A l'inverse du Conseil national, la chambre des cantons est entrée en matière sur l'initiative parlementaire Müller, qui souhaitait le même régime de regroupement familial pour les personnes à protéger (permis S) et les personnes admises à titre provisoire (permis F). C'est avec une confortable majorité de 30 voix contre 13 et une abstention que le projet a passé la rampe, la gauche en étant la seule opposante.

Une année après la parution du rapport portant sur le réexamen du statut des personnes étrangères admises à titre provisoire et des personnes à protéger, l'objet a été classé. Il n'est cependant pas impossible que des travaux parlementaires se penchent à nouveau sur des modifications de ces statuts, comme l'avait par exemple souhaité la CIP-CN lors de son examen de l'initiative parlementaire Müller.

En septembre, le Conseil des Etats a débattu sur la motion du sénateur Philipp Müller: augmenter la participation de la Confédération aux coûts de l'asile. Le motionnaire a ouvert la discussion en attirant l'attention du Conseil sur une statistique: parmi les réfugiés reconnus, seuls 28.4% sont actifs professionnellement après cinq ans passés sur le territoire suisse. Or, les cantons reçoivent de l'argent de la Confédération pendant cinq ans pour les réfugiés reconnus, et pendant sept pour les personnes au bénéfice d'une protection provisoire. Une fois passé ce délai, ce sont les cantons qui doivent financer l'aide sociale des personnes ne travaillant pas. Pour Philipp Müller, ce système exerce une pression financière trop lourde sur les cantons. Il recommande donc le principe de causalité, décrétant que comme c'est la Confédération qui attribue les permis de séjour, c'est à elle d'en assumer les frais. Le sénateur Vonlanthen a appuyé le plaidoyer de son collègue en citant le procès-verbal d'une rencontre des directeurs cantonaux des affaires sociales et des finances, qui souligne le manque de moyens financiers mis à disposition des cantons dans le domaine de l'asile. La ministre socialiste Sommaruga est venue défendre le point de vue du Conseil fédéral, qui préconise de rejeter la motion. Selon elle, les coûts de l'asile dans les cantons devraient être discutés au cas par cas entre ces derniers et la Confédération. En outre, le nouveau système de l'asile approuvé par le peuple en juin 2016 vise une accélération des procédures, ce qui devrait déjà soulager économiquement les cantons. Elle ajoute encore que les décisions de protection ou d'octroi du statut de réfugié sont avant tout juridiques, et non politiques, et suivent en ce sens la Convention de Genève sur les réfugiés, la Constitution ainsi que la loi sur l'asile, il ne s'agit pas de décisions arbitraires de la part de la Confédération. De plus, l'intégration sur le marché du travail peut selon la ministre être obtenue par une série d'incitations et pas seulement par une augmentation du budget des cantons. Cet argumentaire est resté lettre morte puisque le Conseil des Etats a accepté la motion Müller à 31 voix contre 10, avec 2 abstentions.

A propos des difficultés de logement des requérants d’asile, une motion avait été déposée en 2011 par le conseiller national Philipp Müller (plr, AG) demandant au gouvernement de résoudre les problèmes dans ce domaine. La motion propose plus particulièrement de conduire ces réformes en intégrant tous les acteurs concernés, notamment les cantons, le Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports (DDPS) et le Département fédéral de la justice et police (DFJP), et en répondant efficacement aux obstacles légaux et techniques. Le Conseil des Etats a accepté la motion, calquant ainsi sa décision sur celle du Conseil fédéral et du Conseil national.

De manière générale, les modifications de la loi sur l’asile ont été mouvementées sur le plan politique. Lors des débats, la quasi-totalité des articles soumis à une minorité ont ainsi divisé le parlement entre le camp rose-vert et le camp bourgeois. Beaucoup de décisions ont été l’objet de minorités socialistes ou vertes. Elles ont presque toutes échouées. A l’autre bout de l’échiquier politique, les propositions de l’UDC ont également peu convaincu, ne mobilisant souvent que leurs propres membres. La création du projet 3 a vu se profiler Philipp Müller (plr, AG) comme grand gagnant des débats. Les médias ont également relaté le glissement vers la droite du PLR et du PDC. Ce positionnement a été vivement critiqué par l’ancien conseiller national Claude Ruey (plr, VD) ou la conseillère aux Etats Seydoux-Christe (pdc, JU). Les critiques contre cette révision se sont également traduites dans la rue. Les organisations religieuses et les organisations de défense des requérants, ainsi que le PS et les Verts ont réuni entre 4 000 et 5 000 personnes qui ont manifesté contre les nouvelles mesures à la fin du mois de juin à Berne. Pour d’autres raisons, le mécontentement au sujet de la révision a également éclaté à droite. En effet, l’UDC a fait savoir qu’elle n’était pas satisfaite de cette révision et qu’elle lancerait une initiative en 2013 demandant que les requérants d’asile soient logés dans des camps fermés, que les procédures soient raccourcies et que les recours soient adressés à une entité administrative. A gauche, malgré son insatisfaction face à la révision de la loi, le président du PS a annoncé ne pas vouloir lancer de référendum estimant ses chances de succès quasi-nulles et craignant qu’un remaniement ne durcisse encore la loi votée au parlement. Face à ce refus socialiste, les jeunes verts, appuyés par des organisations de défense des migrants ont lancé un référendum contre le projet 3, soit les mesures décrétées urgentes par le parlement. Le référendum en marche, les Verts se sont ralliés à la cause. Lors de son assemblée des délégués, le PS a lui refusé de soutenir la récolte de signatures par 114 voix contre 92. Une score serré, notamment suite à l’engagement de certaines sections locales et cantonales en faveur du lancement d’un référendum, tels les PS du canton du Jura, de Genève, Thurgovie, Appenzell Rhodes-Intérieures, d’Argovie, de Bâle-Ville, de Saint-Gall et de Neuchâtel, ainsi que des jeunes socialistes. La gauche a motivé ce refus par un échec programmé du référendum, qui, au final, ne servirait qu’à renforcer les durcissements de la loi.

Contrairement au Conseil national en 2011, le Conseil des Etats a décidé de ne pas donner suite à la motion Müller (plr, AG) par 22 voix contre 12. Cette dernière demande que les personnes ayant obtenu l’asile en Suisse reçoivent leur autorisation d'établissement selon les mêmes critères et conditions que les étrangers originaires d'Etats non membres de l'Union européenne ou de l'AELE qui déposent une demande d’établissement en Suisse. Dans les faits, la motion demande que les personnes ayant obtenu l’asile attendent dix ans, au lieu de cinq actuellement, avant de recevoir une autorisation d’établissement. Lors du vote, une minorité Föhn (udc, SZ) s’est positionnée sans succès en faveur de la motion.

En mai 2011, le DFJP a exprimé sa volonté d’accélérer les procédures d’asile notamment en restructurant le domaine de l’asile et en créant de nouveaux centres fédéraux, un changement qui devrait prendre six ans. Face à ce délai jugé trop important, une motion Müller (plr, AG) a été déposée afin que le gouvernement mette en œuvre ces décisions plus rapidement et présente son message de consultation d’ici à l’automne 2011. Le Conseil National s’est prononcé favorablement sur cette motion en 2011. En 2012, les sénateurs ont refusé la motion principalement pour des raisons formelles, la date butoir étant déjà passée.