Mit einer Standesinitiative forderte der Kanton Neuenburg das Parlament auf, die Zweckmässigkeit eines Spezialgesetzes bezüglich zuckerhaltiger Produkte zu prüfen und gegebenenfalls eine entsprechende Gesetzesanpassung vorzunehmen. Dadurch sollten Krankheiten bekämpft werden, welche auf erhöhten Zuckerkonsum zurückgeführt werden können. Konkret forderten die Initianten, jenen Zucker zu besteuern, der bei der Herstellung zugesetzt wird. Der Steuererlös sollte präventiven Zwecken zugutekommen. Darüber hinaus sollte im Gesetz die Beschränkung von Werbung für Nahrungsmittel mit hohem Energiegehalt festgehalten werden und eine Definition erfolgen, welche Berufsgruppen von der Steuer betroffen wären. Als Gründe für sein Anliegen führte der Kanton Neuenburg unter anderem die sich zunehmend ausweitende „Diabetes- und Fettleibigkeitsepidemie“ sowie die damit verbundenen Gesundheitskosten an. Zudem würden sich in Ländern, welche bereits eine solche Steuer eingeführt hatten, durchaus positive Effekte zeigen, was den Zuckerkonsum anbelangt.
Die SGK-SR empfahl mit 9 zu 0 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) der Initiative keine Folge zu geben, da im Zusammenhang mit der Schweizer Ernährungsstrategie 2017-2024 der freiwillige Ansatz gewählt worden war. Deshalb solle auch bei der hier betroffenen Verbesserung der Lebensmittelzusammensetzung weiterhin das Prinzip der Freiwilligkeit gelten. Ferner hatte der Bundesrat 2015 zusammen mit multinationalen Schweizer Konzernen und KMU ein Memorandum of Understanding (Erklärung von Mailand) unterschrieben, in welchem eine Zuckergehaltsreduktion von Joghurts und Frühstückszerealien innerhalb von vier Jahren festgelegt worden war. Solange das gemeinsame Vorgehen mit der Wirtschaft zielführend sei, bestehe aus Sicht der Kommission kein weiterer Handlungsbedarf. Die Kommission stellte zudem die Frage, inwiefern sich die Zuckersteuer überhaupt als Gesetz realisieren liesse und ob sie stattdessen nicht doch Eingang in die Verfassung finden müsste.
In der Ständeratsdebatte legte SGK-Mitglied Ivo Bischofberger (cvp, AI) die Argumente der Kommission erneut dar. Zwar setzte sich Didier Berberat (sp, NE) noch einmal für die Initiative ein: Damit wolle man nicht nur den Zuckergehalt senken, sondern auch präventiv wirken. Es sei zudem von äusserster Wichtigkeit, einen klar abgesteckten Zeitplan zu haben, um den von Zucker verursachten Krankheiten entgegentreten zu können. Der Neuenburger konnte sich jedoch zu wenig Gehör verschaffen, der Ständerat gab der Standesinitiative mit 24 zu 3 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) keine Folge.

Im Parlament wurde das Tabakproduktegesetz im Sommer 2016 erstmals beraten, der Ständerat war zuerst an der Reihe. Seine SGK wollte den Entwurf jedoch mit einigen Auflagen an den Bundesrat zurückweisen. Gegen die Rückweisung stand eine Minderheit Stöckli (sp, BE) ein. Mit 6 zu 4 Stimmen und 2 Enthaltungen kam der Rückweisungsantrag in der Kommission zu Stande. Zwar stehe die Mehrheit zum Kinder- und Jugendschutz, die Vorlage gehe jedoch in einigen Punkten zu weit, so Kommissionssprecher Dittli (fdp, UR). Es seien drei wesentliche Bereiche, die nicht goutiert würden: Erstens stelle das Gesetz einen zu starken und unverhältnismässigen Eingriff in die freie Marktwirtschaft dar. Zweitens führe es zu einer «Situation der latenten Rechtsunsicherheit», da zu viele «Kann-Formulierungen» vorgesehen seien und die Möglichkeiten der Regierung, einzelne Aspekte auf dem Verordnungsweg zu regeln, für die Unternehmen unbefriedigend seien. Und drittens fehle eine Differenzierung bei der Regelung von unterschiedlich schädlichen Produkten, weil E-Zigaretten weniger schädlich seien als herkömmliche, was der Bundesrat sogar selbst in seiner Botschaft festgehalten habe. E-Zigaretten fielen gemäss vorliegendem Entwurf jedoch in die gleiche Kategorie wie herkömmliche Tabakprodukte, was für die Kommission unverständlich war. Die Vorlage sei «nicht stimmig», der Bundesrat solle sie überarbeiten.
Anderer Meinung war die Kommissionsminderheit, sie wollte das mit Abstand liberalste Gesetz in Europa, wie es Stöckli nannte, beraten. Er zeichnete, als Vertreter verschiedener Gesundheitsorganisationen sprechend, ein düsteres Bild. Die Verantwortung aus der Verfassung, im Bereich Gesundheitsschutz Massnahmen zu ergreifen, war nur ein Argument seines Referats. Er sprach auch die positive Haltung der Kantone an, denn 23 von ihnen hatten sich in der Vernehmlassung positiv zum Entwurf geäussert. Es kristallisierte sich in der Folge heraus, dass über den Jugendschutz weitgehend Einigkeit herrschte, ebenso über das in diesen Bereich fallende Verkaufsverbot an Minderjährige, wie Ständerat Bischofberger (cvp, AI) feststellte. Knackpunkt war hingegen das Werbeverbot beziehungsweise dessen Tragweite. Den Vorwurf, dass der Rückweisungsantrag als Zugeständnis an die Tabakindustrie gewertet werden könne, versuchte FDP-Ständerat Eder (fdp, ZG) zu entkräften. Stattdessen – und er war nicht der Einzige, der dieses Argument aufgriff – ginge es eben darum, das Prinzip der Eigenverantwortung hochzuhalten. Der Staat müsse nicht «Hüter für das Tun und Lassen» der mündigen Bürger werden.
Es brauchte eine weitere Sitzung im Ständerat, um die Entscheidung herbeizuführen. Gesundheitsminister Berset erklärte in seinem ausführlichen Vortrag, die Rückweisung zu akzeptieren. Man möge die Vorlage aber nicht dem Bundesrat zurückgeben, sondern Rückweisung an die Kommission beschliessen, damit diese eine Detailberatung durchführen könne. Sein Wunsch blieb ihm jedoch verwehrt: Mit 28 zu 15 Stimmen wurde das Gesetz an den Bundesrat zurückgewiesen.
Die Rückweisung umfasste auch drei Auflagen, die der Bundesrat in einer neuerlichen Ausarbeitung berücksichtigen sollte. Dabei handelte es sich um die Verankerung des Mindestalters 18 für den Erwerb von Tabakprodukten. Zudem wurde die Regierung angewiesen, eine rechtliche Grundlage für Testkäufe zu schaffen und ein Verbot von speziell an Minderjährige gerichtete Werbung zu erlassen. Weiter sollten die «wichtigsten Punkte der Tabakverordnung» in das neue Gesetz übernommen werden. Auf zusätzliche Einschränkungen in der Werbung, der Verkaufsförderung und dem Sponsoring sollte jedoch verzichtet werden. Zuletzt stand auch die Legalisierung des Handels mit Alternativprodukten (E-Zigaretten und Snus) sowie die spezifische Regelung dieser Produkte auf der Wunschliste der SGK.

In der Presse rief die Rückweisung deutliche Reaktionen hervor: Sie wurde insbesondere als Sieg der Tabakindustrie gewertet, zudem wurde auf deren erfolgreiches Lobbyieren hingewiesen. Auch der ehemalige Zürcher Ständerat Felix Gutzwiller (fdp, ZH) äusserte im Tages Anzeiger Kritik: Er sehe die Rückweisung des Gesetzesentwurfs und die dabei obsiegende Argumentation als grundlegende Abwehr gegen einen Beitritt der Schweiz zu einem Rahmenübereinkommen der WHO zur Eindämmung des Tabakgebrauchs. Insofern befürchtete der Gesundheitspolitiker ein Reputationsschaden für die Schweiz.