In der Schlussabstimmung über das Tabakproduktegesetz Anfang Oktober 2021 segnete der Ständerat die Vorlage mit 28 zu 13 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab. Im Nationalrat fiel die Verabschiedung mit 89 zu 77 Stimmen (bei 27 Enthaltungen) aus. Während die Befürworterinnen und Befürworter in der grossen Kammer aus den Reihen der Mitte-, FDP- ,GLP- und SVP-Fraktion stammten, lehnten die Fraktionen der SP und der Grünen das Gesetz geschlossen ab. Flavia Wasserfallen (sp, BE) begründete die ablehnende Haltung damit, dass man nicht ein Gesetz retten wolle, das keines der gesetzten Ziele erfülle. Stattdessen setze man lieber auf die Volksinitiative «Ja zum Schutz der Kinder und Jugendlichen vor Tabakwerbung (Kinder und Jugendliche ohne Tabakwerbung)». Von den 27 Enthaltungen kamen 24 aus dem Lager der SVP-Fraktion und 3 aus der FDP-Fraktion. Thomas de Courten (svp, BL) erklärte denn auch, dass seine Fraktion dem Gesetz nicht zustimmen könne, da dessen Erfolg marginal sei, während mit enormen Konsequenzen für die Wirtschafts- und Unternehmensfreiheit zu rechnen sei. Im Sinne «eines gutschweizerischen Kompromisses» enthalte man sich aber der Stimme, anstatt die Vorlage zum Scheitern zu bringen. Er halte die Befürwortenden jedoch dazu an, in näherer Zukunft von weitergehenden Schritten abzusehen und zuerst die Wirkung des Gesetzes abzuwarten.

Der Nationalrat nahm sich in der Herbstsession 2021 zum zweiten Mal dem Gesetzesentwurf zum Tabakproduktegesetz an und kam dem Ständerat dabei in einzelnen Punkten entgegen, hielt an verschiedenen Stellen jedoch an seinen vorgängigen Beschlüssen fest.
Bezüglich Mentholverbot liess sich die grosse Kammer nicht umstimmen: Sie hielt mit 96 zu 86 Stimmen weiterhin an einem entsprechenden Verbot fest. Auch die Differenz zur Frage, wer über die verbotenen Zutaten bestimmen darf, blieb bestehen. Während der Ständerat diesbezüglich einen Gesetzesanhang vorgesehen hatte, war der Nationalrat mit 114 zu 72 Stimmen nach wie vor der Meinung, dass der Bundesrat die Kompetenz zur Bestimmung der betroffenen Zutaten haben soll. Lorenz Hess (mitte, BE) erklärte für die SGK-NR, dass die Verordnungslösung dem Umstand, dass laufend neue Produkte und Stoffe entwickelt würden, besser gerecht werde als die Gesetzeslösung.
Hingegen bereinigte die grosse Kammer im Bereich der Werbung und der Verkaufsförderung verschiedene Differenzen. So zeigte sie sich nun mit 99 zu 88 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) bereit, den Kantonen das Recht zuzugestehen, strengere Werbevorschriften zu erlassen, und lenkte trotz zwei Minderheitsanträgen ein, das Verkaufsförderungsverbot nicht nur auf Tabakprodukte zum Rauchen, sondern auch auf E-Zigaretten und «Gegenstände, die eine funktionale Einheit mit dem Tabakprodukt bilden», zu beziehen. Flavia Wasserfallen (sp, BE) argumentierte, dass dieser Zusatz durchaus Sinn mache, da elektronische Zigaretten im ganzen Gesetz gleich behandelt werden sollen wie die anderen Tabakprodukte. Sie könnten zwar den Umstieg auf weniger schädliche Produkte unterstützen, allerdings stellten sie auch populäre Einstiegsprodukte dar, welche Nikotinabhängigkeit zur Folge hätten.
Stillschweigend hiess der Nationalrat zudem die ständerätlichen Beschlüsse gut, die Produktinformationen in den Verpackungen auf einige Angaben zu kürzen und das Tabakproduktegesetz als indirekten Gegenvorschlag zur Volksinitiative «Ja zum Schutz der Kinder und Jugendlichen vor Tabakwerbung (Kinder und Jugendliche ohne Tabakwerbung)» zu definieren. Des Weiteren lenkte der Nationalrat bezüglich einer Differenz zum Bundesgesetzes zum Schutz vor Passivrauchen ein: Mit 108 zu 78 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sah er davon ab, dass das Verwenden von E-Zigaretten und Tabakprodukten in bestimmten Bereichen von Restaurations- und Hotelbetrieben zugelassen werden soll. In spezialisierten Verkaufsgeschäften soll dies allerdings gemäss Nationalrat möglich sein, womit diese Differenz zum Ständerat bestehen blieb.