Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2022 als Erstrat mit der Biodiversitätsinitiative sowie mit dem indirekten Gegenvorschlag. Die umfassende Vorlage wurde während drei Sitzungen und in über 160 Wortmeldungen diskutiert. Als erstes wurden das Volksbegehren und der Gegenvorschlag von den Kommissionssprechern Matthias Jauslin (fdp, AG) und Christophe Clivaz (gp, VS) vorgestellt. Matthias Jauslin betonte die Wichtigkeit einer intakten Biodiversität für das Wohlergehen der Bevölkerung, aber auch der Wirtschaft. Leider sei rund ein Drittel der bekannten Tier-, Pflanzen- und Pilzarten in der Schweiz vom Aussterben bedroht – und dies, obwohl die Schweiz seit 2012 über die Biodiversitätsstrategie und den dazugehörigen Aktionsplan verfüge. Da die bislang unternommenen Anstrengungen nicht genügten, um dem Schwinden der Biodiversität Einhalt zu gebieten, brauche es nun griffige Massnahmen. Der Kommissionsmehrheit ginge die Volksinitiative dabei jedoch zu weit, sie schränke insbesondere den Handlungsspielraum von Bund und Kantonen zu stark ein. Die UREK-NR setze daher mehrheitlich auf den Gegenvorschlag in Form einer Änderung des NHG. Daran anschliessend bat Ursula Schneider Schüttel (sp, FR), Präsidentin von Pro Natura und Mitglied des Initiativkomitees, um Unterstützung für ihren Minderheitsantrag, der die Annahme der Volksinitiative empfehlen wollte. Schneider Schüttel liess es dabei jedoch bei einem allgemeinen Votum bleiben und ging nicht auf die Unterschiede zwischen Volksinitiative und Gegenvorschlag ein. Michael Graber (svp, VS) hingegen votierte mit seinem Minderheitsantrag dafür, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen und nicht auf den Gegenvorschlag einzutreten. Graber vertrat die Ansicht, dass die Biodiversität in der Schweiz nicht schlecht dastehe. Initiative und Gegenvorschlag seien daher gar nicht notwendig. Falls die Initiative oder der Gegenvorschlag angenommen werde, würden insbesondere die Landwirtschaft und die Energieproduktion darunter leiden, so Graber.

Danach folgten die Voten der Fraktionen:
Die Grünen sprachen sich sowohl für die Initiative als auch für den Gegenvorschlag aus. Während Delphine Klopfenstein (gp, GE) darauf hinwies, dass die Klimakrise und der Biodiversitätsverlust zusammen angegangen werden müssten, betonte Bastien Girod (gp, ZH), dass für die Grünen insbesondere die Steigerung der Qualität in ohnehin bereits geschützten Gebieten sowie die Vernetzung der Lebensräume im Zentrum stehe.
Auch die SP-Fraktion unterstützte beide Projekte. Martina Munz (sp, SH) unterstrich, dass die Landwirtschaft auf die Biodiversität angewiesen sei, da diese die Bodenfruchtbarkeit und die Bestäubung sichere und damit erst die Ernährungssicherheit garantiert werden könne.
Die GLP-Fraktion unterstützte die Initiative teilweise, sprach sich aber geschlossen für Eintreten auf den Gegenvorschlag aus. Roland Fischer (glp, LU) bemängelte, dass die Schweiz bislang quasi tatenlos zugesehen habe, wie die Biodiversität immer weiter abgenommen habe. Die Schweiz stehe im internationalen Vergleich sehr schlecht da. Folglich müssten die entsprechenden finanziellen Mittel für den Erhalt der Biodiversität bereitgestellt werden, da ein weiterer Verlust an Biodiversität die Schweiz viel teurer zu stehen kommen werde.
Die FDP.Liberale-Fraktion hingegen unterstützte den indirekten Gegenvorschlag mehrheitlich, wie Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) ausführte. Allerdings sei bei der Ausgestaltung des NHG darauf zu achten, dass die Zielkonflikte, insbesondere zwischen der Produktion erneuerbarer Energien und dem Schutz der Biodiversität, immer durch eine umfassende Güterabwägung, die auch die Interessen der Wirtschaft miteinbeziehe, gelöst würden. Die Initiative lehnte die Fraktion mit dem Verweis ab, dass dadurch praktisch die ganze Schweiz unter Schutz gestellt würde.
Die Mitte-Fraktion zeigte sich ähnlich wie die FDP-Fraktion gespalten bei der Haltung zum Gegenvorschlag; die Initiative lehnte sie ab. Wie Priska Wismer-Felder (mitte, LU) ausführte, würde die Initiative dazu führen, dass die Produktion von Nahrungsmitteln eingeschränkt würde, was die Versorgungssicherheit in Frage stellen würde. Beim Gegenvorschlag stosse insbesondere das Flächenziel von 17 Prozent an Flächen, die dem Schutz von Lebensräumen und Arten dienen (so genannte Kerngebiete), auf Widerstand in ihrer Fraktion. Sie bemängelte zudem, dass «die Flächen, auf denen heute schon aktive Biodiversitätsförderung betrieben wird, [...] den 17 Prozent Kerngebiet nicht angerechnet werden» könnten. Eine Minderheit der Mitte-Fraktion gehe jedoch davon aus, dass der Gegenvorschlag die Biodiversität fördere, ohne die Versorgungssicherheit in den Bereichen Ernährung und Energie zu schwächen.
Die SVP-Fraktion lehnte schliesslich sowohl die Initiative als auch den Gegenvorschlag ab. Pierre-André Page (svp, FR) bezeichnete die Initiative als extrem und sprach von einer Diktatur der Biodiversität auf Kosten der Landwirtschaft und der Energie. Aber auch der Gegenvorschlag sei abzulehnen, zumal er teilweise sogar weiterginge als die Initiative.
Auch Umweltministerin Sommaruga äusserte sich in ihrem Eintretensvotum zu diesem – für sie – vermeintlichen Widerspruch. Sommaruga zeigte sich erstaunt, dass versucht werde, den Schutz der Biodiversität gegen die Landwirtschaft auszuspielen, da diese sich doch gegenseitig bedingten.
Bevor der Rat zur Detailberatung überging, wurde der Nichteintretensantrag Graber mit 106 zu 78 Stimmen bei 4 Enthaltungen abgelehnt. Die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion stimmten gegen Eintreten.

Anschliessend befasste sich der der Rat in einem ersten Block der Detailberatung mit den Themen hohe Baukultur und ökologische Infrastruktur.
Zuerst stimmte der Nationalrat einer Minderheit Müller-Altermatt (mitte, SO) zu, welcher den Begriff «Schönheit» aus dem Zweckartikel streichen wollte. Andere Minderheiten, wie etwa diejenige von Michael Graber zur Entfernung der Vernetzung der für Tiere und Pflanzen wichtigen Lebensräume aus dem Zweckartikel, fanden keine Mehrheit. Graber hatte vergeblich argumentiert, dass ein «Netz von grünen Korridoren, von grünen Autobahnen» keinen Platz mehr für die Menschen übrigliesse. Sodann beschloss der Nationalrat stillschweigend, der Kommission zu folgen und die Bestimmungen zur hohen Baukultur aus dieser Vorlage zu streichen und in einer Motion (22.3892) anzugehen. Diese Motion forderte den Bundesrat dazu auf, gesetzliche Bestimmungen zur Förderung der Baukultur im Rahmen der nächsten Kulturbotschaft 2025-2028 vorzuschlagen. Der Bundesrat hatte dieses Vorgehen der Auslagerung und die Motion zuvor unterstützt.
Im Anschluss stimmte der Rat über einen viel diskutierten Minderheitsantrag II Jauslin ab, welcher im Artikel über die ökologische Infrastruktur den festen Prozentsatz an Kerngebieten an der Landesfläche streichen wollte und stattdessen dafür plädierte, die Definition von Kerngebieten dem Bundesrat zu überlassen. Dieser solle dabei neben den Biotopen von nationaler Bedeutung auch so genannte Biodiversitätsgebiete von nationaler Bedeutung bezeichnen und die Ziele für diese Gebiete festlegen können. Die Kantone sollen gemäss Jauslin die zur Erreichung der Ziele notwendigen Massnahmen ergreifen und die Umsetzung sicherstellen. Ursula Schneider Schüttel legte als Sprecherin dieser Minderheit dar, dass eine Nutzung dieser Biodiversitätsgebiete und Vernetzungsgebiete durch die Landwirtschaft nicht ausgeschlossen sei. Auch könnten in diesen Gebieten alternative Energieerzeugungsanlagen betrieben werden. Die Kommissionsmehrheit wollte hingegen eine abschliessende Liste an Gebieten festlegen, welche als Kerngebiete kategorisiert werden können. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich offen gegenüber dem Minderheitsantrag Jauslin, zumal damit womöglich gewisse Abwehrreflexe gegenüber dem fixen Flächenziel von 17 Prozent gestoppt werden könnten. In den Abstimmungen obsiegte der Antrag II Jauslin gegenüber der Kommissionsmehrheit und auch gegenüber zwei weiteren Minderheiten und einem Einzelantrag Müller-Altermatt. Diese Minderheitsanträge hatten einen Anteil der Kerngebiete an der Landesfläche von 30 Prozent (Klopfenstein Broggini), die Bekämpfung der Vergandung und Verwaldung der Landwirtschaftsflächen (Graber) sowie eine bessere Honorierung der Leistungen der Landwirtschaft (Müller-Altermatt) gefordert.

In einem zweiten Block der Detailberatung wurden weitere Änderungen des NHG sowie anderer Erlasse diskutiert. Dabei blieben alle Minderheitsanträge bis auf einen erfolglos. So lehnte der Rat etwa die erneut geforderte Streichung der Vernetzung von Schutzgebieten – dieses Mal der Biotope von nationaler Bedeutung – ab (Minderheit Rüegger; svp, OW) und konnte sich auch nicht für das Verbot der Übertragung von Vollzugsaufgaben an Private erwärmen (Minderheit Rösti; svp, BE). Abgelehnt wurde aber auch ein Antrag von links-grüner Seite, welcher die Vernetzung für bedrohte und prioritäre Tier- und Pflanzenarten stärker fördern wollte (Minderheit Clivaz). Hingegen vermochte sich die Minderheit Schneider Schüttel mit ihrem Anliegen, auch die Biotope von regionaler Bedeutung in den ökologischen Leistungsnachweis aufzunehmen, mit Stichentscheid von Ratspräsidentin Kälin (gp, AG) knapp durchzusetzen. Der Mehrheit folgend angenommen wurde sodann eine Ergänzung des JSG, wonach der Bundesrat im Einvernehmen mit den Kantonen Wildtierkorridore von überregionaler Bedeutung bezeichnen kann; diese dienen der grossräumigen Vernetzung der Lebensräume der Wildtiere.

In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer mit 104 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen für den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags aus. Dagegen votierten die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion. Bei der Abstimmung zur Volksinitiative sprach sich der Rat mehrheitlich dafür aus, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen (101 zu 72 Stimmen bei 19 Enthaltungen), wobei ähnliche Koalitionen zu beobachten waren wie bei der Abstimmung zum indirekten Gegenvorschlag; die Enthaltungen stammten zu einem grossen Teil von der GLP-Fraktion. Zudem verlängerte der Nationalrat die Behandlungsfrist für die Volksinitiative bis zum 8. März 2024.

Das mediale Interesse rund um das Thema Windenergie war auch in den Jahren 2018 bis 2021 ununterbrochen stark. Die meisten Berichterstattungen konnten dabei den Themenbereichen «Potenzial von Windenergie», «schleppender inländischer Ausbau und Kritik» sowie «Zubau von Schweizer Anlagen im Ausland» zugeordnet werden.

Ein mediales Echo erzeugte im Frühling 2019 eine veränderte Einschätzung des BFE beim verorteten Windenergiepotenzial. Wie die NZZ schrieb, sei die Windstärke in der Vergangenheit überschätzt worden, weshalb in der Folge der Windatlas von 2019 deutlich geringere Windstärken ausweise als noch jener von 2016. Opponentinnen und Opponenten der Windenergie würden dem Bund deshalb «frisierte Zahlen» im Vorfeld der Abstimmung über die Energiestrategie 2050 vorwerfen, liess die NZZ verlauten. Das Bundesamt teilte mit, dass im Vergleich zum früheren Atlas zwar tiefere Windgeschwindigkeiten zu erwarten seien, die alte Karte aber dennoch Regionen korrekt aufgezeigt habe, in denen Wind zur Stromproduktion genutzt werden könne.

Trotz dieser neuen Einschätzung der Windsituation gingen im November 2020 neue Windräder in Betrieb: Auf dem Gotthardpass im Kanton Tessin drehten sich erstmals fünf Windräder in einem neuen Park. Die neue Anlage mache damit gut 15 Prozent der nationalen inländischen Windenergieproduktion aus, wie die Westschweizer Zeitung «Le Temps» berichtete. Die Aargauer Zeitung relativierte jedoch, dies sei nur «[e]in kleiner Schub für die Windkraft», da die Windenergieproduktion gerade einmal 0.2 Prozent des Schweizer Strommixes ausmache. Mit diesem «Mauerblümchendasein», das die Windkraft in der Schweiz friste, sei diese noch weit von den in der Energiestrategie 2050 angestrebten sieben Prozent entfernt, kommentierte dieselbe Zeitung. Derselbe Tenor war auch in vielen weiteren Medienberichten zu vernehmen. Die Basler Zeitung urteilte im Juli 2019 etwa, die Ausbauziele des Bundes in der Windenergie seien kaum mehr erreichbar. Das St. Galler Tagblatt verortete den Grund für den schleppenden Ausbau vor allem bei den Landschaftsschützenden und den Kantonsregierungen. So hätten beispielsweise die Kantonsregierungen von Appenzell-Innerrhoden und Glarus Windparks aus ihren Richtplänen gestrichen. Die «Weltwoche» sprach beim Ausbau der Windenergie von einer «Verschandelung der Landschaft» und kritisierte den Ausbau damit generell. Doch auch die Bevölkerung selber nahm entsprechenden Projekten den Wind aus den Rotoren, wie das Beispiel vom bernjurassischen Sonvilier (BE) im Herbst 2019 zeigte: Die Bürgerinnen und Bürger Sonviliers lehnten die entsprechende Überbauungsordnung für die Errichtung von sieben neuen Windturbinen mit 286 (50.4 %) zu 281 (49.6%) Stimmen in der kommunalen Abstimmung äusserst knapp ab, wie SRF berichtete. Es drohe eine regelrechte «Anbauschlacht» – ein Vergleich, den Beat Rieder (mitte, VS) während einer Parlamentsdiskussion betreffend den Ausbau und die Förderung der erneuerbaren Energien prägte –, um die inländische Energieversorgung mit erneuerbaren Energien sicherstellen zu können. Die Windenergie bereite einen riesigen Aufwand und verursache grossen Ärger bei der lokalen Bevölkerung, wie das Beispiel am Stierenberg (LU) exemplarisch aufzeige, monierte dieselbe Zeitung weiter. Einen Rückschlag einstecken musste auch ein Projekt in Grenchen (SO). Dort hätten Presseberichten zufolge ursprünglich sechs Windräder gebaut werden sollen. Das Bundesgericht gab aber einer Einsprache von Vogelschützern teilweise statt und strich im November 2021 zwei Masten aus der Planung. Grund dafür waren zwei Wanderfalken, die im Gebiet ihren Horst hatten und die für die regionale Population von grosser Bedeutung seien, wie die Vogelwarte Sempach zuvor festgehalten hatte. Zudem müssen zum Schutz von Fledermäusen Mikrofone an den Anlagen montiert werden, urteilte das Bundesgericht weiter. Allgemein seien Einsprachen und lange Verfahren ein Problem, erklärte der Tages-Anzeiger im Herbst 2021. Es herrsche «Flaute» und es dauere im Schnitt 20 Jahre, bis in der Schweiz eine neue Anlage stehe; der Windpark Sainte-Croix (VD) im Jura, der voraussichtlich 2023 in Betrieb gehen werde, habe beispielsweise eine Vorlaufzeit von 25 Jahren gehabt. Energieministerin Simonetta Sommaruga wollte deshalb die Akteure an einem «runden Tisch» zusammen bringen, um die Prozesse und den Austausch zu beschleunigen, wie der Tages-Anzeiger weiter berichtete. In der Botschaft zur Revision des Energiegesetzes, welche er im Sommer 2021 dem Parlament unterbreitete, sah der Bundesrat im Gesetzestext zudem verbindliche Ausbauziele für erneuerbare Energien sowie verlängerte Fördermassnahmen für den Ausbau vor, was die Weltwoche wiederum als unvernünftige, «übergrosse Kelle» beurteilte.

Kopfzerbrechen dürfte der Energieministerin nebst dem gemächlichen Ausbautempo auch der Umstand bereitet haben, dass grosse Windenergieanlagen von Schweizer Energieunternehmen in den letzten Jahren im Ausland gebaut oder mitfinanziert wurden. «Der Wind weht im Ausland», übertitelte der Tages-Anzeiger im Februar 2021 einen Bericht über die Stadtzürcher Elektrizitätswerke (EWZ), die in Norwegen 22 neue Windturbinen in Betrieb genommen hatten. Zwar könne die Stadt Zürich damit einen grüneren Strommix anbieten – was auch die Stimmbevölkerung im Sommer 2021 in einer Volksabstimmung hoch goutiert hatte –, da aber andere europäische Länder in Zukunft selbst mehr Kapazitäten benötigen würden, wenn sie aus fossilen Energieträgern aussteigen wollten, könnte dies dazu führen, dass die Schweiz nicht mehr genügend Strom importieren könne. Dies habe insbesondere auch mit einer EU-Regelung zu grenzüberschreitenden Übertragungskapazitäten zu tun, welche ab 2025 in Kraft treten werde und bewirke, dass die Schweiz als Nicht-EU-Mitglied im europäischen Strommarkt einen Nachteil im Import erfahren werde. «Die EU kann bestimmen, wie viel Strom die Schweiz vom Ausland importieren kann», resümierte der Tages-Anzeiger im Februar 2021. Neue Windenergieanlagen im Ausland mit Schweizer Beteiligung dürften somit einen positiven Einfluss auf das Klima haben, jedoch auf die lange Sicht eher nicht zur inländischen Stromversorgungssicherheit und zur Verhinderung einer drohenden Strommangellage beitragen.

Als Zweitrat befasste sich der Ständerat in der Frühjahressession 2021 mit einer Motion Egger (csp, VS), die vom Bundesrat alle vier Jahre einen Aktionsplan Berggebiete verlangt. Stefan Engler (mitte, GR) sprach sich im Namen der zuständigen WAK für das Anliegen seines ehemaligen Fraktionskollegen aus. Einerseits, so Engler, brauche es gezielte Massnahmen in den Sektorialpolitiken Finanzausgleich, Verkehr, Fachhochschulwesen, Telekommunikation, Raumordnung, Energie, Landwirtschaft, Umwelt sowie Natur und Landschaft, um peripheren Berggebieten neue Impulse verleihen zu können. Er verwies dabei unter anderem auf den im November 2020 veröffentlichten «Aktionsplan Alpenraum. Vorschläge für die Ergänzung der Regionalpolitik des Bundes» der Regierungskonferenz der Gebirgskantone, der auch als Vorlage für den Aktionsplan des Bundes dienen solle. Andererseits müsse die Berggebietsförderungspolitik besser institutionell in die Bundespolitik eingebunden werden, beispielsweise durch die Ernennung einer oder eines Delegierten für Berggebietspolitik.
Bundesrätin Simonetta Sommaruga zeigte sich in ihrem Votum überzeugt, den von der Motion geforderten Aktionsplan in laufende Arbeiten der beiden Departemente UVEK und WBF zu einer Evaluation der Berggebietspolitik integrieren zu können. Sie beantragte deshalb die Annahme der Motion. Wie zuvor schon der Nationalrat nahm der Ständerat den Vorstoss stillschweigend an.