Der Ständerat beugte sich als Zweitrat im September 2021 über die Änderung des FIFG. Benedikt Würth (mitte, SG) stellte die Vorlage vor und erläuterte die Beschlüsse der vorberatenden WBK-SR. Die Kommission war zum Schluss gekommen, dass sie dem Nationalrat in der Frage der Obergrenze der Reserven von Innosuisse folgen will. Sie hatte aber drei Differenzen zum Nationalrat geschaffen. Zum einen hatte sie sich dafür ausgesprochen, dass Stipendien an Nachwuchsforschende der Besteuerung unterliegen sollen. Dies entspreche dem Grundsatz der Rechtsgleichheit, argumentierte die Kommission, die damit dem Vorschlag des Bundesrates gefolgt war. Die Vorlage des Bundesrates unterstützte die WBK-SR zum anderen auch mit ihrem Entscheid zur Höhe der Beteiligung der Umsetzungspartner, also derjenigen Firmen, die sich an von Innosuisse geförderten Projekten beteiligen. Sie hatte sich dafür eingesetzt, dass deren Beteiligung bei einer Bandbreite von 40 bis 60 Prozent bleiben soll; damit wollte die Kommission eine höhere Beteiligung als der Nationalrat, der diese bei 30 bis 50 Prozent ansetzen wollte. Darüber hinaus hatte sich die Kommission dafür entschieden, aufgrund der problematischen Situation in Bezug auf die Nicht-Assoziierung der Schweiz an das EU-Forschungsprogramm «Horizon Europe» eine neue Bestimmung einzufügen. Mit dieser neuen Bestimmung soll es der Innosuisse ermöglicht werden, Projekte mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen sowie von KMU zu fördern. Dies sei notwendig geworden, weil die fehlende Assoziierung auch die Innovationsförderung treffe. Bundesrat Parmelin zeigte sich mit den Anträgen der WBK-SR einverstanden, auch den neu hinzugefügten Artikel betreffend Horizon Europe schätzte er als sinnvoll ein. Der Ständerat folgte seiner Kommission anschliessend in allen Punkten und stimmte der Vorlage in der Gesamtabstimmung einstimmig zu.