Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2021 mit einer Motion Hösli (svp, GL), welche von Jakob Stark (svp, TG) übernommen worden war, zur Verkleinerung des Gewässerraums. Die Kommissionssprechenden Pierre-André Page (svp, FR) und Priska Wismer-Felder (mitte, LU) erläuterten die Argumente der knappen Kommissionsmehrheit (13 zu 12 Stimmen), welche die Motion zur Annahme empfahl. Wismer-Felder führte aus, dass ein von der Kommission verlangter Zusatzbericht zu den Auswirkungen der Motion aufgezeigt habe, dass in den drei im Bericht untersuchten Kantonen Glarus, Graubünden und Aargau lediglich rund 1.8 Prozent der Landwirtschaftsbetriebe von der in der Motion geforderten Bestimmung betroffen wären. Mit der vorliegenden Motion könne das GSchG so geändert werden, dass diesen Betrieben, die mit der geltenden Regelung in ihrer Existenz bedroht seien, geholfen werden könne.
Martina Munz (sp, SH) vertrat die Kommissionsminderheit. Sie kritisierte, dass die Mehrheit der UREK-NR ignoriere, dass mit dieser Motion der Schutz der Biodiversität sowie der Hochwasserschutz leiden würden. Während in den drei untersuchten Kantonen 0.1 bis 1.4 Prozent an ertragreicher Futtermittelfläche gewonnen werden könnten, gingen zwischen 25 und 75 Prozent der Gewässerraumfläche verloren. Sie sei doch sehr erstaunt darüber, dass einige wenige Landwirte mehr Gehör erhielten als die Kantone durch ihre LDK und BPUK, zumal Erstere bereits mit CHF 200 Mio. entschädigt worden seien. Die Mehrheit des Rates sah dies ähnlich: Die grosse Kammer lehnte die Motion mit 100 zu 84 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Die befürwortenden Stimmen stammten von den geschlossen stimmenden Grünen-, SP- und GLP-Fraktionen, von der Hälfte der FDP.Liberalen-Fraktion sowie von einzelnen Mitgliedern der Mitte- und der SVP-Fraktionen. Der Vorstoss ist damit erledigt.

In der Wintersession 2019 befasste sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS), welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.
In der nationalrätlichen Debatte argumentierte der Urheber der Initiative, dass zwar Messungen in Fliessgewässern gemacht würden und festgestellt werde, dass Pestizidwirkstoffe die Gewässerorganismen nachhaltig schädigen. Leider hätten diese Messungen aber zu wenig Folgen, so Jans. Die Pestizide würden nicht aus dem Verkehr gezogen, sondern die Trinkwasserquellen geschlossen. Die Mehrheit der UREK-NR wolle warten, bis die Agrarpolitik 22+ des Bundesrates wirksam würde; für Jans dauerte das aber zu lange, zudem sei auch noch nicht klar, ob überhaupt und welche Massnahmen im Rahmen der Agrarpolitik 22+ vorgeschlagen würden.
Bastian Girod (gp, ZH) erklärte in der Ratsdebatte die Trinkwasserqualität für akut gefährdet. Er verwies auf ein Faktenblatt der EAWAG, welches festhalte, dass die darin gesetzten Ziele (zum Beispiel im Aktionsplan Pflanzenschutzmittel) die gesetzlichen Anforderungen noch nicht erfüllen würden. Für Girod war der richtige Zeitpunkt zu handeln nun eingetroffen, zumal der Bundesrat den beiden Trinkwasser- resp. Pestizidinitiativen keinen Gegenvorschlag entgegenstellen wolle.
Für die SVP-Fraktion sprach Pierre-André Page (svp, FR) ein Loblied auf die Schweizer Landwirtschaft. Diese mache heute schon viel gegen den Missbrauch mit Pflanzenschutzmitteln. Zudem könne sie aufgrund der vielen Restriktionen bald nicht mehr genug produzieren und dann müssten Nahrungsmittel importiert werden, wobei der Konsument nicht wisse, unter welchen Bedingungen diese produziert würden.
Anders als zuvor in der UREK-NR fand die Initiative im neu zusammengesetzten Nationalrat mit 155 zu 88 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit. Sämtliche Mitglieder der SVP, sowie einige Mitglieder der FDP und CVP stimmten gegen die Initiative.
In den Medien nahm Markus Ritter (cvp, SG), Nationalrat und Präsident des Schweizerischen Bauernverbandes, Stellung und argumentierte, dass das kürzlich erlassene Anwendungsverbot des Fungizids Chlorothalonil zeige, dass das Zulassungssystem für Pestizide funktioniere. Paul Sicher, Sprecher des Schweizerischen Vereins des Gas- und Wasserfachs, widersprach dieser Aussage, indem er eine sofortige generelle Verschärfung der Zulassungen für Pestizide, ein Verbot für besonders giftige Mittel und Einschränkungen bei deren Einsatz, zum Beispiel für Private, forderte.