Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

Die APK-SR hatte sich bereits in der Herbstsession 2019 mit der Motion «Aussenpolitische China-Strategie und Stärkung der interdepartementalen Verwaltungszusammenarbeit» von Fabian Molina (sp, ZH) befasst. Mit 7 zu 3 Stimmen hatte sie die Motion zur Annahme empfohlen, um damit den Druck auf den Bundesrat aufrechtzuerhalten.
In der Wintersession gelangte die Motion in den Ständerat. Für Ständerat Germann (svp, SH) war die Motion bereits erledigt, denn der Bundesrat habe der Kommission die Aussenpolitische Strategie für die Legislaturperiode 2020-2023 in ihren Grundzügen bereits vorgestellt. Erfüllte Vorstösse – so Germann – sollten aus ordnungspolitischer Sicht nicht angenommen werden. Dieser Meinung schloss sich auch Thomas Minder (parteilos, SH) an und auch Damian Müller (fdp, LU) bezeichnete eine mögliche Annahme als «parlamentarischen Leerlauf». Letzterer zeigte sich zudem unzufrieden damit, wie intransparent die China-Strategie der Schweiz gehandhabt werde, und wünschte sich eine offenere Kommunikation gegenüber der Kommission. Somit bestritt inhaltlich niemand die Notwendigkeit einer stärkeren Koordinierung im Umgang mit China, doch aus formellen Gründen schien die Motion obsolet. Christian Levrat (sp, FR), der die Kommissionsmehrheit vertrat, zeigte sich dennoch irritiert über die vorherrschende Meinung im Ständerat. Nur durch die Ankündigung einer zukünftigen Strategie sei eine Motion noch nicht erfüllt, denn eine inhaltliche Diskussion habe noch nicht stattfinden können. Der anwesende Bundesrat Cassis versuchte die Gemüter ein wenig zu beruhigen, indem er festhielt, dass die Motion sowieso kaum Einfluss auf das bereits bestehende Vorhaben einer neuen China-Strategie haben werde. Die inhaltliche Diskussion solle man danach in den Kommissionen führen. Der Antrag der Kommissionsminderheit setzte sich schliesslich mit 25 zu 14 Stimmen (bei 1 Enthaltung) durch, damit wurde die Motion abgelehnt.

La motion Geissbühler (udc, BE) visant à activer un retour sans risque de persécution pour les Erythréens a été débattue au Conseil des Etats en septembre, en même temps que la motion du PLR Damian Müller (plr, LU) qui demande «une politique d'asile équitable envers les demandeurs d'asile érythréens». Un troisième objet, plutôt antagoniste des deux précédents, sous la forme d'une pétition citoyenne exigeant un «droit d'asile des Erythréens» figurait également à l'ordre du jour.
Le débat a surtout tourné autour de la situation politique du pays de la corne de l'Afrique. Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) a cité le rapport 2017/2018 d'Amnesty International, qui fait état de violations graves des droits humains, tout comme plusieurs rapports de l'ONU, cités par Pascale Bruderer Wyss (ps, AG). Le groupe socialiste, très présent au début du débat, a souligné les démarches du DFAE visant à établir un dialogue avec le gouvernement érythréen, dans le même but que celui poursuivi par les motionnaires, à savoir arriver à des accords migratoires. L'UDC est intervenue, par le truchement du sénateur Germann (udc, SH) qui a déposé une proposition individuelle, alors que son appartenance à la commission responsable de l'objet, lui permettait d'établir une proposition de minorité, ce qui lui a été reproché par plusieurs de ses collègues, qui déploraient un manque de respect des traditions du Conseil d'Etat. La proposition de Germann, à savoir accepter la motion, a donc été refusée par les sénateurs et sénatrices par 24 voix contre 16 avec 2 abstentions.

Suite à une motion d'ordre du sénateur Germann (svp/udc, SH), la motion visant à remplacer le statut des étrangers admis à titre provisoire a été renvoyée à la commission des institutions politiques du Conseil national (CIP-CN), avec mandat d'organiser une consultation des représentants des cantons, des villes et des communes. Cette décision a été plébiscitée par la chambre des cantons par 32 voix contre 9 et 4 abstentions.