Ces diverses interventions ont provoqué des protestations véhémentes de la part des organisations de protection de l'environnement et de la nature. Celles-ci ont dénoncé ce qu'elles considèrent comme une entreprise de sabotage de la protection des marais au seul bénéfice des intérêts de la construction et du tourisme. Pour sa part, le Conseil fédéral a déclaré qu'il n'entendait pas trahir la volonté populaire, mais qu'il était prêt à poursuivre sa collaboration étroite avec les cantons et à examiner de près les cas où des conflits importants existent, quitte à réduire le nombre d'objets figurant dans l'inventaire des sites marécageux.

Eine lückenhafte Vernetzung von Lebensräumen schlägt sich in immer länger werdenden Listen von bedrohten Tierarten nieder. Deshalb ist die langfristige Sicherung aller bestehenden naturnahen Flächen als Teil eines Biotopverbundsystems weiterhin dringend. Um den Artenschwund zu stoppen, führten die Naturschutzorganisationen ihren Kampf für eine umwelt- und naturverträgliche Landwirtschaftspolitik fort und forderten insbesondere einen Ausbau der Direktzahlungen an die Bauern, verbunden mit ökologischen Auflagen. Mit Bewirtschaftungsbeiträgen für die Erhaltung und Wiederbelebung von Trockenstandorten, Feuchtgebieten oder anderer naturnaher und standortgemässer Vegetation sollen Mehraufwand und Ertragseinbussen abgegolten werden. Die Grundlagen für solche Anreize sind im revidierten NHG vorhanden.

Le projet de la place d'armes prévue à Rothenthurm est empêtrée dans une bataille juridique depuis 1983. En juillet, le Tribunal fédéral a admis partiellement les nombreux recours déposés par les opposants au projet et a conséquemment annulé les décisions d'expropriation prononcées l'année précédente par le DMF. La première Cour de droit public a en effet estimé à l'unanimité que les renseignements fournis par le DMF en cours de procédure s'étaient révélés bien trop insuffisants pour pouvoir apprécier objectivement l'impact de l'ensemble du projet sur l'environnement, privant ainsi les principaux intéressés des moyens nécessaires de faire valoir leurs droits lors de la procédure d'opposition à l'expropriation. En conclusion, le Tribunal fédéral en a déduit que le droit d'être entendu garanti aux opposants avait été violé et a renvoyé le dossier au DMF pour une nouvelle instruction plus complète. Il a en outre invité celui-ci à tenir compte de toutes les données statistiques nouvelles, ainsi que des exigences de la nouvelle loi sur l'environnement. Ce verdict a été salué tant du côté des promoteurs que du côté des opposants à la place d'armes. Les premiers se sont félicités de voir la plus haute instance juridique du pays admettre implicitement la nécessité d'une place d'armes à Rothenthurm, alors que les seconds ont considéré celui-ci comme une première leçon pour le DMF. Parallèlement, le Conseil des Etats a suivi la recommandation du Conseil fédéral au sujet de l'initiative populaire «Pour la protection des marais» dite «Initiative de Rothenthurm». La chambre des cantons a pris très nettement position contre ce projet de texte constitutionnel qui vise indirectement à empêcher la construction d'une place d'armes à Rothenthurm. Elle a par contre approuvé la proposition du gouvernement de réviser partiellement la loi sur la protection de la nature et du paysage afin de renforcer tout de même la protection des marais et du biotope.

Einen praktischen Erfolg erreichten die Bestrebungen zur Erhaltung des Landschaftsbildes im Streit um die Strassenführung bei Celerina. Der Bundesrat hiess im November in einem bedeutsamen Grundsatzentscheid die Beschwerde der interessierten Organisationen gut und sprach die Bundessubvention nicht dem angefochtenen Projekt der Bündner Kantonsregierung zu, sondern der Variante der betroffenen Gemeinde, die dem Landschaftsschutz besser Rechnung trug. Als unwirksam erwiesen sich die Bestimmungen des eidgenössischen Natur- und Heimatschutzgesetzes im Fall eines Bauprojekts bei Brunnen, gegen dessen Bewilligung durch die Schwyzer Regierung die Natur- und Heimatschutzorganisationen vergeblich beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde erhoben; da es hier um keine Bundesaufgabe ging, konnte die kantonale Zuständigkeit nicht bestritten werden. Einer gleichzeitigen Beschwerde beim Bundesrat gegen die von den schwyzerischen Behörden erteilte Rodungsbewilligung im Schutzwald wurde jedoch aufschiebende Wirkung gegeben, so dass mit der Überbauung nicht begonnen werden konnte. Auf Opposition aus Kreisen der Forstwirtschaft wie des Natur- und Heimatschutzes stiess eine umfängliche Waldrodung südlich von Sitten, die zur Herstellung einer Skipiste durchgeführt und u.a. von Bundesrat Bonvin beim EDI befürwortet wurde. Speziell mit der Freihaltung des Landschaftsbildes von Abfällen befasste sich ein aus Kreisen der Verpackungsindustrie gegründeter Verein «Aktion saubere Schweiz».

Auf dem Gebiet des Natur- und Heimatschutzes vervollständigten die interessierten Organisationen (Schweizerischer Bund für Naturschutz, Schweizerische Vereinigung für Heimatschutz und Schweizer Alpenklub) ein Inventar von schützenswerten Objekten, um es dem Bundesrat als Grundlage für das amtliche Inventar zu unterbreiten, das im neuen Bundesgesetz über Natur- und Heimatschutz vorgesehen ist. Ausserdem wurde aus den gleichen Kreisen gefordert, dass die zum Schutz empfohlenen Landschaften und Naturdenkmäler durch keine neuen Bahn- und Liftanlagen berührt würden; insbesondere sollten die wichtigsten Hochalpenketten für den Bergsport freigehalten werden.