Eine Woche nach der Lesung im Ständerat begann der Nationalrat die Differenzbereinigung zum Nachtrag Ib des Voranschlags 2022. Schnell aus der Welt geschafft war die Differenz zur Frage, ob bei den KAE-Nachzahlungen Verzugszinsen anfallen sollen. Eine Minderheit Gmür (mitte, SZ) störte sich daran, dass bei einem Verzicht auf Verzugszinsen bei den Nachzahlungen nur diejenigen Unternehmen, die Beschwerde gegen die Verfügung der ALV eingereicht hatten, solche Zinsen verlangen könnten, nicht aber alle übrigen Unternehmen. Entsprechend wollte er diese Regelung streichen lassen. Mit 158 zu 27 Stimmen folgte der Nationalrat jedoch der Kommissionsmehrheit und dem Ständerat und bereinigte diese Differenz. Einzig eine Mehrheit der Mitte-Fraktion war dem Minderheitssprecher gefolgt.
Deutlich mehr zu diskutieren gaben die Kredite zu den Covid-19-Impfstoffkäufen. In der Zwischenzeit hatten die schon im Ständerat diskutierten offenen Fragen zumindest teilweise beantwortet werden können – über Pfingsten hatte das EDI einen entsprechenden Bericht erstellt. Dieser zeige drei Versäumnisse auf, berichteten die Kommissionssprecherinnen im Nationalrat, Anna Giacometti (fdp, GR) und Barbara Gysi (sp, SG). Erstens habe bei einer Impfstoffbestellung für CHF 172 Mio. nur ein bewilligter Verpflichtungskredit, aber kein bewilligter Nachtragskredit vorgelegen. Umgekehrt gebe es zweitens für CHF 319 Mio. einen Voranschlagskredit aus dem Jahr 2020, aber keinen Verpflichtungskredit. Und drittens hätten die Nachrechnungen ergeben, dass aktuell nicht CHF 314 Mio., sondern CHF 234 Mio. zusätzlich nötig seien, weil unter anderem 2021 bereits ein Kredit über CHF 50 Mio. bewilligt worden sei. Eine ausführlichere Administrativuntersuchung werde diesbezüglich noch durchgeführt. Dabei interessierte das Parlament insbesondere die Frage, ob der Parlamentsvorbehalt – also die Möglichkeit, dass der Bund von einem Vertrag zurücktritt, wenn das Parlament den entsprechenden Finanzierungskredit trotz Verpflichtungskredit verweigert – in allen Verträgen eingebaut worden war. Diese Frage betreffe die «souveraineté du Parlement en matière budgétaire», wie Johanna Gapany (fdp, FR) betonte. Der Bundesrat versprach einen entsprechenden Bericht bis im Sommer 2022.

Von diesen Ungereimtheiten betroffen war in erster Linie der Nachtragskredit für die Impfungen. Ursprünglich hatte der Bundesrat hier CHF 314 Mio. vorgesehen, reduzierte diesen Betrag jedoch auf CHF 234 Mio. – CHF 172 Mio. für Impfkosten 2022 und CHF 62 Mio. für Reservierungskosten für Impfungen des Jahres 2023. Sowohl National- als auch Ständerat hiessen diesen neuen Antrag des Bundesrates trotz anderslautender Minderheitsanträge gut.
Umstrittener war der Verpflichtungskredit für die Impfungen. Der Bundesrat hatte in der Zwischenzeit nochmals dargelegt, wie sich dieser zusammensetzt: So sind CHF 319 Mio. für den fehlenden Verpflichtungskredit des Jahres 2020 nötig – dies sei eine technische Korrektur, für die wohl keine Änderung des Verpflichtungskredits mehr möglich war. Hinzu kämen CHF 461 Mio. für den Impfstoffkauf 2023. Umstritten war in der Folge im National- und im Ständerat, ob der Verpflichtungskredit für die Impfstoffbeschaffungen 2023 reduziert werden soll.
Ein Lager – im Nationalrat bestehend aus Mitgliedern der SP, GLP, FDP, Grünen und EVP, im Ständerat aus Mitgliedern der SP und Teilen der Grünen und der Mitte – kritisierte, dass die Verträge mit den Impfstofflieferanten für das Jahr 2023 bei einer Reduktion des Verpflichtungskredits neu ausgehandelt werden müssten – wobei weder Menge noch Preis garantiert seien. Damit gefährde man die Versorgung der Bevölkerung mit den Covid-19-Impfstoffen.
Das andere Lager – im Nationalrat bestehend aus der SVP und der Mitte-Partei, im Ständerat zusätzlich auch aus der FDP und Teilen von Grünen und Mitte – erachtete die Hälfte der 14 Mio. Impfdosen, welche der Bundesrat mit dem Verpflichtungskredit zu kaufen plante, als ausreichend. Bei etwa 3.5 Mio. Risikopersonen könne man bei 7 Mio. Dosen noch immer eine «Redundanzstrategie» mit genügend Impfstoffen von beiden Herstellern, Moderna und Pfizer/BioNTech, fahren. Verschiedene Sprechende störten sich auch immer wieder daran, dass man noch immer nicht genügend Informationen von Verwaltung und Regierung habe, um die Situation der Impfstoffkäufe genau zu erfassen. Die Diskussionen in den beiden Räten gingen dabei aber über den Impfstoffkauf hinaus, vielmehr standen bald die Rolle des Parlaments in der Budgetberatung und die Frage, ob das Parlament in die Impfstrategie des Bundesrates eingreifen dürfe, solle oder müsse, im Zentrum.
Der Finanzminister räumte Fehler in der Verwaltung ein, diese seien jedoch für den Verpflichtungskredit nicht relevant: Hier stelle sich lediglich die Frage, wie viele Impfdosen gekauft werden sollen. Er kritisierte das Parlament für dessen Absicht, in einer zweistündigen Sitzung eine neue Beschaffungsstrategie festzulegen. Der Bundesrat habe das Anliegen, dass weniger Impfstoffe gekauft werden sollen, aufgenommen – dafür brauche man keine Reduktion des Verpflichtungskredits, die ein Verfallen der ausgehandelten Verträge nach sich ziehen würde.

Trotz anderslautender Anträge, teilweise auch der Kommissionsmehrheiten, entschied sich der Nationalrat in seinen folgenden zwei Beratungen, dem Bundesrat zu folgen, und genehmigte den Kredit für 14 Mio. Impfdosen, während sich der Ständerat – ebenfalls zweimal – für einen reduzierten Betrag von CHF 560 Mio. und eine Halbierung der Anzahl Impfdosen entschied. Beide Positionen waren in den Räten sehr umstritten. Die Einigungskonferenz entschied sich schliesslich mit 14 zu 12 Stimmen knapp, dem Ständerat zu folgen und somit den Verpflichtungskredit auf CHF 560 Mio. zu reduzieren. Mit 100 zu 83 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) lehnte der Nationalrat jedoch den Antrag der Einigungskonferenz ab. Da in Budgetfragen in einem solchen Fall der tiefere der zuletzt diskutierten Beträge eingesetzt wird, hatte das inhaltlich aber keine Folgen: Der ständerätliche Antrag von CHF 560 Mio. setzte sich durch, wenn auch unter Protest der Mehrheit des Nationalrats. Die kleine Kammer musste somit nicht mehr über den Antrag der Einigungskonferenz befinden. Somit mussten die Impfstoffverträge für das Jahr 2023 neu ausgehandelt werden.

Anders als der Nationalrat, der tags zuvor trotz zahlreicher Minderheitsanträge keine Änderungen am bundesrätlichen Nachtrag Ib zum Voranschlag 2022 vorgenommen hatte, schuf der Ständerat eine gewichtige und eine kleine Differenz. So schlug die FK-SR mit 9 zu 1 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) vor, den Kredit für den Bundesbeitrag an die ALV von CHF 2.1 Mrd. auf CHF 300 Mio. zu reduzieren. Wie bereits im Nationalrat von einer erfolglosen Minderheit beantragt, sollten Urlaubs- und Feiertagsentschädigungen bei KAE nur an Unternehmen nachbezahlt werden, welche entsprechende Einsprachen oder Beschwerden getätigt hatten, nicht aber an Unternehmen mit rechtskräftigen Verfügungen, erläuterte Johanna Gapany (fdp, FR) die Position der Kommission. Im Hinblick auf die hohen bisherigen Kosten der Pandemie und aus Rücksicht auf die zukünftigen Generationen solle man hier vom grosszügigeren bundesrätlichen Vorschlag abweichen. Roberto Zanetti (sp, SO) verwies als «informelle Minderheit» – er verzichtete als einziger Ablehnender auf einen Minderheitsantrag – darauf, dass vom Vorschlag der Kommission vor allem Mikrounternehmen mit bis zu neun Mitarbeitenden benachteiligt seien, denen die Kantone und Arbeitslosenkassen von einer Einsprache oder Beschwerde abgeraten hätten und die «keine HR- oder Rechtsabteilungen [hätten], die sie vor den Fallstricken der Revisions- und Wiedererwägungstatbestände bewahren könnten». Nach Treu und Glauben wolle der Bundesrat auch diesen Unternehmen nun die Möglichkeit geben, rund 14 Prozent der Lohnsumme bei den KAE zusätzlich geltend zu machen. Anstelle von Roberto Zanetti beantragte Ruedi Noser (fdp, ZH) in einem Einzelantrag, die von der Kommission eingefügte Rahmenbedingung der Kreditvergabe, wonach bei rechtskräftigen Verfügungen keine Ferien- und Feiertagsentschädigungen nachbezahlt würden, zu streichen. Über diesen Antrag musste jedoch nicht mehr abgestimmt werden, da der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen dem Antrag des Bundesrats folgte und den Nachtragskredit für die ALV bei CHF 2.1 Mrd. beliess. Als kleinere Differenz entschied der Ständerat jedoch, den entsprechenden Nachtragskredit nur freizugeben, wenn auf Verzugszinsen auf diese Forderungen verzichtet würde.
Eine grössere Differenz schuf der Ständerat hingegen beim Kredit zur Beschaffung von Impfstoffen gegen Covid-19. Hier hatte die Kommissionsmehrheit eine Reduktion des Nachtragskredits von CHF 314 Mio. auf CHF 68 Mio. und des Verpflichtungskredits von CHF 780 Mio. auf CHF 300 Mio. vorgeschlagen. Gemäss Kommissionssprecherin Gapany habe man in der Kommission lange darüber diskutiert, ob man – wie der Bundesrat – eher eine Sicherheitsstrategie fahren und genügend Impfstoffe für die ganze Bevölkerung kaufen wolle. Mit 7 zu 4 Stimmen (bei 1 Enthaltung) habe sich die Kommission stattdessen entschieden, etwas weniger Impfstoffe zu beschaffen, um Verschwendung zu vermeiden. In der Zwischenzeit habe sie überdies erfahren, dass womöglich bereits Verträge zum Impfstoffkauf unterzeichnet worden seien, die nicht rückgängig gemacht werden könnten, liess Johanna Gapany verlauten. Damit wäre der Parlamentsvorbehalt, also die Möglichkeit, dass der Bund von einem Vertrag zurücktritt, wenn das Parlament den entsprechenden Finanzierungskredit verweigert, verletzt worden. Dies sei ein Argument mehr, um in diesem Punkt eine Differenz zu schaffen, sodass man nach der Beschaffung weiterer Informationen nochmals darüber diskutieren könne. Finanzminister Maurer ergänzte, dass unklar sei, ob man überhaupt bei einem einzigen Vertrag Kürzungen anbringen könne oder ob dies auch die übrigen Verträge betreffen würde. Eine Minderheit Herzog (sp, BS) befürwortete zwar die Strategie des Bundesrates, der «auf Sicherheit setzt und nicht knapp berechnet», zeigte sich aber ob der offenen Fragen zu den Verträgen mit der Schaffung einer Differenz einverstanden. Mit 32 zu 9 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) reduzierte der Ständerat folglich den Nachtragskredit für die Impfstoffe auf CHF 68 Mio. und den Verpflichtungskredit auf CHF 300 Mio.