Um Leistungserbringenden sowie Patientinnen und Patienten einen zusätzlichen Anreiz zur Nutzung des elektronischen Patientendossiers zu bieten, beantragte die SGK-NR im Mai 2020 in einer Motion, die Gesetzesgrundlagen so zu ändern, dass zukünftig auch elektronische Rechnungen im EPD abgelegt werden können. Der Bundesrat lehnte das Anliegen mit der Begründung ab, dass das elektronische Patientendossier der «Verbesserung der Patientensicherheit und der Qualitätsentwicklung in der Patientenbehandlung» diene und Mitarbeitende von Krankenversicherungen oder Ärztekassen keinen Zugriff darauf haben sollten. Letzteres sei wichtig, «um das Vertrauen der Bevölkerung ins EPD nicht zu gefährden». Dem entgegnete Ruth Humbel (cvp, AG) im Rahmen der Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2020, dass die Vertraulichkeit für den medizinischen Teil des EPD gewährleistet werden müsse, die Rechnungen aber in einem abgeschlossenen Bereich abgelegt werden könnten. Gesundheitsminister Berset verwies jedoch darauf, dass das EPD bereits jetzt sehr komplex sei und er es durch die Einführung eines abgeschlossenen Bereiches ungern weiter verkomplizieren würde. Insgesamt schaffe der Vorschlag der Kommission mehr Probleme, als er löse, betonte er. Diese Argumentation überzeugte den Nationalrat jedoch nicht, er nahm die Motion mit 149 zu 34 Stimmen an. Gegen den Vorstoss sprachen sich eine Mehrheit der SVP-Fraktion sowie je eine Person der GLP- und FDP.Liberale-Fraktion aus.

Das Bundesgesetz über das elektronische Patientendossier fand im Nationalrat grundsätzlichen Anklang, sämtliche Fraktionen wollten auf den Entwurf eintreten. Die SGK empfand den Gesetzesentwurf jedoch als zu wenig griffig, respektive verpflichtend. Ihr Sprecher Frehner (svp, BS) legte dar, dass das elektronische Patientendossier nur dann eine Wirkung entfalte, wenn alle „Player” im Gesundheitswesen mitmachen. Deswegen wurde von der Kommission vorgeschlagen, alle Leistungserbringer zur Verwendung elektronischer Dossiers zu verpflichten und es nicht bei einer freiwilligen Anwendung zu belassen. Ausgenommen blieben jedoch die Patientinnen und Patienten, für sie bliebe die Freiwilligkeit aufrechterhalten.

In der Detailberatung gab es erste Anpassungsvorschläge bezüglich der Kompetenz zur Bearbeitung der elektronischen Dossiers. Während die Kommissionsmehrheit eine Ausweitung der Bearbeitungsberechtigten vorgesehen hatte – es sollen auch Personen auf die Dossiers zugreifen können, die für öffentlich-rechtliche Einrichtungen tätig sind oder öffentlich-rechtliche Aufgaben ausüben –, stellte sich eine Minderheit Cassis (fdp, TI) dagegen. Sie befürchtete, damit in den Kompetenzbereich der Kantone einzugreifen. Der Gegenantrag wurde jedoch abgelehnt. Ein zweiter Gegenantrag Gilli (gp, SG) wollte einen vom Ständerat gestrichenen Passus wieder im Gesetz verankert wissen: Ein Widerruf des Einverständnisses von Patienten, ein Dossier zu führen, solle ihm oder ihr keine Nachteile schaffen. So wollte es ursprünglich auch der Bundesrat. Gilli argumentierte mit der hohen Sensibilität medizinischer Daten. Es dürfe nicht sein, dass Patientinnen schlechter behandelt würden, wenn sie sich entschieden, dass für sie kein elektronisches Dossier mehr geführt werden solle. Auch dieser Antrag blieb erfolglos. Für die Kommission berichtigte Frehner, dass keineswegs eine Zweiklassenmedizin angestrebt werde und es noch weniger das Ziel sei, dass Personen ohne elektronisches Dossier absichtlich eine schlechtere medizinische Versorgung erhielten. Es liege aber quasi in der Natur der Sache, dass wenn ein Arzt beispielsweise nicht die gesamte Krankengeschichte kenne, dieser möglicherweise eine nicht optimale Therapie veranlasse. Gillis Antrag enthalte überdies eine gefährliche Formulierung, ergänzte Cassis, aus der vielleicht sogar eine Haftbarkeit abgeleitet werden könnte.

Kernpunkt der Debatte war dann die sogenannte „doppelte Freiwilligkeit”, also dass sowohl Ärztinnen und Ärzte als auch die Behandelten auf die Anwendung elektronischer Patientendossiers verzichten können. Die Kommissionsmehrheit wollte für die Leistungserbringer ein Obligatorium einführen und damit entgegen dem bundesrätlichen Vorschlag, der auch vom Ständerat gestützt wurde, die elektronischen Dossiers flächendeckend einführen. Den Patientinnen und Patienten bliebe jedoch frei, ob für sie persönlich ein Dossier angelegt würde. Eine Minderheit Pezzatti (fdp, ZG) wollte das nicht mittragen. Zwar seien die Antragsstellenden auch für eine rasche Einführung der Dossiers, jedoch sei eine Verpflichtung der Leistungserbringer der falsche Weg, es regten sich Widerstände dagegen. Der Kommissionsantrag ging in dieser Sache also weiter, als Regierung und Ständerat vorgesehen hatten. Für die CVP-Fraktion – sie stand mit dieser Meinung nicht alleine da –, war ein Obligatorium zumutbar. Mit der doppelten Freiwilligkeit werde die gewünschte Wirkung kaum erzielt, so ihre Sprecherin Humbel (cvp, AG). Die Generation älterer Ärztinnen und Ärzte, die sich gegebenenfalls gegen die Anwendung der Dossiers wehren würde, dürfte bis zum Inkrafttreten des Gesetzes nicht mehr praktizieren und den jüngeren Generationen sei es zuzumuten. Die SP schlug in die gleiche Kerbe: Nur wenn die Ärzteschaft die Rahmenbedingungen schaffte, hätten die Patienten überhaupt die Chance „mitzumachen” und so von den verhofften Qualitätsvorteilen zu profitieren. Unaufgeregt äusserte sich auch die SVP für die obligatorische Einführung. Bortoluzzi (svp, ZH) ging sogar soweit vorzuschlagen, das Obligatorium einzuführen, um es dann der Bevölkerung zu überlassen, ob sie dagegen ein Referendum ergreifen wolle. Die Grünen zeigten sich, wie die FDP-Liberale Fraktion, eher zurückhaltend bis skeptisch. Das Obligatorium gleiche einer Bevormundung der Ärzteschaft, meinte Yvonne Gilli (gp, SG), selber Ärztin, und e-Health würde nicht darob scheitern, wenn die Patientendossiers freiwillig blieben. 114 Nationalrätinnen sprachen sich dann für das Obligatorium aus, 62 dagegen (3 Enthaltungen), womit der Vorlage eine gewichtige Neuausrichtung gegeben wurde.
Mit 175 zu 4 Stimmen wurde das Gesamtpaket gutgeheissen und dem Ständerat zur Differenzbereinigung überwiesen.

Der Nationalrat nahm ein Postulat Humbel (cvp, AG) an, welches vom Bundesrat einen Bericht über die Umsetzung der E-Health-Strategien fordert. Dabei sollen die Handlungsfelder, Verantwortlichkeiten, Zuständigkeiten und Aufgaben der einzelnen Akteure sowie ein verbindlicher Zeitplan für die Implementierung der einzelnen Teilprojekte aufgezeigt werden. Der Bundesrat teilte die Auffassungen der Postulantin, dass mit dem Einsatz des elektronischen Patientendossiers eine Qualitätsverbesserung in der medizinischen Versorgung erreicht werden könne und empfahl daher die Annahme des Postulates.

Mit zu den Vorkehrungen, um die Gesundheitsausgaben zu optimieren, gehört nach Meinung des Parlaments auch der Ausbau von E-Health, beispielsweise bei der Vernetzung von patientenrelevanten Daten zur Vermeidung von Mehrfachuntersuchungen oder bei der Warnung der Bevölkerung vor einem (allenfalls nicht unbedingt notwendigen) Arztbesuch. 2006 hatte der Nationalrat im Einverständnis mit dem Bundesrat eine diesbezügliche Motion Noser (fdp, ZH) angenommen, die nun diskussionslos auch vom Ständerat überwiesen wurde. Im Juni verabschiedete der Bundesrat seine E-Health-Strategie. Diese soll dazu beitragen, den Zugang zu einem bezüglich Qualität, Effizienz und Sicherheit hoch stehenden und kostengünstigen Gesundheitswesen zu gewährleisten. Erleichtert werden soll dies mittelfristig auch durch den Ausbau der vom Parlament bereits beschlossenen „Versichertenkarte“, die allerdings infolge von datenschützerischen Bedenken vorderhand als rein administratorische Karte konzipiert wurde; weitergehende Daten dürfen nur mit Einwilligung der Patienten darauf gespeichert werden. Wie der Bundesrat in seiner Stellungnahme zu einer noch nicht behandelten Motion Humbel Näf (cvp, AG) darlegte, hatte sich das Parlament bewusst dafür entschieden, die Informationen direkt auf der Karte zu speichern, wozu die Regierung im Februar eine Verordnung erliess, die 2009 wirksam wird. Der Gebrauch der Karte als Zugangscode für eine generelle Vernetzung der Daten sei deshalb aus gesetzlicher Sicht im Augenblick nicht möglich.

Im September unterzeichneten das EDI und die GDK eine Rahmenvereinbarung zum Aufbau von E-Health. Die Versichertenkarte tritt auf Anfang 2009 obligatorisch in Kraft