Après l'émoi créé par la découverte de masques à gaz dans le lac d'Alpnach (OW), Kaspar Villiger a ordonné une enquête sur les déchets militaires déposés dans les eaux ou le sol suisses. Selon le DMF, bien qu'aujourd'hui le recyclage soit la règle en matière d'armement et de munitions, l'armée s'est néanmoins débarrassée pendant des décennies – de la fin de la seconde guerre mondiale jusqu'en 1965 – de son matériel sans grandes considérations pour l'environnement. L'enquête a révélé que le lac de Thoune était le plus touché; 3000 tonnes de munitions y ont été immergées. Il est apparu que, d'un point de vue écologique, il valait mieux laisser là ces objets plutôt que remuer les fonds des lacs. D'autre part, les risques d'accidents ou de pollution grave semblent très minimes (Outre des munitions, certains lacs recèlent notamment des carcasses d'avion (Neuchâtel), des parties de missiles (Brienz) ou des plaques photographiques (Greifensee)). Concernant les déchets de surface, le DMF entend recenser tous les endroits susceptibles d'avoir servi de décharges pour les inscrire au cadastre; une partie d'entre eux devront être assainis.
Pour répondre de façon mieux adaptée aux exigences de la protection de l'environnement, le DMF a été le premier département à édicter une ordonnance interne concernant l'exécution dans l'administration militaire et dans l'armée de la législation sur la protection de l'environnement et le traitement des marchandises dangereuses. Ce texte, entré en vigueur le 1er juillet, s'applique à tous les agents du DMF et tous les militaires. Son but majeur est de régler le problème de la gestion des déchets militaires et des produits dangereux. Une des principales mesures prescrites consiste en l'introduction d'une feuille de données pour l'utilisation des produits dangereux qui doit contenir les informations propres à garantir une manipulation respectueuse de l'environnement. L'application de cette ordonnance doit être assurée par une organisation spéciale au sein du DMF et des experts présents dans chaque unité de ce département. Le plan directeur Armée 95 accorde également une grande importance à la protection de l'environnement. Non seulement cette réforme prévoit une plus grande attention de l'armée pour les nuisances qu'elle occasionne, mais il est prévu qu'elle puisse intervenir en cas de catastrophe. Dans le cadre de ses activité, l'armée devrait atteindre un meilleur respect des prescriptions environnementales par le biais d'une utilisation accrue de simulateurs, une réduction de sa consommation d'énergie et de ses émissions de bruit, ainsi que par une gestion rationnelle des places d'armes et de tir.