Als Zweitrat stimmte auch der Ständerat dem Gesetz über die Rehabilitierung der schweizerischen Kämpfer auf republikanischer Seite im Spanischen Bürgerkrieg von 1936-39 zu. In der Schlussabstimmung hiess die grosse Kammer die Rehabilitierung der Spanienkämpfer gegen den Widerstand der SVP mit 133 zu 50 Stimmen gut, der Ständerat mit 35 zu 4 Stimmen. Im Berichtsjahr publizierte eine Fachkommission einen Bericht über den Vollzug des 2004 in Kraft getretenen Gesetzes über die Aufhebung von Strafurteilen gegen Flüchtlingshelfer zur Zeit des Nationalsozialismus in Deutschland.

Als Zweitrat hiess auch der Ständerat den Vorschlag der Rechtskommission des Nationalrats für die Aufhebung von Gerichtsurteilen gegen Flüchtlingshelfer während der Zeit der faschistischen Regime in Europa gut (parlamentarische Initiative Rechsteiner, sp, SG). In Abweichung von der grossen Kammer beschloss er, dass für die Aufhebung der einzelnen Urteile nicht eine noch zu schaffende spezielle Kommission, sondern die Begnadigungskommission der Bundesversammlung zuständig sein soll. Der Nationalrat schloss sich dieser Lösung an.

Der Ständerat bestätigte seinen Entscheid aus dem Vorjahr, die Beziehungen von schweizerischen Personen und Unternehmen zur Staatssicherheitspolizei der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik (Stasi) nicht von Staates wegen wissenschaftlich erforschen zu lassen. Er lehnte die parlamentarische Initiative Frey (svp, ZH) zum zweiten Mal und damit definitiv ab. Der Nationalrat hatte zuvor beschlossen, die Initiative weiterhin zu unterstützen.

Im Gegensatz zum Nationalrat sah der Ständerat keine Veranlassung, die Beziehungen von schweizerischen Personen und Unternehmen zur Staatssicherheitspolizei der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik (Stasi) von Staates wegen wissenschaftlich erforschen zu lassen. Er beschloss mit 23:9 Stimmen, auf einen mit einer parlamentarischen Initiative Frey (svp, ZH) geforderten Bundesbeschluss nicht einzutreten. Mit den Worten des Sprechers der Rechtskommission der kleinen Kammer soll die Politik der historischen Forschung gute Rahmenbedingungen gewähren, sie aber bei der Wahl ihrer Themen selbst gewähren lassen. Die Rechtskommission des Nationalrats gab sich allerdings noch nicht geschlagen und beschloss, ihrer Kammer eine Bestätigung des ursprünglichen Beschlusses zu beantragen.

Trotz der Skepsis des Bundesrates stimmte der Nationalrat dem Beschluss über die Einsetzung einer Kommission zur Untersuchung der Beziehungen von schweizerischen Personen und Unternehmen zur Staatssicherheitspolizei (Stasi) der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik zu. Er überwies in diesem Zusammenhang auch eine Motion seiner Rechtskommission, welche den Bundesrat ersucht, die nötigen diplomatischen Schritte zu unternehmen, damit schweizerische Forscher Zugang zu den sich in Deutschland, Russland und den USA befindlichen Quellen erhalten. Der Bundesrat gab bekannt, dass entsprechende Zusicherungen aus Deutschland (Gauck-Behörde) vorliegen würden, für die beiden anderen Staaten aber kaum erhältlich seien.

Der Bundesrat zeigte sich in seiner Stellungnahme eher skeptisch zu einem im Vorjahr von der Rechtskommission des Nationalrats vorgelegten Entwurf für einen Bundesbeschluss über die Erforschung der Beziehungen von Schweizer Personen und Firmen zum Staatssicherheitsdienst (Stasi) der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik (DDR). Er sprach dem Anliegen zwar seine Berechtigung nicht ab, zweifelte aber daran, dass es sich dabei um eine vordringliche staatliche Aufgabe handle. Sofern diese Beziehungen unverjährte kriminelle Aktivitäten (z.B. Spionage oder Geldwäscherei) beträfen, sei deren Aufklärung Sache der Strafverfolgungsbehörden. Wenn es aber lediglich um historische Aufklärung gehe, dann sei seiner Meinung nach eher die Geschichtswissenschaft zuständig.

Der Ständerat befasste sich noch einmal mit dem vom Nationalrat im Vorjahr beschlossenen besonderen Schutz von Personen, welche vor der Historikerkommission aussagen. Er hielt gegen den Widerstand der Linken an seiner Meinung fest, dass Auskunftspersonen durch den Bundesbeschluss, welcher die Kommission mandatiert hatte, ausreichend geschützt seien, und lehnte es ab, auf die Vorlage der grossen Kammer einzutreten. Damit wurde das Geschäft aus der Traktandenliste gestrichen.

Die Kommission für Rechtsfragen des Nationalrats beantragte mit einer parlamentarischen Initiative, eine Lücke beim dringlichen Bundesbeschluss aus dem Vorjahr, welcher die Grundlage zur Arbeit der Historikerkommission Bergier bildet, zu schliessen. Auslöser für diesen Vorstoss war die Sicherstellung von alten Bankdokumenten aus dem Shredderraum einer Grossbank durch den Wachmann Meili. Der Zusatzbeschluss sah vor, dass Personen, welche vor dieser Kommission aussagen möchten oder ihr anderweitig Informationen zukommen lassen, keine Nachteile wegen Verletzung der Treuepflicht gegenüber ihrem Arbeitgeber oder des Berufsgeheimnisses erwachsen dürfen. Dabei soll insbesondere auch ausdrücklich festgehalten werden, dass eine Kündigung in solchen Fällen nicht zulässig wäre. Der Nationalrat stimmte dieser Ergänzung zu. Der Ständerat war hingegen der Ansicht, dass eine solche explizite Formel nicht nötig sei, da Auskunftspersonen, welche in gutem Glauben handeln, durch den Bundesbeschluss vom Dezember 1996 ausreichend geschützt seien. Die Materialen zu diesem Beschluss würden nach Ansicht der Kommissionsmehrheit den Richtern auch in Zivilsachen eindeutig die Anweisung geben, das Interesse der Öffentlichkeit an der Geschichtsforschung den privaten Klägerinteressen vorzuziehen. Diese Ansicht wurde auch vom Bundesamt für Justiz geteilt. Die kleine Kammer beschloss mit 35 zu 7 Stimmen, nicht auf die Vorlage einzutreten. Im Nationalrat beantragte die Kommissionsmehrheit, am Beschluss festzuhalten, da in bezug auf das Zivilrecht die Rechtslage nicht eindeutig sei; diese Meinung hatte auch der Bundesrat in seiner Stellungnahme zur parlamentarischen Initiative vertreten. Gegen den Widerstand der SVP - welche sich insbesondere auch über die publizistische Ausschlachtung des Falls Meili empörte - entschied der Nationalrat, an der neuen Bestimmung festzuhalten.

Die Rechtskommission des Nationalrats verabschiedete in Ausführung einer 1996 gegen den Widerstand der Linken überwiesenen parlamentarischen Initiative Frey (svp, ZH) einen Beschluss für die Erforschung der Beziehungen der Schweiz und ihrer Bewohner zum Staatssicherheitsdienst (Stasi) der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik (DDR). Die Kommission für Rechtsfragen war zum Schluss gekommen, dass einzig eine historische Aufarbeitung durch vom Staat unabhängige Personen oder Institutionen in Frage kommt. Nur damit sei es überhaupt möglich, vor Ablauf der Sperrfristen Zugang zu den deutschen Archiven zu erhalten. Aus demselben Grund sei explizit darauf zu verzichten, die Ergebnisse dieser Forschung später als Beweismittel in allfälligen strafrechtlichen Verfahren zu verwenden. Der von der Kommission dem Parlament vorgeschlagene Bundesbeschluss zur Untersuchung des Verhältnisses der Schweiz zur ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik lehnt sich, insbesondere was das Verbot der Aktenvernichtung, die Verpflichtung zu Auskunftserteilung und die Wahrung des Amtsgeheimnisses betrifft, stark an den Bundesbeschluss vom Dezember 1996 über die Aufarbeitung der Weltkriegsgeschichte (Kommission Bergier) an. Im Gegensatz zu den Intentionen der Initiative sollen dabei nicht nur die politischen und nachrichtendienstlichen, sondern auch die wirtschaftlichen Beziehungen ausgeleuchtet werden.

Der Bundesrat begegnete dem massiven aussenpolitischen Druck, indem er eine unter der Leitung des Diplomaten Thomas Borer stehende Arbeitsgruppe (task force) einsetzte. Im Parlament gab eine von Verena Grendelmeier (ldu, ZH) im März 1995 eingereichte parlamentarische Initiative den Anstoss zur Aufarbeitung der Vergangenheit. Der daraus hervorgegangene Bundesbeschluss über die umfassende Aufklärung der Rolle des schweizerischen Finanzplatzes vor, während und unmittelbar nach dem 2. Weltkrieg wurde von beiden Räten für dringlich erklärt und einstimmig angenommen. Die mit dieser Untersuchung beauftragte und von François Bergier präsidierte internationale Historikerkommission wurde vom Bundesrat noch vor Jahresende eingesetzt.