Anfang Dezember 2020 kündigte der Bundesrat einen indirekten Gegenvorschlag zur Biodiversitätsinitiative an. Die Erhaltung und der Schutz der Natur und der Lebensräume sei dem Bundesrat ein sehr wichtiges Anliegen, die Volksinitiative gehe ihm aber zu weit. Zum einen werde der Handlungsspielraum der Kantone zu stark eingeschränkt, zum anderen könne es insbesondere beim verlangten Schutz kleinerer Gebiete zu Konflikten mit der Wirtschaft und anderen Politikbereichen kommen, beispielsweise mit der Energiepolitik. Der Bundesrat beauftragte das UVEK, bis im Frühling 2021 einen Änderungsvorschlag des NHG vorzulegen, der das Ziel verfolgen soll, 17 Prozent der Landesfläche unter Schutz zu stellen (aktuell liegt dieser Anteil bei 13.4%). Bislang war dieses Ziel lediglich in der Strategie Biodiversität Schweiz verankert. Erreichen will der Bundesrat dieses Flächenziel unter anderem mit der Erweiterung von Biotopen, dem Ausbau der Waldreservate und der Revitalisierung von Gewässern. Weitere Ziele, die mit der Anpassung des NHG erreicht werden sollen, sind etwa die Stärkung des Artenschutzes in Städten und Agglomerationen, die Sanierung bestehender nationaler Reservate oder auch die finanzielle Unterstützung für Wasser- und Zugvogelreservate.

Mitte Oktober 2020 bestätigte die BK das Zustandekommen der Biodiversitätsinitiative mit insgesamt 107'885 gültigen Unterschriften. Die Initiative will Bund und Kantone dazu verpflichten, sich stärker für den Schutz von Biodiversität und Landschaft einzusetzen.

L'initiative «pour l'avenir de notre nature et de notre paysage», dite Initiative biodiversité, a été lancée conjointement à l'initiative «contre le bétonnage de notre paysage» par Pro Natura, Patrimoine suisse, la Fondation suisse pour la protection et l'aménagement du paysage, et Birdlife Suisse. Les 100'000 signatures devront être récoltées jusqu'en septembre 2020. Le comité souhaite renforcer la protection de la biodiversité, du paysage et du patrimoine bâti; la mise à disposition de surfaces et de fonds pour maintenir la biodiversité, notamment par le biais de la désignation d'objets à protéger au niveau national et cantonal. En cas d'acceptation, la Constitution fédérale serait complétée par l'article 78a, précisant le rôle de la Confédération et des cantons en la matière.