Im April 2021 gab der Bundesrat eine Änderung der KVAV bekannt, wonach der freiwillige Abbau und die Rückerstattung der Krankenkassenreserven vereinfacht und die Regeln dazu präzisiert werden sollen. Heute bestehen zwei Möglichkeiten für eine Reduktion der Reserven: Die Krankenkassen können ihre Reserven freiwillig abbauen und die entsprechenden Vergütungen gesamtschweizerisch allen ihren Versicherten zukommen lassen. Sie können aber auch freiwillig zu viel bezahlte Reserven zurückerstatten, wobei sich die Rückerstattung jeweils auf diejenigen Kantone beschränkt, in denen die Prämien die Gesundheitskosten in einem Jahr deutlich überstiegen haben. Bisher sehen aber weder KVAG noch KVAV klare Grenzwerte für einen Abbau oder eine Rückerstattung vor, das BAG erlaubte gemäss Kreisschreiben einen Reservenabbau jedoch prinzipiell ab einer Solvenzquote von 150 Prozent.
Der Bundesrat legte in seiner Verordnungsänderung neu eine Mindestreserve von 100 Prozent fest und schrieb gleichzeitig vor, dass ein Reserveabbau durch eine knappere – die Kosten jedoch voraussichtlich noch immer deckende – Kalkulierung der Prämien im Folgejahr anstelle eines Ausgleichsbetrags an die Versicherten erfolgen solle. Erst wenn die Reserven im Folgejahr dieser Massnahme noch immer erhöht sind, kann den Versicherten auch ein Ausgleichsbetrag an die Prämien angerechnet werden. Damit wollte der Bundesrat verhindern, dass der Abbau für Marketingzwecke verwendet wird – es gebe erste Anzeichen für ein solches Vorgehen, kritisierte er.
Auch die Rückerstattung der Prämien in einem Kanton ist neu dann möglich, wenn die Prämieneinnahmen in einem Kanton die Kosten in demselben Kanton um einen bestimmten Anteil übertreffen. Zur Berechnung dieses Anteils zieht der Bundesrat verschiedenen Merkmale der Versicherungen (Versichertenbestand, Leistungen, Risikoausgleich) sowie Zufallsschwankungen in Betracht. Weiterhin bleibt der Reservenabbau für die Versicherungen jedoch freiwillig. Die Änderungen werden erstmals auf die Prämien 2022 anwendbar sein.

Im Jahr 2017 bezahlten Bund und Krankenversicherungen die letzte Tranche der von den Prämienzahlenden einiger Kantone zu viel bezahlten Prämien in der Höhe von CHF 360 Mio. zurück. Erneut leistete der Bund einen Beitrag von CHF 89 Mio., hinzu kam der Beitrag der Krankenversicherungen über CHF 271 Mio. Die Versicherten des Kantons Waadt erhielten in der Folge Prämienabzüge über CHF 167.80 pro Person, diejenigen im Kanton Graubünden über CHF 1.00 pro Person. Damit konnte die Korrektur der Prämien der Jahre 1996 bis 2013 abgeschlossen werden.

Im Jahr 2016 wurden den Prämienzahlenden in den Kantonen, die zwischen 1996 und 2013 zu hohe Prämien bezahlt hatten, weitere CHF 188 Mio. über die CO2-Lenkungsabgabe zurückbezahlt. So berichtete der Bundesrat im Februar 2016, dass sich der Bund wiederum mit CHF 89 Mio. an der Rückzahlung beteiligen werde, während die Prämienzahlenden in denjenigen Kantonen, die bisher zu tiefe Prämien bezahlt hatten, weitere 99 Mio. in Form eines Prämienzuschlags beisteuerten. Erneut lagen die Rückzahlungen im Kanton Waadt mit CHF 86.05 pro versicherter Person am höchsten und in Graubünden mit CHF 0.45 pro Person am niedrigsten.

Zwischen 1996 und 2013 waren in einigen Kantonen verglichen mit den Leistungen zu hohe, in anderen zu tiefe Krankenversicherungsprämien bezahlt worden. Die zu viel bezahlten Prämien flossen in die «fiktiven» Reserven der Krankenversicherungen – fiktiv deshalb, weil das KVG eigentlich keine Reserven vorsieht. Aufgrund verschiedener Standesinitiativen (Kt.Iv. 09.316, Kt.Iv. 09.319, Kt.Iv. 09.320) und einer Motion Fetz (sp, BS; Mo. 08.4046) hatte der Bundesrat vorgeschlagen, die zu viel bezahlten Prämien bei der Rückerstattung aus der CO2-Lenkungsabgabe – die über die Krankenkassenprämien zurückbezahlt wird – auszugleichen, wobei die Details im Rahmen der Schaffung der Aufsicht über die soziale Krankenversicherung geregelt werden sollten. Dort hatte das Parlament entschieden, die Korrekturen in der Höhe von CHF 800 Mio., die zu je einem Drittel vom Bund, den Krankenkassen und den Versicherten der Kantone, die bisher zu wenig Prämien bezahlt hatten, übernommen werden, den CO2-Lenkungsabgaben der Jahre 2015 und 2017 anzurechnen. Während der Bund seinen Beitrag gleichmässig verteilt auf alle drei Jahre zurückzahlen sollte, verteilten sich die Beiträge der Versicherten aus den Kantonen, die bisher zu wenig Prämien bezahlt hatten, auf die Jahre 2015 und 2016, während die Krankenversicherungen ihren Beitrag vollständig im Jahr 2017 leisteten.
Im Februar 2015 gab der Bundesrat die Höhe der Kompensationen für das Jahr 2015 bekannt. So sollten die Prämienzahlenden in den Kantonen Appenzell-Innerrhoden, Genf, Graubünden, Freiburg, Tessin, Thurgau, Waadt, Zug und Zürich einen Prämienabschlag in der Höhe von insgesamt CHF 255 Mio. erhalten. Pro versicherter Person schwankten die Abschläge zwischen den Kantonen zwischen CHF 0.70 (Kanton Graubünden) und CHF 119.70 (Kanton Waadt). Der Gesamtbetrag für das Jahr 2015 bestand aus CHF 89 Mio. des Bundes sowie CHF 166 Mio., welche die Prämienzahlenden in den Kantonen, in denen zuvor zu wenige Prämien bezahlt worden waren, leisteten. In letzteren Kantonen fiel daher im Jahr 2015 ein Prämienzuschlag über CHF 62.40 an, nur in den Kantonen Wallis (CHF 56.40) und St.Gallen (CHF 9.00) lag er tiefer.