In der Sommersession 2021 war es erneut am Ständerat, die Vorlage zum Tabakproduktegesetz zu beraten. Dabei galt es, über gut 20 Differenzen zum Nationalrat zu befinden. Dieser hatte in seiner Behandlung insgesamt weniger weitreichende Regelungen beschlossen als das Stöckli in seiner ersten Beratung. Kommissionssprecher Josef Dittli (fdp, UR) erklärte, dass der Mehrheit der SGK-SR der Jugendschutz und die Ratifizierung des WHO-Übereinkommens ein Anliegen sei. Um dieses nicht zu gefährden, möchte die Kommission an einigen Artikeln festhalten oder unterbreite gangbare Kompromisse. Wie sich jedoch im Verlaufe der Behandlung zeigen sollte, folgte die kleine Kammer mehrfach Minderheits- und Einzelanträgen, welche weniger weit gehen wollten als die Kommissionsmehrheit.
Bezüglich Zusammensetzung der Tabakprodukte und ihrer Emissionen sprach sich der Ständerat mit 26 zu 18 Stimmen für einen Minderheitsantrag Müller (fdp, LU) aus, der das vom Nationalrat vorgesehene Mentholverbot streichen wollte. Gemäss Müller bestehen «keine gefestigten wissenschaftlichen Erkenntnisse» zum Abhängigkeitspotenzial solcher Stoffe. Die Kommissionsmehrheit hätte eine Lösung vorgesehen, die das Verbot auf Zigaretten und Tabak zum Selbstdrehen beschränkt, elektronische Zigaretten, erhitzte Tabakprodukte und Snus hingegen von der Regelung ausgeklammert hätte. Weiter hielt das Stöckli an seinem Beschluss fest, dass nicht der Bundesrat über die verbotenen Zutaten bestimmen können soll, sondern dass diese im Gesetzesanhang aufzuführen seien.
Bei der Verpackung wollte die Kommission an der bundesrätlichen und ständerätlichen Fassung zur Produktinformation, welche auf resp. in der Verpackung enthalten sein soll, festhalten. Jedoch setzte sich im Rat ein Einzelantrag Français (fdp, VD), welcher wie die Nationalrätinnen und -räte wollte, dass nur die wichtigsten Informationen auf der Packung enthalten seien und für den Rest beispielsweise auf eine Internetseite verwiesen werde, mit 23 zu 21 Stimmen durch. Damit sollte die Notwendigkeit von grösseren Verpackungen und einer unnötigen Erhöhung des CO2-Fussabdrucks der Produkte verhindert werden.
Im Kapitel zur Werbung, Verkaufsförderung und Sponsoring kam der Ständerat dem Nationalrat weitgehend entgegen. Mit 25 zu 17 Stimmen stimmte er für einen Einzelantrag Z'graggen (mitte, UR), die gleich wie die grosse Kammer forderte, dass Werbung in Zeitungen, Zeitschriften und auf Internetseiten, die sich direkt an Minderjährige richten, untersagt werden solle. Vom Zusatz «die von Minderjährigen eingesehen werden», wie es die erste ständerätliche Fassung beinhaltet hatte, wurde abgesehen, da daraus gemäss Z'graggen ein totales Werbeverbot resultieren würde. Weiter kippte die kleine Kammer das generelle Werbeverbot in Zeitungen, Zeitschriften, anderen Publikationen und im Internet aus dem Entwurf, indem sie im entsprechenden Punkt mit 20 zu 20 Stimmen und dem Stichentscheid des Ratspräsidenten Kuprecht (svp, SZ) dem Nationalrat folgte. Hans Stöcklis (sp, BE) Warnung, dass dadurch ein Rückzug der Volksinitiative «Ja zum Schutz der Kinder und Jugendlichen vor Tabakwerbung» unwahrscheinlich werden dürfte, und Gesundheitsminister Bersets Bedenken, dass sich eine Ratifizierung des WHO-Übereinkommens unter diesen Umständen schwierig gestalte, blieben wirkungslos.
Untersagt werden soll hingegen, wie vom Nationalrat vorgeschlagen, die Werbung auf von öffentlichem Grund aus einsehbaren Plakaten, in Kinos, in und an öffentlichen Verkehrsmitteln, in und an Gebäuden mit öffentlichem Zweck und deren Arealen sowie auf Sportplätzen und bei Sportveranstaltungen. Stillschweigend folgte die kleine Kammer dem Nationalrat zudem bezüglich Sponsoring durch Tabakfirmen, das nicht nur bei Veranstaltungen internationaler Natur verboten werden soll, sondern auch, falls die Veranstaltungen auf Minderjährige abzielten. Die bestehende Differenz zwischen den zwei Räten bei der Verkaufsförderung konnte indes nicht beseitigt werden. Mit 22 zu 16 Stimmen (bei 1 Enthaltung) hielt das Stöckli an seinem Beschluss fest, dass das Verkaufsförderungsverbot nicht nur Tabakprodukte zum Rauchen, sondern auch E-Zigaretten und «Gegenstände, die eine funktionale Einheit mit einem Tabakprodukt bilden», einschliessen soll. Dass Zigarren und Zigarillos davon ausgenommen werden sollen, hiess die kleine Kammer hingegen gut. Ferner beharrte der Ständerat auf seiner Meinung, dass die Kantone über die Kompetenz verfügen sollen, strengere Werbevorschriften zu erlassen.
Eine weitere Differenz zwischen den beiden Räten bestand im Zusammenhang mit der Meldepflicht von Ausgaben für Werbung, Verkaufsförderung und Sponsoring. Die Kommissionsmehrheit schlug einen Mittelweg zwischen der nationalrätlichen Position, auf eine Meldepflicht gänzlich zu verzichten, und der ursprünglichen ständerätlichen Fassung, welche nach den einzelnen Bereichen aufgetrennte Meldungen vorsah, vor. Konkret sollten Unternehmen lediglich zur Nennung eines einzigen Betrages für Marketingaktivitäten verpflichtet werden. Auch sollte es möglich sein, den Betrag in aggregierter Form, beispielsweise als Summe einer ganzen Branche, zu melden. Die Mehrheit des Ständerats liess sich jedoch nicht davon überzeugen und folgte stattdessen mit 24 zu 20 Stimmen einer Minderheit Gapany (fdp, FR), welche sich für die Version des Nationalrates einsetzte.
Schliesslich kam der Ständerat der Forderung des Nationalrates auf eine Änderung im Bundesgesetz zum Schutz vor Passivrauchen, welche das Verwenden von E-Zigaretten und Tabakprodukten zum Erhitzen in Restaurations- und Hotelbetrieben sowie in spezialisierten Verkaufsgeschäften in gewissen Zonen erlauben wollte, mit 39 zu 2 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) nicht nach. Zudem beschloss das Stöckli auf Antrag seiner Kommission neu, das Tabakproduktegesetz als indirekten Gegenvorschlag zur Volksinitiative «Kinder und Jugendliche ohne Tabakwerbung» zu klassifizieren.

Das Bundesgesetz über Prävention und Gesundheitsförderung soll den in Art. 118 Abs. 2b der Bundesverfassung verankerten Gesetzgebungsauftrag umsetzen, wonach der Bund Regelungen zur Bekämpfung stark verbreiteter oder bösartiger Krankheiten erlässt. Es hat zum Ziel, die Steuerung, die Koordination und die Effizienz von Präventions-, Gesundheitsförderungs- und Früherkennungsmassnahmen zu verbessern und damit zur Stärkung von Prävention und Gesundheitsförderung in der Schweiz beizutragen. Das Gesetz war 2011 vom Nationalrat mit einigen Änderungen an den Ständerat überwiesen worden, der jedoch noch Ende 2011 Nichteintreten beschlossen hatte. Im März 2012 behandelte der Nationalrat die Vorlage deshalb erneut und hielt nach langer Debatte mit 106 zu 79 Stimmen an Eintreten fest. Teile der CVP/EVP/glp Fraktion, sowie einige Liberale und die geschlossene SVP Fraktion stellten sich gegen den Gesetzesentwurf. Eine rechtsbürgerliche Kommissionsminderheit Frehner (svp, BS) hatte erneut einen Antrag auf Nichteintreten gestellt. Die Gegner der Vorlage sahen im Rahmengesetz eine Bevormundung der Bevölkerung sowie die Gefahr einer aufblühenden, teuren Präventionsindustrie, welche nicht kontrollierbar sei. Prävention an sich sei zwar wichtig und im Rahmen der Möglichkeiten zu fördern, ein eigenes Gesetz dazu sei aber der falsche Weg. Das vom Nationalrat abermals unterstützte Gesetz gelangte Mitte 2012 wiederum in den Ständerat, wobei die vorberatende Kommission für Eintreten warb. Eine Minderheit Kuprecht (svp, SZ) wollte dies abermals verhindern, den ersten Ständeratsentscheid bestätigen und die Vorlage so endgültig zum Scheitern bringen. In einer langen Eintretensdebatte zwischen zwei gleich starken Lagern wurden die Argumente nochmals dargelegt. Das Gesetz sei ein wichtiges Signal und ein Instrument zur Koordination, so die Befürworter; es sei unnötig, eine Bevormundung der Bürgerinnen und Bürger, so die Voten der Gegner, welche sich im Übrigen in der kleinen Kammer zahlreich in den Reihen der CVP fanden. Bei 21 zu 21 Stimmen entschied Ratspräsident Altherr (fdp, AR) für Eintreten. Die Detailberatung zeigte keine grösseren Kontroversen und in der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 20 zu 16 Stimmen gutgeheissen. Im September wurden sämtliche Anpassungen des Ständerates von der Volkskammer angenommen, womit inhaltliche Differenzen ausgemerzt waren. Der Ständerat musste schliesslich im September des Berichtsjahres lediglich noch über die Ausgabenbremse befinden, welche wegen Artikel 39a gelöst werden musste, da das Gesetz auch 9 Mio. CHF pro Jahr für die Stiftung Gesundheitsförderung Schweiz vorsah. Die 22 für den Antrag abgegebenen Stimmen (19 dagegen) reichten allerdings nicht aus, um das nötige qualifizierte Mehr zu erreichen. Der Nationalrat stellte sich in der vierten Runde erneut hinter die Vorlage und schickte das Geschäft diskussionslos zurück an den Ständerat. Mit einem letzten Aufbäumen gegen das Gesetz beantragte eine Minderheit Schwaller (cvp, FR) die Verweigerung der Lösung der Ausgabenbremse – erfolgreich, denn mit dem Votum von 21 gegen 20 Stimmen blieb das qualifizierte Mehr erneut aus. Die Vorlage musste damit in die Einigungskonferenz, welche sich für den Entwurf des Nationalrates aussprach. Mit 105 zu 70 Stimmen folgte dieser dem Antrag. Im Ständerat hatte die Vorlage aber bis zum Schluss keine Chance und in der letzten Abstimmung scheiterte das Geschäft mit 22 zu 19 Stimmen abermals am qualifizierten Mehr. Die Vorlage war damit abzuschreiben und ein Prozess, welcher sich über rund drei Jahre hinzog, wurde ergebnislos abgeschlossen. Es war in den letzten 20 Jahren erst das zweite Mal, dass die kleine Kammer einen Vorschlag der Einigungskonferenz ablehnte.