrir trois nouvelles lignes dès la fin du mois de juillet à destination de Nice, Amsterdam et Barcelone. Swissair est intervenue auprès de l’OFAC pour s’opposer au projet de liaison Genève-Barcelone, faisant valoir son monopole de fait qu’elle détient jusqu’à fin 2008 sur les lignes qu’elle desservait déjà au moment de l’adoption de la nouvelle loi sur l’aviation civile. Le conseiller fédéral Leuenberger a donné raison à Swissair en refusant à EasyJet le droit de rallier Genève à Barcelone. Les deux autres liaisons ont été autorisées.