Die Diskussionen um zu hohe Wassertemperaturen der Aare im Sommer und um die Frage, welche Rolle dabei die Kühlsysteme der AKWs spielen, führten im Sommer 2018 zu einer Präzisierung der Gewässerschutzverordnung betreffend die AKW-Kühlwassertemperatur. Der Bundesrat verordnete, dass eingeleitetes Kühlwasser von AKWs dann die 30-Grad-Celsius-Marke überschreiten und maximal 33 Grad Celsius haben darf, wenn das Wasser bei Entnahme wärmer als 20 Grad Celsius ist. Zudem legte er fest, dass die maximal zulässige Gewässertemperatur nach Eingabe von Kühlwasser die 25 Grad Celsius Marke nur dann überschreiten darf, wenn eine Kühlwassereinleitung das Gewässer um nicht mehr als 0.01 Grad Celsius erwärmt. Nach dem aktuellen Stand der Technik sind Anlagen überdies so zu planen, dass möglichst wenig Abwärme in die Gewässer entlassen wird.

Le Conseil fédéral a modifié l'ordonnance sur la protection des eaux. L’ordonnance fixe de nouveaux objectifs écologiques à la protection des eaux afin qu'elles conservent à long terme des caractéristiques aussi naturelles que possible. Toutes les activités pouvant exercer une influence sur les cours d'eau, les lacs et les eaux souterraines doivent y être subordonnées. L'ordonnance permet désormais de prendre des mesures de protection contre les pollutions chimiques dans toute l'aire d'alimentation des captages d'eau potable. En outre, pour éviter que l'infiltration des eaux pluviales ne pollue le sol et les eaux souterraines, l'ordonnance contient désormais des exigences concrètes, notamment en ce qui concerne l'infiltration des eaux qui s'écoulent des routes, des parcs de stationnement et des voies ferrées. Finalement, elle formule à nouveau des exigences minimales en matière de qualité des eaux.

La procédure de consultation sur l'ordonnance de la loi sur la protection des eaux, qui contient comme principale mesure l'introduction de compensations financières de la Confédération pour les communes de montagne qui renoncent à la construction d'installations hydro-électriques pour des motifs de protection de l'environnement, a donné lieu à des prises de position positives de la plupart des organisations consultées. Seules l'UDC et l'association des producteurs hydro-électriques se sont opposées au projet du Conseil fédéral.

Um zu verhindern, dass noch kurz vor dem Inkrafttreten des revidierten GSG eine grössere Anzahl Wasserkraftwerke ohne genügende Restwasserauflagen konzessioniert und auf diese Weise die vorgesehene Restwasserregelung unterlaufen werden könnte, beantragte der Bundesrat eine Übergangsregelung und legte im Februar die Botschaft zu einem Bundesbeschluss über den Vorbehalt künftiger Restwassermengen vor. Die in der Vernehmlassung geäusserte deutliche Ablehnung einer solchen vorsorglichen Regelung durch die Mehrheit der Kantone (darunter alle Bergkantone) wurde im Ständerat dadurch bestätigt, dass er mit grossem Mehr Nichteintreten auf die Vorlage beschloss. Demgegenüber sprach sich der Nationalrat unter Namensaufruf klar für eine provisorische Verfügung in der Restwasserfrage aus und stimmte einer inhaltlich modifizierten und zeitlich auf sechs Jahre befristeten Kompromisslösung mit 106 gegen 16 Stimmen zu. Doch die Vorlage scheiterte, da die kleine Kammer – auch in ihrer personell stark erneuerten Zusammensetzung – daran festhielt, ein Vorbehalt künftiger Restwassermengen präjudiziere auf unstatthafte Weise die ordentliche Gesetzgebung, und sich erneut für Nichteintreten entschied.