Le Conseil fédéral approuve la révision des inventaires des biotopes et des sites marécageux protégés au niveau fédéral. La surface totale des zones inscrites dans les inventaires passe de 1.8% à 2.2% du territoire national. L'augmentation de la surface concerne des zones de protection des batraciens et les zones alluviales. Leur faune et flore peuvent ainsi bénéficier d'une protection uniforme et d'une meilleure conservation. L'agrandissement du réseau des aires protégées de Suisse permettra l'atteinte des objectifs de la Stratégie Biodiversité Suisse. Avec cette révision, la mise en œuvre de la protection par les cantons est améliorée, notamment par la cartographie détaillée des périmètres de plus de 1'100 objets. L'entrée en vigueur de cette révision est prévue pour le 1er novembre 2017.

Le Conseil fédéral a inscrit 700 biotopes dans le nouvel inventaire des sites de reproduction de batraciens d’importance nationale. Les batraciens sont fortement menacés en Suisse. A l’exception de la grenouille rousse, toutes les espèces encore présentes en Suisse figurent sur la liste rouge. Cette situation résulte de la dégradation et de la destruction de leurs milieux naturels, en particulier des plans d’eau dans lesquels ils se reproduisent. Le nouvel inventaire, qui comprend des biotopes (site de reproduction) de quelques dizaines de mètre carrés à un kilomètre carré, s’est basé sur l’ordonnance sur la protection des sites de reproduction de batraciens d’importance nationale. Celle-ci a été élaborée par l’OFEFP en collaboration avec les cantons et est entrée en vigueur le 1er août. Deux catégories d’objets ont été prévues dans l’ordonnance ; d’une part, les biotopes fixes tels qu’étangs, mares et autres petits plans d’eau ; d’autre part, des biotopes itinérants, qui incluent des zones exploitées à des fins économiques, telles que les gravières et autres sites d’extraction, qui se déplacent au fur et à mesure de l’exploitation. La nouvelle ordonnance laisse aux cantons une grande marge de manœuvre en ce qui concerne les objets itinérants. Il leur appartient de conclure des accords avec les propriétaires et les ayants droit.

Le Conseil fédéral a édicté la nouvelle ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN). Ce texte entend régler la protection et l'entretien des biotopes (en particulier les zones humides dont d'autres ordonnances dressent l'inventaire). Si les cantons s'en voient attribuer la majeure partie de l'exécution, la Confédération devra néanmoins participer au financement des mesures de protection et assumer une bonne partie des frais en ce qui concerne les biotopes d'importance nationale ainsi que fixer, d'entente avec les cantons, les divers objectifs de protection. Elle pourra également aider les associations de protection de la nature et du paysage d'importance nationale.