A la suite de l'ouverture de ces procédures pénales, trois enquêtes portant sur des aspects administratifs et militaires furent ouvertes parallèlement. La première – menée par le chef de l'état-major général Arthur Liener sur demande du chef du DMF – devait déterminer si l'aide mémoire électronique avait pu, en raison de l'absence de mesures de sécurité, tomber dans les mains des services d'espionnage étrangers. Rendant ses conclusions, le chef de l'état-major général n'a pu écarter avec certitude une telle éventualité. A Liener a souligné que si tel était le cas, le préjudice pour la sécurité du pays serait non négligeable, les informations contenues dans le CD-Rom procurant alors à l'adversaire des avantages importants du point de vue du temps et des moyens à utiliser. Le plus haut gradé de l'armée suisse a tenu cependant à relativiser les conséquences d'une telle éventualité dans la mesure où les changements permanents que connaît l'organisation militaire – et notamment la très prochaine réorganisation totale de la mobilisation – rendent caduques de nombreuses informations contenues dans le CD-Rom.
Les deux autres enquêtes furent menées l'une par une délégation des commissions de gestion des deux chambres, l'autre par l'ancien préposé aux fiches René Bacher, ce dernier ayant été chargé par Adolf Ogi de mettre en lumière les dysfonctionnements au sein du DMF à l'origine de cette situation. Parvenant à des conclusions dans l'ensemble similaires, les deux rapports ont dénoncé l'absence de contrôle et de surveillance auxquels aurait dû être soumis le colonel Nyffenegger. En ce qui concerne plus particulièrement l'opération Diamant, tant R. Bacher que les parlementaires ont souligné que la totale liberté dont avait bénéficié l'officier avait sans doute été à l'origine d'un dépassement de budget s'élevant à près de 100%. Les principaux responsables de cet état de fait seraient, outre F. Nyffenegger, le chef de l'instruction de l'époque, Rolf Binder, ainsi que le secrétaire général du DMF, Hans-Ulrich Ernst, lesquels auraient failli à leur devoir de surveillance. Les deux enquêtes ont également critiqué la totale opacité des opérations financières réalisées lors de la commémoration de la mobilisation.
En ce qui concerne l'affaire portant sur l'aide mémoire électronique, l'enquête administrative commandée par A. Ogi ainsi que celle parlementaire ont relevé à nouveau que s'il était vraisemblable, sous réserve des conclusions de l'enquête pénale, que le colonel Nyffenegger avait eu des comportements répréhensibles, ces derniers seraient avant tout la conséquence d'un système de gestion et d'organisation inefficace. Dans cette affaire également, le colonel Nyffenegger n'aurait été soumis à aucune surveillance. Les mesures tant informatiques qu'organisationnelles pour garantir le caractère secret des informations contenues dans le CD-Rom auraient été en outre amplement insuffisantes, la délégation parlementaire relevant par exemple que le CD-Rom pouvait être facilement lu et copié à partir d'un logiciel standard. Les principaux responsables de cette situation seraient le supérieur hiérarchique direct de F. Nyffenegger, le brigadier P. Meyer, et, en premier lieu, le chef de l'état-major général, A. Liener. Selon les termes des deux rapports, ce dernier porte la responsabilité finale des différents dysfonctionnements, le chef de l'armée ayant gravement manqué à son devoir de surveillance.
Le CN a par ailleurs décidé de ne pas donner suite à une initiative parlementaire Chiffelle (ps, VD) (Iv.pa. 96.411) demandant qu'une commission d'enquête parlementaire (CEP) soit mise sur pied pour mettre en lumière les tenants et les aboutissants de ces différentes affaires. A l'exception des députés socialistes et écologistes, les CN n'ont pas partagé les préoccupations exprimées par l'initiant: ils ont estimé suffisants les moyens à la disposition des commissions de gestion.
Affaire Nyffenegger