Da sich der Nationalrat im September 2016 für eine Motion der FDP.Liberalen ausgesprochen hatte, die allen Unternehmen die Befreiung von der CO2-Abgabepflicht im Austausch zum Abschluss einer CO2-Reduktionsvereinbarung erlauben will, machte der Bundesrat von seiner Möglichkeit Gebrauch, dem Zweitrat die Abänderung der Motion zu beantragen. Diese sah im Wesentlichen eine generelle Befreiungsmöglichkeit für alle Unternehmen aus Wirtschaftszweigen vor, die mit der CO2-Abgabe belastet sind; dies jedoch nur „unter Wahrung der Verhältnismässigkeit“. Darüber hinaus soll diese Änderung nicht auf dem Verordnungsweg erfolgen, sondern über die geplanten Gesetzesänderungen im Rahmen der Klimapolitik nach 2020. Bundesrätin Leuthard betonte im Ständerat, dass die OECD das in der Schweiz geltende Befreiungssystem im November 2015 als ineffizient und verzerrend kritisiert hatte. Dies verlange nach einer Einschränkung der Befreiungsmöglichkeiten – entsprechend sei das vom Bundesrat vorgeschlagene Verhältnismässigkeitsprinzip in diesem Sinne zu verstehen. Sowohl der Ständerat in der Frühjahrssession 2017 als auch der Nationalrat in der darauf folgenden Sommersession nahmen den so abgeänderten Vorstoss diskussionslos an. Beide Kammern taten dies auf einstimmiges Anraten ihrer vorberatenden Kommissionen.

Ein Missverhältnis zwischen erforderlichem administrativen Aufwand und nachweisbarer Umweltwirkung ortete Jacques Bourgeois (fdp, FR) beim Emissionshandelssystem (EHS). Gegenwärtig erhalten um die 50 Unternehmen aufgrund ihrer hohen Gesamtfeuerungswärmeleistung vom Bund CO2- Emissionszertifikate zugeteilt. Stossen die Unternehmen mehr CO2-Emissionen aus als die Menge, die ihnen aufgrund der Zertifikate zusteht, müssen sie entweder eine Busse bezahlen oder können bei anderen Unternehmen, die ihren "CO2-Kredit" nicht ausschöpfen, zusätzliche Zertifikate erwerben. Mittelgrosse Unternehmen können sich dem EHS auf freiwilliger Basis anschliessen. Der Freiburger Nationalrat schlug nun mittels Motion vor, den Emissionshandel auch für die besagten energieintensiven Unternehmen nicht mehr länger obligatorisch zu halten, sondern auch für diese den Emissionshandel als freiwillige Massnahme anzubieten. Ferner zeigte er sich skeptisch, dass die Verhandlungen zur Verknüpfung des schweizerischen und des europäischen Emissionshandelssystems erfolgreich abgeschlossen werden könnten. Würden die EHS auch in Zukunft nicht verknüpft, sähen sich Schweizer Unternehmen weiterhin einem Wettbewerbsnachteil gegenüber europäischen Unternehmen ausgesetzt, da Letztere aufgrund des grösseren Handelsgebiets bedeutend mehr Möglichkeiten für den An- und Verkauf ihrer Zertifikate hätten.
Zuversichtlicher zeigte sich der Bundesrat in seiner Antwort zur Motion und verwies auf die im Herbst 2014 erlassene Härtefallregel, welche in Art. 55a der Verordnung über die Reduktion der CO2-Emissionen unter Erfüllung bestimmter Voraussetzungen die Erhöhung der Menge an Emissionszertifikaten für EHS-Unternehmen beinhaltet, um mögliche Wettbewerbsnachteile abzufedern. In der parlamentarischen Erstberatung im Nationalrat konnte Bundesrätin Leuthard dann auch vermelden, dass die Verhandlungen mit der EU abgeschlossen sind und sich das Parlament im Jahr 2017 zur Verknüpfung der beiden Emissionshandelssysteme wird äussern können. Ferner verwies sie auf den Widerspruch betreffend Freiwilligkeit und Wettbewerbsgleichheit. Würde man das CH-EHS auf freiwilliger Basis organisieren, wäre ein Anschluss an das EU-EHS nicht möglich, womit sich die teilnehmenden Schweizer Unternehmen mit starken Wettbewerbsnachteilen konfrontiert sähen. Trotzdem votierten die Fraktionen der SVP, FDP und BDP geschlossen für das Anliegen Bourgeois, was diesem mit einem Stimmverhältnis von 103 zu 88 Stimmen zu einer relativ komfortablen Mehrheit im Erstrat verhalf.

Eine bürgerliche Mehrheit der UREK-NR störte sich an den Bestimmungen des neuen CO2-Gesetzes, demgemäss 100% der erforderlichen CO2-Reduktionen bis 2020 (-20% im Vergleich zu 1990) im Inland erfolgen sollen. Sie lancierte deswegen eine – von einer starken linken Minderheit abgelehnte – Kommissionsmotion zur Änderung des CO2-Gesetzes, mit welcher erlaubt werden soll, 50% aller Emissionsreduktionen oder mehr im Ausland zu tätigen. Nur so könne das bereits jetzt ehrgeizige Reduktionsziel von 20% oder gar mehr tatsächlich auch erreicht werden. Die Kommissionsmehrheit hob in ihrer Argumentation hauptsächlich die Preisunterschiede einer Tonne CO2 im In- und Ausland hervor: Der Erwerb ausländischer CO2-Zertifikate sei um einiges preiswerter, was den Anreiz zur CO2-Reduktion im Ausland stark erhöhe. Anstoss zur Motion gab eine Kommissionssitzung im April 2015, an der die UREK-NR Kenntnis vom Bericht in Erfüllung eines Postulats Girod (gp, ZH) nahm. In besagtem Bericht zu "Kosten und Potenzial der Reduktion von Treibhausgasen in der Schweiz" erachtete der Bundesrat die Erreichung des inländischen Reduktionsziels durch die Verschärfung bestehender Massnahmen im Grunde als möglich, wies jedoch auch Mehrkosten für alle betroffenen Bereiche – Industrie und Dienstleistungen, Verkehr und Wohngebäude – aus. Im erstberatenden Nationalrat fand das Anliegen der UREK-NR, die mit 12 zu 10 Stimmen bei 3 Enthaltungen für ihre Motion warb, mit Ausnahme zweier CVP-Vertreter keine Zustimmung über die SVP und die FDP hinaus, womit das Anliegen mit 73 gegen 106 Stimmen bei 4 Enthaltungen scheiterte. Ausschlaggebend für diesen Entscheid mögen die Überlegungen der Bundesrätin und des Sprechers der Kommissionsminderheit, Roger Nordmann (sp, VD), gewesen sein: Es sei wenig sinnvoll und für die betroffenen Akteure verwirrend, eine bis 2020 geltende Regelung per 2018 – dem erwarteten Termin zum Inkraftsetzen einer entsprechenden Gesetzesanpassung – zu ändern. Bundesrätin Leuthard stellte ferner in Aussicht, dass eine im Folgejahr in Vernehmlassung zu schickende Vorlage zur Regelung der Reduktionsziele bis 2030 Massnahmen zur CO2-Reduktion im Ausland vorsehen werde.