Im Jahr 2017 bezahlten Bund und Krankenversicherungen die letzte Tranche der von den Prämienzahlenden einiger Kantone zu viel bezahlten Prämien in der Höhe von CHF 360 Mio. zurück. Erneut leistete der Bund einen Beitrag von CHF 89 Mio., hinzu kam der Beitrag der Krankenversicherungen über CHF 271 Mio. Die Versicherten des Kantons Waadt erhielten in der Folge Prämienabzüge über CHF 167.80 pro Person, diejenigen im Kanton Graubünden über CHF 1.00 pro Person. Damit konnte die Korrektur der Prämien der Jahre 1996 bis 2013 abgeschlossen werden.

Im Jahr 2016 wurden den Prämienzahlenden in den Kantonen, die zwischen 1996 und 2013 zu hohe Prämien bezahlt hatten, weitere CHF 188 Mio. über die CO2-Lenkungsabgabe zurückbezahlt. So berichtete der Bundesrat im Februar 2016, dass sich der Bund wiederum mit CHF 89 Mio. an der Rückzahlung beteiligen werde, während die Prämienzahlenden in denjenigen Kantonen, die bisher zu tiefe Prämien bezahlt hatten, weitere 99 Mio. in Form eines Prämienzuschlags beisteuerten. Erneut lagen die Rückzahlungen im Kanton Waadt mit CHF 86.05 pro versicherter Person am höchsten und in Graubünden mit CHF 0.45 pro Person am niedrigsten.

Zwischen 1996 und 2013 waren in einigen Kantonen verglichen mit den Leistungen zu hohe, in anderen zu tiefe Krankenversicherungsprämien bezahlt worden. Die zu viel bezahlten Prämien flossen in die «fiktiven» Reserven der Krankenversicherungen – fiktiv deshalb, weil das KVG eigentlich keine Reserven vorsieht. Aufgrund verschiedener Standesinitiativen (Kt.Iv. 09.316, Kt.Iv. 09.319, Kt.Iv. 09.320) und einer Motion Fetz (sp, BS; Mo. 08.4046) hatte der Bundesrat vorgeschlagen, die zu viel bezahlten Prämien bei der Rückerstattung aus der CO2-Lenkungsabgabe – die über die Krankenkassenprämien zurückbezahlt wird – auszugleichen, wobei die Details im Rahmen der Schaffung der Aufsicht über die soziale Krankenversicherung geregelt werden sollten. Dort hatte das Parlament entschieden, die Korrekturen in der Höhe von CHF 800 Mio., die zu je einem Drittel vom Bund, den Krankenkassen und den Versicherten der Kantone, die bisher zu wenig Prämien bezahlt hatten, übernommen werden, den CO2-Lenkungsabgaben der Jahre 2015 und 2017 anzurechnen. Während der Bund seinen Beitrag gleichmässig verteilt auf alle drei Jahre zurückzahlen sollte, verteilten sich die Beiträge der Versicherten aus den Kantonen, die bisher zu wenig Prämien bezahlt hatten, auf die Jahre 2015 und 2016, während die Krankenversicherungen ihren Beitrag vollständig im Jahr 2017 leisteten.
Im Februar 2015 gab der Bundesrat die Höhe der Kompensationen für das Jahr 2015 bekannt. So sollten die Prämienzahlenden in den Kantonen Appenzell-Innerrhoden, Genf, Graubünden, Freiburg, Tessin, Thurgau, Waadt, Zug und Zürich einen Prämienabschlag in der Höhe von insgesamt CHF 255 Mio. erhalten. Pro versicherter Person schwankten die Abschläge zwischen den Kantonen zwischen CHF 0.70 (Kanton Graubünden) und CHF 119.70 (Kanton Waadt). Der Gesamtbetrag für das Jahr 2015 bestand aus CHF 89 Mio. des Bundes sowie CHF 166 Mio., welche die Prämienzahlenden in den Kantonen, in denen zuvor zu wenige Prämien bezahlt worden waren, leisteten. In letzteren Kantonen fiel daher im Jahr 2015 ein Prämienzuschlag über CHF 62.40 an, nur in den Kantonen Wallis (CHF 56.40) und St.Gallen (CHF 9.00) lag er tiefer.

Im September publizierte die Verwaltung die Anhörungsergebnisse der Verordnung zum revidierten CO2-Gesetz. Dass die CO2-Abgabe erst per 2014 von bestehenden CHF 36 pro Tonne CO2 auf CHF 60 angehoben werden könne, stiess bei den Umweltverbänden sowie bei der SP und den Grünen auf Unverständnis. Dies verstosse gegen den im Vorjahr ausgesprochenen Willen des Parlamentes und darüber hinaus bestehe dadurch die Gefahr, dass die erforderlichen finanziellen Mittel für das Gebäudesanierungsprogramm nicht ausreichend zur Verfügung gestellt werden könnten. Der WWF Schweiz monierte, der Bundesrat durchlöchere das Gesetz, statt den in den gesetzlichen Bestimmungen festgehaltenen Spielraum zugunsten des Klimaschutzes zu nutzen. Die CVP sprach sich für eine rasche Verknüpfung des schweizerischen und europäischen Emissionshandelssystems aus, da sich Schweizer Unternehmen ansonsten im Nachteil befänden. Die SVP erachtete die in der Verordnung enthaltenen Forderungen als unrealistisch und lehnte den Entwurf ab. Von der FDP ging keine Stellungnahme ein. Ende November verabschiedete der Bundesrat die Verordnung, welche am 1.1.13 in Kraft tritt. Er sah davon ab, die Erhöhung der Abgabe auf Brennstoffe bereits per 2013 zu erhöhen, was der Forderung der linken Parteien und der Umweltverbände entsprochen hätte. Weitere Erhöhungen können jedoch ab 2016 und 2018 beschlossen werden. Zu Protesten von Seiten des WWF führte ein nach der Vernehmlassung angefügter Zusatz, wonach Emissionen von fossil-thermischen Kraftwerken nicht dem Reduktionsziel unterstehen werden. Der WWF liess verlauten, dies sei aufgrund der äusserst klimaschädlichen Auswirkungen von Gaskraftwerken inakzeptabel, und forderte eine entsprechende Anpassung der Verordnung.