Nach seiner Rückweisung des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen an die Kommission in der Frühjahrssession 2019 behandelte der Ständerat das entsprechende Gesetz in der Wintersession desselben Jahres erneut. Offen sei nur noch eine – jedoch eine gewichtige – Differenz, betonte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO). Diesbezüglich habe die Kommissionsmehrheit entschieden, die zuvor vom Ständerat als unklar kritisierte Klausel zum guten Glauben zu präzisieren. So wolle die Kommissionsmehrheit Bussen weiterhin in zwei Ausnahmefällen für abzugsfähig erklären, nämlich wenn der Ordre-public-Vorbehalt verletzt sei oder wenn das Unternehmen glaubhaft darlegen könne, dass es «alles Zumutbare unternommen hat, um sich [nach ausländischem Recht] rechtskonform zu verhalten». Ob dies der Fall gewesen sei, müsse das Unternehmen in einem Steuerverfahren und, wenn die Steuerbehörde dies bestreite, in einem Nachverfahren darlegen. Die Beweislast läge somit beim steuerpflichtigen Unternehmen, sie müsse aber keinen Vollbeweis erbringen; eine Glaubhaftmachung genüge. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) hielt eine Präzisierung des Begriffs für unnötig und beantragte die vorherige Formulierung zur Annahme. Kurz vor der Abstimmung zog Thomas Hefti jedoch seinen Antrag zurück. Die zweite Minderheit Levrat (sp, FR) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf eine Abzugsfähigkeit zu verzichten. Letzterem Antrag pflichtete auch Finanzminister Maurer bei, der auf eine grössere Rechtssicherheit beim bundesrätlichen Vorschlag und auf mögliche Vollzugsprobleme beim Mehrheitsantrag hinwies.
Mit 26 zu 14 Stimmen sprach sich der Ständerat für den Mehrheitsantrag und die neue Formulierung der Kommission aus.

Im November 2016 legte der Bundesrat eine Botschaft zum Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen vor, welche die Motion Luginbühl (bdp, BE) umsetzte. Der Motionär hatte verlangt, dass Bussen mit Strafzweck steuerlich nicht abziehbar, also nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören sollten. Der Bundesrat ergänzte diese Regelung in seiner Botschaft um die Nichtabzugsfähigkeit von Bestechungszahlungen an Private – eine solche Regelung für Zahlungen an Amtsträger war bereits in Kraft – sowie um Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder um Gegenleistungen für die Begehung von Straftaten, sofern diese Zahlungen nach schweizerischem Recht strafbar sind. Bezüglich letzteren Straftaten erwähnte der Bundesrat in der Botschaft zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Diese Aspekte waren bisher nicht ausdrücklich geregelt gewesen. Gewinnabschöpfende Sanktionen ohne Strafzweck sollten auch weiterhin abzugsfähig bleiben.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Ständerat die Vorlage als Erstrat. Dabei schlug die WAK-SR mit einem Änderungsantrag vor, die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung abzuschwächen: Vom Ausland verhängte Bussen sollen weiterhin steuerlich abzugsfähig bleiben. Gegen diese „Subventionierungsvorlage für kriminelle Unternehmen“, wie es Christian Levrat (sp, FR) nannte, wehrte sich eine Kommissionsminderheit heftig. Levrat kritisierte, dass die Vorlage ursprünglich zum Ziel hatte, Rechtssicherheit zu schaffen und die Abzugsfähigkeit von Bussen zu unterbinden. Da das Bundesgericht in der Zwischenzeit in einem Urteil die Forderungen des Motionärs bestätigt hatte (2C_916/2014, 2C_917/2014), sei die Vorlage eigentlich gar nicht mehr nötig. Die WAK-SR bediene sich dieser jetzt aber, um das Gegenteil zu erreichen, nämlich eine Abschwächung des geltenden Rechts. Es könne nicht sein, dass der Bund zum Beispiel einen Fünftel der US-Bussen gegen die Schweizer Banken übernehmen müsse. Auch der Motionär liess kein gutes Haar am Antrag der Kommissionsmehrheit, der „die Zielrichtung des ursprünglichen Auftrages“ untergrabe. Dadurch würden Unternehmen geradezu eingeladen, Gesetze zu brechen, was im Extremfall als Wettbewerbsnachteil für gesetzestreue Unternehmen verstanden werden könne.
Ruedi Noser (fdp, ZH) bezeichnete die Argumentation der Minderheit als populistisch. Man dürfe nicht nur die internationalen Grosskonzerne vor Augen haben, sondern müsse auch an die KMU denken, die durch eine solche Busse Konkurs gehen können. In der Schweiz gelte das Prinzip der Besteuerung nach Leistungsfähigkeit. Wenn ein Unternehmen also kein Geld mehr habe, könne es auch nicht besteuert werden. Das sei nur fair, zumal der Fiskus auch auf illegal entstandenen Gewinnen Steuern erhebe. Zudem komme es bei den „täglichen Arbeiten des Unternehmers“ im Ausland zu unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen, daher müsse man jeweils die Umstände der Bussen mitberücksichtigen. In der Folge entbrannten heftige Diskussionen um die Frage, inwiefern der Ordre-public-Vorbehalt – gemäss welchem Bestimmungen ausländischen Rechts nicht angewendet werden können, wenn das Ergebnis gegen das Rechtsgefühl des schweizerischen Rechts verstösst – die Unternehmen bei Annahme der Vorlage vor unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen schützen würde.
Finanzminister Maurer fasste die Situation des Ständerates zusammen: Entweder man akzeptiere, dass möglicherweise unrechtmässige Bussen nicht abgezogen werden könnten oder dass Bussen mit strafrechtlichem Hintergrund weiter abzugsfähig seien. Anfänglich seien jedoch in der Kommissionsberatung während sechs Stunden acht weitere Varianten diskutiert worden, die Kommissionsmehrheit habe sich aber am Schluss für die „Alles-oder-nichts“-Variante, wie es Roberto Zanetti (sp, SO) bezeichnete, entschieden. Mehrfach äusserten die Ständerätinnen und Ständeräte jedoch die Hoffnung, die Schwesterkommission könne allenfalls später eine bessere Lösung präsentieren.
Nach ausführlicher Debatte wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Da die Detailberatung bereits im Rahmen der Eintretensdebatte vorweggenommen worden war, ging der Rat gleich zu den Detailabstimmungen über. Umstritten waren dabei nur die Abzugsmöglichkeiten für Bussen aus dem Ausland, wobei sich die Minderheit mit 28 zu 12 Stimmen bei einer Enthaltung durchsetzte. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den bundesrätlichen Vorschlag mit 30 zu 6 Stimmen bei fünf Enthaltungen an; Bussen aus dem Ausland sollen folglich genauso wenig abzugsfähig sein wie Bussen aus der Schweiz.