Le Conseil fédéral a adopté la 1ère révision de l’inventaire fédéral des hauts-marais et marais de transition d’importance nationale, datant de 1991. L’inventaire des hauts-marais et marais de transition est l’un des trois inventaires découlant de l’article constitutionnel de Rothenthurm; 514 objets ont été répartis dans 23 cantons.
La modification de l’ordonnance est entrée en vigueur le 1er mai 2003. Les hauts-marais se développent sur des sols gorgés d’eau alimentés uniquement par les précipitations. Ces milieux, très pauvres en éléments nutritifs, sont très sensibles aux variations du niveau d’eau dans le sol et aux modifications des conditions écologiques. Ils abritent une flore et une faune très spécifique et contribuent à régulariser le régime des eaux. Depuis un siècle, cependant, leur nombre a fortement diminué en raison des drainages et de l’exploitation de la tourbe. Le Conseil fédéral a approuvé l’inscription de 37 nouveaux objets. La plupart de ces objets étaient connus depuis longtemps et étaient acceptés par les cantons. Certains avaient déjà été mis sous protection, avec le soutien financier de la Confédération selon la répartition fixée pour les objets d’importance nationale. Quinze objets figurant déjà dans l’inventaire ont été agrandis. Deux objets ont été sortis de l’inventaire. Un examen de ces sites – qui souffraient déjà d’atteintes difficiles à restaurer au moment de leur mise sous protection – a montré que leur potentiel de régénération était très faible voire nul.

Peu avant la fin de l'année, le Conseil fédéral a par ailleurs décidé que 377 nouvelles zones humides figureraient dès le 1er mars 1997 dans l'inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale. Ces nouveaux sites dignes d'être protégés viendront ainsi compléter la liste des 723 objets déjà répertoriés en 1994.

Conformément au mandat constitutionnel né de l'acceptation par le peuple et les cantons de l'initiative populaire «Rothenthurm» en 1987, le Conseil fédéral a approuvé début mai l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale. Ce document - qui répertorie 88 sites de ce type - est entré en vigueur le 1er juillet de l'année sous revue, tout comme l'ordonnance y relative dont l'objectif est de régler la protection des zones inventoriées et, le cas échéant, leur utilisation par le tourisme, l'agriculture ou l'armée.

Le Conseil fédéral a mis en vigueur, au 1er octobre, l'ordonnance sur la protection des bas-marais d'importance nationale. Ce texte comporte un inventaire de 728 objets protégés (environ 0,3% de la superficie de la Suisse) regroupant les deux tiers des 1'084 objets mis en consultation en 1990. Le solde devrait recevoir une base légale pour sa protection en 1995.

Le Conseil fédéral a mis en vigueur le 15 novembre l'ordonnance sur la protection des zones alluviales d'importance nationale visant à protéger 169 objets significatifs. Le but de ce texte est de garantir des conditions aptes au développement de la faune et de la flore typiques de ces régions. Il appartient aux cantons de délimiter précisément ces espaces ainsi que les zones tampons adéquates. Les seules possibilités de porter atteinte à ces endroits concernent des projets dont l'emplacement s'impose directement par leur destination, et qui servent la protection de l'homme ou un intérêt public prépondérant d'importance nationale.

Enfin, le Conseil fédéral a également mis en consultation l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale. Elle concerne 91 sites sur les 329 étudiés, qui forment une superficie de 926 km2. Les cantons seront chargés de la mise en oeuvre de ce texte, la Confédération prenant en charge une partie du financement. Ce texte entend conserver et entretenir ces biotopes en sauvegardant notamment la faune et la flore spécifique à ces lieux, et en garantissant qu'ils restent reliés à leur environnement. Il vise aussi à éloigner les menaces que les activités humaines peuvent faire peser sur eux et à rétablir la situation lorsque le marais a été endommagé par une installation ou une construction.

Ensuite, le gouvernement a mis en consultation l'ordonnance sur la protection des bas marais d'importance nationale, qui devrait ainsi entrer en vigueur au début de 1992. Celle-ci peut mettre sous sévère protection ce type de biotopes, de la même manière que cela a été fait avec les hauts-marais. Ce texte comporte un inventaire résultant d'un travail de cinq années, et recensant près de 3'300 marais pour une surface totale de 243 km2. En leur sein, les biotopes d'importance nationale sont au nombre de 1'084 pour une surface de 185 km2, et les plus significatifs se trouvent dans les cantons de Berne, Lucerne et Schwytz. Certains cantons ont estimé que l'inventaire était trop important et que l'étendue des surfaces à protéger pouvait mettre en danger l'agriculture et le développement économique en général.

Tirant sa compétence de la disposition constitutionnelle provenant de l'initiative Rothenthurm et de la LPN, le Conseil fédéral a édicté ou mis en consultation plusieurs textes visant la protection des marais. En premier lieu, il a adopté l'ordonnance sur la protection des hauts-marais d'importance nationale, contenant une liste de 514 sites pour une surface totale de 15 km2. Ces biotopes sont principalement situés dans le nord des Alpes et le Jura romand. Ce texte est entré en vigueur le 1er février.

Le Conseil fédéral a édicté la nouvelle ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN). Ce texte entend régler la protection et l'entretien des biotopes (en particulier les zones humides dont d'autres ordonnances dressent l'inventaire). Si les cantons s'en voient attribuer la majeure partie de l'exécution, la Confédération devra néanmoins participer au financement des mesures de protection et assumer une bonne partie des frais en ce qui concerne les biotopes d'importance nationale ainsi que fixer, d'entente avec les cantons, les divers objectifs de protection. Elle pourra également aider les associations de protection de la nature et du paysage d'importance nationale.

Au terme de la consultation, le Conseil fédéral renonça à l'utilisation d'un AFU pour la protection des marais et des sites marécageux. Un bon nombre de cantons s'opposa en effet à l'élaboration d'un tel instrument; ils ont estimé être juridiquement en mesure de garantir la protection des zones humides, même sans disposer d'inventaires fédéraux contraignants. Il est apparu que le principal problème résidait dans l'application des dispositions en vigueur, les cantons souffrant d'un manque d'argent et de personnel pour assurer leur tâche. Le gouvernement, en conséquence, s'est contenté de leur accorder un crédit complémentaire de CHF trois millions pour l'année 1990.