Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

La motion Geissbühler (udc, BE) visant à activer un retour sans risque de persécution pour les Erythréens a été débattue au Conseil des Etats en septembre, en même temps que la motion du PLR Damian Müller (plr, LU) qui demande «une politique d'asile équitable envers les demandeurs d'asile érythréens». Un troisième objet, plutôt antagoniste des deux précédents, sous la forme d'une pétition citoyenne exigeant un «droit d'asile des Erythréens» figurait également à l'ordre du jour.
Le débat a surtout tourné autour de la situation politique du pays de la corne de l'Afrique. Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) a cité le rapport 2017/2018 d'Amnesty International, qui fait état de violations graves des droits humains, tout comme plusieurs rapports de l'ONU, cités par Pascale Bruderer Wyss (ps, AG). Le groupe socialiste, très présent au début du débat, a souligné les démarches du DFAE visant à établir un dialogue avec le gouvernement érythréen, dans le même but que celui poursuivi par les motionnaires, à savoir arriver à des accords migratoires. L'UDC est intervenue, par le truchement du sénateur Germann (udc, SH) qui a déposé une proposition individuelle, alors que son appartenance à la commission responsable de l'objet, lui permettait d'établir une proposition de minorité, ce qui lui a été reproché par plusieurs de ses collègues, qui déploraient un manque de respect des traditions du Conseil d'Etat. La proposition de Germann, à savoir accepter la motion, a donc été refusée par les sénateurs et sénatrices par 24 voix contre 16 avec 2 abstentions.

Suite à une motion d'ordre du sénateur Germann (svp/udc, SH), la motion visant à remplacer le statut des étrangers admis à titre provisoire a été renvoyée à la commission des institutions politiques du Conseil national (CIP-CN), avec mandat d'organiser une consultation des représentants des cantons, des villes et des communes. Cette décision a été plébiscitée par la chambre des cantons par 32 voix contre 9 et 4 abstentions.

Auch der Bundesrat zog offensichtlich die Konsequenzen aus dem knappen Abstimmungsresultat, das ein tiefes asylpolitisches Malaise artikuliert hatte, und beschloss, verstärkt auf abschreckende Massnahmen zu setzen. Künftig sollten Asylsuchende, auf deren Gesuch nicht eingetreten wurde, als illegal anwesende Ausländer gelten und dementsprechend keine Sozialhilfe mehr erhalten, sondern nur noch die in der Verfassung verankerte Nothilfe (Fürsorgestopp). Von dieser Massnahme, welche 2003 rund 7800 Personen betroffen hätte, erhoffte sich der Bundesrat jährliche Einsparungen von 77 Mio Fr., eine Zunahme der freiwilligen Ausreisen sowie eine Einbusse der Attraktivität der Schweiz als Asyldestination. Asylbewerber mit positivem Eintretensentscheid aber mit letztlich abgelehnten Asylgesuch sollten vom Fürsorgestopp vorderhand nicht betroffen sein. Einen ähnlichen Vorschlag hatte der Bundesrat bereits früher (2000) gemacht, war aber am Widerstand der Kantone gescheitert, die moniert hatten, dies würde nur zu einer Verlagerung der Kosten führen, da die Kantone und Gemeinden für die Nothilfe zuständig sind. Auch die nationale Asylkonferenz, die auf Vorschlag der Stadt Zürich Anfang April stattfand, konnte die Bedenken der Kantone und Städte nicht zerstreuen.
Der Bundesrat beharrte aber auf seiner Absicht. Um die Massnahme möglichst rasch umsetzen zu können, verpackte er diese Änderung der Asylgesetzgebung ins Entlastungsprogramm 2003 (EP 03). Gleichzeitig schlug er im EP 03 noch zwei weitere Elemente vor, die in dieser Form ebenfalls nicht in seinem Entwurf zur Asylgesetzrevision enthalten gewesen waren. Auf das Asylbegehren von Personen, die bereits erfolglos in einem EU- oder EWR-Land ein Gesuch gestellt haben, soll nicht mehr eingetreten werden, womit sie automatisch unter den Fürsorgestopp fallen. Zudem beantragte er, im Ausländergesetz (ANAG) einen neuen Haftgrund einzuführen: Wer die Mitwirkungspflicht verletzt, weil er sich zum Beispiel bei der Papierbeschaffung passiv verhält, soll für maximal neun Monate in Ausschaffungshaft genommen werden können. Diese Massnahmen sollten im Dringlichkeitsverfahren verabschiedet werden. Die Linke zeigte sich ob dem Vorgehen empört. Es gehe weniger um eine finanzielle Entlastung, als vielmehr um eine im EP 03 völlig systemfremde Verschärfung der Asylgesetzgebung; der Dringlichkeitsweg verunmögliche zudem ein Referendum vor Ablauf eines Jahres. Auch in den Reihen der CVP machte sich Skepsis breit. Insbesondere wurde bezweifelt, ob Inhaftierungen zu Einsparungen führen können. Die SPK des Nationalrats zeigte sich ebenfalls wenig erfreut darüber, dass man auf diese Weise wesentliche Punkte der Revision ihrer Vorberatung entzog.
Im Ständerat wurde den Neuerungen bei den Nichteintretensgründen und der Inhaftierung stillschweigend zugestimmt. Beim Fürsorgestopp beantragte Brunner (sp, GE), darauf zu verzichten, unterlag aber mit 29 zu 3 Stimmen. Ein Antrag Germann (svp, ZH), den Bund bis zum Vorliegen gültiger Reisepapiere in der Verantwortung zu belassen, wurde mit 32 zu 7 Stimmen abgelehnt; es wurde argumentiert, damit würden die Einsparungen praktisch vergeben. Im Nationalrat stellte Leutenegger Oberholzer (sp, BL) den Antrag, die ganze Übung abzubrechen; sie fand die Unterstützung der geschlossenen SP und GP sowie von vier CVP-Vertretern und zwei Mitgliedern der EVP/EdU-Fraktion, scheiterte aber mit 93 zu 60 Stimmen. Die Verschärfung bei der Inhaftierung wurden mit 111 zu 66 Stimmen, die Ausweitung beim Nichteintreten oppositionslos und der Fürsorgestopp mit 117 zu 60 Stimmen gutgeheissen. Da die SVP eine Überwälzung auf die Kantone verhindern wollte, stimmte sie in einer zweiten Abstimmung einem Antrag Genner (gp, ZH) zu, auf die Systemänderung zu verzichten. Dieser Antrag wurde mit 95 zu 82 Stimmen angenommen.
Um doch noch Einsparungen im Asylbereich zu erreichen, präsentierte der Ständerat daraufhin einen Kompromissvorschlag. Der Systemwechsel sollte vorgenommen werden, allerdings in einer für die Kantone etwas weniger einschneidenden Form. Er präzisierte, in welchem Ausmass der Bund eine allfällige Nothilfe übernimmt. Insbesondere legte er fest, dass der Bundesrat die Nothilfepauschale aufgrund einer zeitlich befristeten Kostenüberprüfung und nach Konsultation der Kantone anpassen wird. Diese Lösung bringt noch 120 Mio Fr. Einsparungen für die Jahre 2004-2006. Im Nationalrat beantragte Leutenegger Oberholzer (sp, BL) erneut, den Fürsorgestopp nicht im Rahmen des EP 03 zu beschliessen, unterlag aber mit 120 zu 71 Stimmen. Abgelehnt (mit 103 zu 89 Stimmen) wurde aber auch ein Antrag Zuppiger (svp, ZH), den Fürsorgestopp auch auf Asylsuchende mit abgelehntem Gesuch auszudehnen. Davon wären rund 25 000 Personen pro Jahr betroffen gewesen. Metzler erklärte, eine derartige Massnahme würde in den Kantonen erst recht Ängste auslösen und sei deshalb im jetzigen Zeitpunkt politisch nicht durchsetzbar. Da die Differenzen beim EP 03 nicht wie vorgesehen in der Herbstsession bereinigt werden konnten, verzichtete der Bundesrat auf die von ihm ursprünglich angestrebte Dringlichkeit, weil er angesichts der abweichenden Beschlüsse die entsprechenden Verordnungsentwürfe nicht in die Vernehmlassung geben konnte. Die Inkraftsetzung erfolgt deshalb auf den 1. April 2004. Damit kam der Bundesrat auch einem von Seiten der Kantone geäusserten Wunsch nach einer längeren Vorbereitungsphase zur Umsetzung nach.