Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

La motion Geissbühler (udc, BE) visant à activer un retour sans risque de persécution pour les Erythréens a été débattue au Conseil des Etats en septembre, en même temps que la motion du PLR Damian Müller (plr, LU) qui demande «une politique d'asile équitable envers les demandeurs d'asile érythréens». Un troisième objet, plutôt antagoniste des deux précédents, sous la forme d'une pétition citoyenne exigeant un «droit d'asile des Erythréens» figurait également à l'ordre du jour.
Le débat a surtout tourné autour de la situation politique du pays de la corne de l'Afrique. Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) a cité le rapport 2017/2018 d'Amnesty International, qui fait état de violations graves des droits humains, tout comme plusieurs rapports de l'ONU, cités par Pascale Bruderer Wyss (ps, AG). Le groupe socialiste, très présent au début du débat, a souligné les démarches du DFAE visant à établir un dialogue avec le gouvernement érythréen, dans le même but que celui poursuivi par les motionnaires, à savoir arriver à des accords migratoires. L'UDC est intervenue, par le truchement du sénateur Germann (udc, SH) qui a déposé une proposition individuelle, alors que son appartenance à la commission responsable de l'objet, lui permettait d'établir une proposition de minorité, ce qui lui a été reproché par plusieurs de ses collègues, qui déploraient un manque de respect des traditions du Conseil d'Etat. La proposition de Germann, à savoir accepter la motion, a donc été refusée par les sénateurs et sénatrices par 24 voix contre 16 avec 2 abstentions.

Le sénateur Damian Müller (plr, LU) a déposé une motion visant à mener une politique d'asile équitable envers les demandeurs d'asile érythréens. Cette politique implique selon lui trois mesures à prendre pour le Conseil fédéral, à savoir, lever autant d'admissions provisoires que possible, examiner tous les dossiers des personnes érythréennes admises provisoirement afin de déterminer les raisons qui empêcheraient de lever leur admission et enfin de renforcer la présence diplomatique de la Suisse en Erythrée pour assurer l'exécution des renvois.
A la chambre haute, la motion a été débattue en même temps qu'une motion aux buts similaires de la conseillère nationale Geissbühler ainsi qu'une pétition citoyenne demandant au contraire la sauvegarde du droit d'asile pour les requérantes et requérants érythréens. Le débat, comme la plupart des débats parlementaires autour de l'Erythrée consistait surtout à savoir s'il fallait considérer le pays de la corne de l'Afrique comme une dictature ou non. Les deux camps étaient en outre délimités de la même manière que lors des discussions antérieures: le bloc bourgeois et l'UDC affirmant que la situation s'y est maintenant largement démocratisée, tandis que la gauche, brandissant des rapports d'ONG et d'organisations supranationales, s'opposait à cette vision «idyllique» du pays. Au final, 30 voix se sont prononcées pour l'acceptation de la motion, contre 9 et 2 abstentions. La motion Geissbühler(udc, BE), elle, avait été rejetée. La raison de cette différence de traitement tient peut-être au fait, que, comme le souligne Simonetta Sommaruga, ministre socialiste de l'asile, le SEM est déjà en train d'examiner tous les dossiers des admissions provisoires érythréennes afin d'en lever le plus possible.

Suite à une motion d'ordre du sénateur Germann (svp/udc, SH), la motion visant à remplacer le statut des étrangers admis à titre provisoire a été renvoyée à la commission des institutions politiques du Conseil national (CIP-CN), avec mandat d'organiser une consultation des représentants des cantons, des villes et des communes. Cette décision a été plébiscitée par la chambre des cantons par 32 voix contre 9 et 4 abstentions.

Lors de la session d'été 2017, le Conseil national a discuté la motion Geissbühler (udc, BE): Activer un retour sans risque de persécution pour les Érythréens. La motionnante estime qu'il doit être une priorité pour la Suisse de renvoyer en Érythrée les personnes ayant demandé l'asile en Suisse. Inquiète des conséquences que cela pourrait avoir sur ces personnes, l'agrarienne juge nécessaire d'engager des négociations avec le chef du gouvernement, Isayas Afewerki, afin de garantir la sécurité du retour. Le Conseil fédéral, représenté par la ministre de la justice Simonetta Sommaruga, s'est opposé à la motion. La situation politique actuelle en Érythrée ne permet pas de garantir un retour sans risques. De plus, la politique d'asile envers les requérants érythréens est en accord avec ce qui se fait dans d'autres pays d'Europe. Des contacts entre les gouvernements suisses et érythréens ont en outre déjà été établis, mais ne suffisent pas à obtenir les garanties nécessaires à des retours en Érythrée sans risque de persécution. Malgré l'avis du Conseil fédéral, la chambre basse a accepté la motion UDC par 115 voix contre 71, avec 5 abstentions.

Suite à l’acceptation par la chambre du peuple de la motion du groupe UDC, par le biais de la députée Geissbühler (udc, BE) concernant les accords de réadmission avec la Tunisie, le Maroc, l’Angola, la Guinée, le Ghana, l’Ethiopie, la Sierra Leone, l’Erythrée, la Côte d’Ivoire, le Niger, le Mali, l’Iran, le Népal, le Pakistan, le Yémen, l’Inde et l’Autorité palestinienne, le Conseil des Etats s’est également prononcé sur le texte. La mouture originale prévoyait des contre-mesures telles que la suppression de l’aide au développement ou la rupture des relations diplomatiques en cas de non conclusion d’un accord avec le pays concerné. La commission du Conseil des Etats a recommandé d’accepter la motion à condition d’en biffer le dernier paragraphe, à savoir les contre-mesures. Le Conseil a suivi, à 21 voix contre 10, sans abstention. En juin, le Conseil national a accepté sans oppostions cette version finale du texte.