Der Bundesrat gab Ende März 2021 – und damit wenige Wochen nachdem er die Botschaft zur Änderung des Forschungs- und Innovationsförderungsgesetzes präsentiert hatte – seine strategischen Ziele für die Innosuisse für die Jahre 2021-2024 bekannt. Das Kerngeschäft der Innosuisse solle weiterhin im effizienten und direkten Transfer von Forschungsergebnissen in die Praxis liegen. Die Innosuisse solle dabei vor allem KMU unterstützen, damit diese weiterhin in ihre Forschung und Entwicklung investieren, gab der Bundesrat bekannt.
Die Schwerpunkte der Strategie bestanden unter anderem in der Förderung von Projekten mit einem hohen volkswirtschaftlichen Potential sowie von «Flaggschiffprojekten». Unter letzteren versteht der Bundesrat Projekte zu Innovationsthemen von grosser und bereichsübergreifender Bedeutung (Beispielsweise im Bereich der Nachhaltigkeit). Schliesslich soll die Innosuisse in den Jahren 2021 und 2022 auch das Ziel verfolgen, das Impulsprogramm «Innovationskraft Schweiz» erfolgreich umzusetzen und damit dafür sorgen, dass Unternehmen ihre Innovationskraft trotz der Corona-Krise behalten können.