Einen Tag bevor der Ständerat die Bundesratsvorlage zur Anpassung der Franchisen an die Kostenentwicklung behandelte, hatte die SP bereits verkündet, dass man, falls nötig, das Referendum gegen das Gesetz ergreifen werde. Die Franchisenerhöhung sei inakzeptabel, treffe mit den chronisch Kranken und älteren Menschen die Schwächsten am stärksten und sei deshalb ein Angriff auf die Solidarität, hatte Barbara Gysi (sp, SG) erklärt.

Von dieser Referendumsdrohung liess sich der Ständerat aber tags darauf in der Frühjahrssession 2019 nicht beeindrucken. Den Minderheitsantrag Stöckli (sp, BE) auf Nichteintreten lehnte er mit 28 zu 13 Stimmen ab und nahm die Vorlage in der Folge nach einer Präzisierung bezüglich der Bruttokosten in der Gesamtabstimmung mit 26 zu 13 Stimmen (2 Enthaltungen) an. Noch in derselben Session akzeptierte der Nationalrat die Änderungen stillschweigend, sodass die beiden Räte gut eine Woche später zur Schlussabstimmung schreiten konnten.

In der Zwischenzeit hatte sich jedoch die Ausgangslage verändert: Zwei Tage vor der Schlussabstimmung hatte SVP-Fraktionschef Aeschi (svp, ZG) erklärt, die SVP-Fraktion werde die Vorlage ablehnen. Man wolle nicht einseitig die Prämienzahlenden belasten, stattdessen müsse ein Gesamtpaket geschaffen werden, in dem auch die anderen Akteure wie Krankenkassen oder Ärztinnen und Ärzte ihren Beitrag leisten sollten, erklärte er. In der Ratsdebatte ergänzte Leo Müller (cvp, LU), auch die CVP unterstütze dieses Projekt nicht und werde sich der Stimme enthalten, zumal sie sich von Anfang an für eine umfassende – und keine einseitig die Patientinnen und Patienten belastende – Revision ausgesprochen habe. Dies führte bei den anderen bürgerlichen Parteien zu Unverständnis. Lorenz Hess (bdp, BE) nervte sich, dass die Ausgangslage nun plötzlich anders sei, obwohl sich inhaltlich nichts verändert hatte. Sowohl SVP als auch CVP hatten die Vorlage in der Wintersession 2018 noch geschlossen befürwortet. Beat Walti (fdp, ZH) sprach von einem «parlamentarische[n] Trauerspiel» und von einem «durchschaubare[n] und unglaubwürdige[n] Manöver». Roger Nordmann (sp, VD) warf der SVP vor, vor den eidgenössischen Wahlen das Referendum der SP gegen das Gesetz und die Debatte zur Franchisenerhöhung verhindern zu wollen, und Balthasar Glättli (gp, ZH) warf ein, dass es bereits «wahlkämpfelet», und lobte ironisch die «Pirouetten», die die SVP drehe. Dem widersprach Thomas Aeschi heftig. Das verfehlte Gesundheitssystem sei von der SP entworfen worden und unter der Federführung der damaligen SP-Bundesrätin Ruth Dreifuss unter Jubel der FDP und CVP entstanden. Nur die SVP habe damals schon prophezeit, was passieren werde – und habe Recht behalten. Die SVP werde nicht Hand bieten für den Versuch, das verrottete System durch ein paar «Pflästerli» zu heilen.
Und so kam es, wie die Vertreterinnen und Vertreter der FDP und der BDP befürchtet hatten: Mit 101 zu 63 Stimmen lehnte eine Allianz aus SP- und Grünen-Fraktion, einer Mehrheit der SVP-Fraktion sowie einzelnen Mitgliedern der CVP-Fraktion – der Grossteil der CVP-Fraktion enthielt sich wie angekündigt der Stimme – die Anpassung der Franchisen an die Kostenentwicklung ab und versenkte die Vorlage. Dass der Ständerat – und mit ihm alle fünf SVP-Ständeräte – die Vorlage mit 27 zu 14 Stimmen annahm, war somit gegenstandslos. Auch die Medien werteten den Meinungsumschwung bei der SVP und der CVP – ähnlich wie zuvor die Parlamentarierinnen und Parlamentarier – als «wahltaktisches Manöver» (Tagesanzeiger).

Im September 2018 nahm der Bundesrat zum Entwurf der SGK-NR im Rahmen der parlamentarischen Initiative Borer (svp, SO) für eine Stärkung der Selbstverantwortung im KVG Stellung. Er erklärte seine Unterstützung für den Minderheitsantrag Carobbio Guscetti (sp, TI) auf Nichteintreten, da das strategische Wechseln der Franchisen gemäss dem Bericht der SGK-NR nur in 0.17 Prozent der Fälle vorkomme und die Krankenversicherungen dadurch jährlich lediglich CHF 5 Mio. einsparen könnten. Diesem geringen Vorteil stünden jedoch zahlreiche Nachteile gegenüber, etwa eine Schwächung der Selbstverantwortung durch häufigere Wahl der Grundfranchise, Mehrkosten für EL und Sozialhilfe und somit auch für Kantone und Gemeinden sowie ein administrativer Mehraufwand für die Krankenversicherungen.
In der Wintersession 2018 behandelte der Nationalrat den Entwurf. Als Kommissionssprecher betonten Philippe Nantermod (fdp, VS) und Heinz Brand (svp, GR) noch einmal den Nutzen der Vorlage: Das opportunistische «Franchisenhüpfen» müsse gestoppt werden, auch wenn es sich dabei um ein untergeordnetes Problem handle. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte im Namen der Minderheit Carobbio Guscetti vor allem das Verhalten der Kommission, die trotz mehrheitlich negativer Vernehmlassungsantworten keinen der Kritikpunkte in die Vorlage aufgenommen hatte. Mit 111 zu 68 Stimmen bei einer Enthaltung sprach sich der Nationalrat für Eintreten auf die Vorlage aus. Während die SP- und die Grünen-Fraktion Eintreten geschlossen ablehnten, war die Situation aufseiten der Bürgerlichen weniger deutlich. Gespalten zeigte sich insbesondere die FDP-Fraktion, aber auch in der SVP- und der CVP-Fraktion lehnten einzelne Personen eine Behandlung der Vorlage ab. Knapper scheiterte der Antrag Grüter (svp, LU) auf Rückweisung an die Kommission: Mit 86 zu 81 Stimmen bei 13 Enthaltungen stimmte der Rat für die Behandlung der Vorlage, wobei hier die Fronten quer durch die meisten Fraktionen verliefen.
In der Detailberatung versuchte eine Minderheit Ruiz (sp, VD), eine Ausnahmeklausel für Personen, bei denen neu eine chronische oder schwere Krankheit diagnostiziert wurde, zu schaffen. Eine solche lehnte der Nationalrat jedoch mit 118 zu 56 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Ebenfalls abgelehnt wurde eine vom Bundesrat vorgeschlagene und von der Kommissionsmehrheit unterstützte Pflicht für die Krankenversicherungen, die Versicherten zwei Monate vor Ablauf der Frist auf ihre Wahlmöglichkeit hinzuweisen. Mit 112 zu 62 Stimmen (3 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer einer Minderheit Humbel (cvp, AG), welche unter anderem die Kosten für die Versicherungen «ohne Mehrwert für die Versicherten» scheute. Mit 113 zu 60 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) verabschiedete der Rat die Vorlage in der Gesamtabstimmung.

Im Mai 2018 legte der Bundesrat dem Parlament die Botschaft zur Neuregelung der Zulassung von Leistungserbringenden vor, welche die zeitlich begrenzte Zulassungsbeschränkung der Leistungserbringenden ablösen soll. Die Vorlage will die Anforderungen an die Leistungserbringenden erhöhen, die Qualität und Wirtschaftlichkeit ihrer Leistungen steigern und den Kantonen ein Kontrollinstrument für das Leistungsangebot in die Hand geben. Aufgrund der Vernehmlassungsantworten hatte der Bundesrat in der Zwischenzeit einige Änderungen an der Vorlage vorgenommen: Neu sollen die Kantone für die Zulassungssteuerung und die Aufsicht über die Einhaltung der Auflagen zuständig sein, nicht mehr die Versicherer. Zudem wurde die zweijährige Wartefrist für die Leistungserbringenden vor Zulassung zur Leistungserbringung im Rahmen der OKP durch eine mindestens dreijährige Tätigkeit an einer schweizerischen Weiterbildungsstätte ersetzt.

Im Sommer 2018 beriet die SGK-NR die Botschaft des Bundesrats und trat ohne Gegenstimme auf die Vorlage ein. Sie ersetzte insbesondere einige Kann- durch Muss-Bestimmungen und erweiterte den Geltungsbereich der Regelungen auf den ambulanten Spitalbereich. Ärztinnen und Ärzte sollen sich zur Zulassung zur OKP einer zertifizierten Gemeinschaft gemäss EPDG anschliessen müssen. Zudem soll ein Register über die ambulant tätigen Leistungserbringenden die Transparenz erhöhen. Die Kommission verabschiedete ihren Vorschlag mit 16 zu 4 Stimmen bei 3 Enthaltungen.

In der Wintersession 2018 folgte die Erstbehandlung der Vorlage im Nationalrat. Ruth Humbel (cvp, AG) und Raymond Clottu (svp, NE) präsentierten sie dem Rat, der ohne Gegenantrag auf die Vorlage eintrat. Unbestritten waren die Änderungen der Kann-Formulierungen; erste Diskussionen gab es zur Frage, ob Leistungserbringende für die Zulassung zur OKP zwei Jahre an einer schweizerischen Weiterbildungsstätte und ein Jahr an einem Spital mit Grundversorgung – wie es die Kommission wollte – oder drei Jahre an einer schweizerischen Weiterbildungsstätte – wie es eine Minderheit Humbel vorschlug – gearbeitet haben müssen. Hier wurde diskutiert, ob es sinnvoller sei, dass frei praktizierende Ärztinnen und Ärzte – häufig Spezialistinnen und Spezialisten – auch als Grundversorgende gut ausgebildet seien, oder ob es relevanter sei, dass sie länger in ihrem Spezialgebiet arbeiteten. Mit 170 zu 12 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) entschied sich der Rat in dieser Frage für die Minderheit und somit für eine stärkere Spezialisierung der Leistungserbringenden.
Besonders umstritten war die Frage, ob die Kantone die Möglichkeit erhalten sollen, den Vertragszwang zwischen Versicherern und Leistungserbringenden aufzuheben, solange Unter- und Obergrenzen an Ärztinnen und Ärzten nicht erreicht werden. Diesen Vorschlag der Kommission lehnte eine Minderheit Ruiz (sp, VD) ab. Stattdessen wollte sie den Kantonen die Möglichkeit geben, andere Zulassungskriterien zu definieren. Der Rat folgte jedoch gegen den Widerstand der SP- und der Grünen-Fraktion sowie einzelner Mitglieder anderer Fraktionen mit 126 zu 57 Stimmen (bei einer Enthaltung) mehrheitlich der Kommissionsmehrheit. Ähnliche Lager zeigten sich auch bei der Frage, ob den Versicherern und den Versichererverbänden ein Beschwerderecht bezüglich Bandbreiten und Höchstzahlen zustehen soll oder nicht. Die Mehrheit des Nationalrats sprach sich mit 120 zu 59 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) für ein solches Beschwerderecht aus.
Schliesslich lösten auch die Übergangsbestimmungen lange Diskussionen aus. So war sich der Rat nicht einig, ob das Inkrafttreten des Gesetzes an die Inkraftsetzung der Änderung des KVG bezüglich EFAS geknüpft werden soll oder nicht. Eine Minderheit Gysi (sp, SG) sprach sich gegen eine solche Koppelung aus, da EFAS sehr umstritten sei und die Änderung der Zulassungssteuerung aufgrund ihrer Wichtigkeit nicht aufgeschoben werden solle. Dass es zu einer solchen Verknüpfung gekommen sei, führte Gysi auf das Lobbying der Krankenversicherungen zurück. Obwohl auch der Gesundheitsminister den Nationalrat bat, auf eine Verknüpfung der beiden Themen zu verzichten, stimmte der Nationalrat mit 123 zu 53 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) im Sinne der Kommissionsmehrheit für eine Verknüpfung. Mit 128 zu 40 Stimmen bei 13 Enthaltungen nahm der Nationalrat die Vorlage in der Gesamtabstimmung an. Die Nein-Stimmen stammten allesamt aus dem links-grünen Lager, jedoch entschieden sich zehn Parlamentarierinnen und Parlamentarier der SP sowie zwei der Grünen und einer der SVP, sich der Stimme zu enthalten.