Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Le Conseil fédéral approuve la révision des inventaires des biotopes et des sites marécageux protégés au niveau fédéral. La surface totale des zones inscrites dans les inventaires passe de 1.8% à 2.2% du territoire national. L'augmentation de la surface concerne des zones de protection des batraciens et les zones alluviales. Leur faune et flore peuvent ainsi bénéficier d'une protection uniforme et d'une meilleure conservation. L'agrandissement du réseau des aires protégées de Suisse permettra l'atteinte des objectifs de la Stratégie Biodiversité Suisse. Avec cette révision, la mise en œuvre de la protection par les cantons est améliorée, notamment par la cartographie détaillée des périmètres de plus de 1'100 objets. L'entrée en vigueur de cette révision est prévue pour le 1er novembre 2017.

Le DETEC a mis en consultation un projet de révision partielle de l’ordonnance sur les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs afin de créer huit nouvelles réserves d’importance nationale et d’étendre la réserve d’importance internationale de Cudrefin (VD), sur le lac de Neuchâtel. Le projet comporte également des mesures visant à résoudre les problèmes découlant de l’utilisation croissante des cours et plans d’eau pour des activités de loisirs. Ainsi, l’octroi d’autorisations sera désormais soumis à des critères plus sévères, de sorte à tenir pleinement compte du potentiel de dérangement des animaux et de dommage à leur habitat causés par les engins et appareils de loisirs.

Mit der Revision der Freisetzungsverordnung erliess der Bund erstmals ein nationales Verbreitungsverbot für einige Problempflanzen. Von den 20 Arten der „Schwarzen Liste“, die als gebietsfremde Pflanzen (invasive Neophyten) in der Schweiz eingedämmt werden sollten, fallen aber nur sechs unter das vorgesehene Verbot. Es handelt sich um jene Arten, welche auch wirtschaftliche Schäden verursachen und eine Gefahr für die Gesundheit darstellen: die Aufrechte Ambrosie, welche Allergien auslöst, den Riesenbärenklau, der bei Berührung Hautentzündungen bewirkt, das Schmalblättrige Greiskraut, das in der Landwirtschaft Probleme verursacht, sowie den Essigbaum, den Japanischen und den Sachalin-Knöterich.

Le Conseil fédéral a adopté une nouvelle ordonnance, entrant en vigueur le ler janvier 1992, sur les districts francs, qui vise à assurer la protection des espèces rares d'oiseaux et de mammifères. Certaines d'entre elles vont ainsi pouvoir être protégées contre la chasse ainsi que contre les nuisances dues à l'activité humaine. Le but de l'ancienne ordonnance, qui était l'augmentation de leurs effectifs, ayant été largement atteint, celui-ci prévoit des mesures de régulation de ces espèces.

Par ailleurs, en application de la loi sur la chasse et la protection des animaux ainsi que de la Convention de Ramsar, le gouvernement a adopté une ordonnance plaçant sous protection dix réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs, dont neuf sont considérées comme étant d'importance internationale. Ce texte, entré en vigueur le 1er février, entend notamment limiter certaines activités nuisibles pour les oiseaux et leur milieu, tels la chasse, la pêche, la navigation ou le tourisme. La surveillance de ces zones incombe aux cantons, mais la Confédération participera à leurs frais à hauteur de 30 à 50%.