Da der Nationalrat die Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS in der Herbstsession 2020 abgelehnt hatte und dies einem Nichteintreten gleichkam, musste er nach den Änderungen des Ständerats in der Wintersession 2020 eine erneute Eintretensdebatte führen. Thomas Rechsteiner (cvp, AI) hielt als Sprecher der SIK-NR fest, dass die Bedenken des Nationalrats hinsichtlich des Bundesbeschluss zum SIS vom Ständerat und von der Kommission aufgenommen worden seien. Einerseits werde der Datenschutz nun durch die verstärkte Koordination zwischen EDÖB, Kantonen und Europäischem Datenschutzbeauftragten gewahrt. Andererseits habe man die Formulierung des Beschlusses geändert, sodass die Rückführungsrichtlinie keine Anwendung auf den Vollzug der Landesverweisung habe. Die Kommission beantragte dem Nationalrat daher, auf die Vorlage einzutreten und damit einen Beitrag zur Sicherheit der Schweiz zu leisten. Für die FDP sei die Sicherheit eine prioritäre Staatsaufgabe, so Doris Fiala (fdp, ZH). Das SIS sei dabei ein unverzichtbares Instrument für Sach- und Personenfahndungen, die Schweiz tätige täglich über 300'000 Abfragen. Auch die GLP setzte sich für die Erweiterung des Schengen-Beistzstands ein, unter anderem weil die neue Gesetzgebung auch Opfer von Menschenhandel und Zwangsheirat schütze. Selbst die SVP, die in der Herbstsession noch eine unheillige Allianz mit den Grünen eingegangen war und das Geschäft abgelehnt hatte, war mit den Anpassungen des Ständerats zufrieden und beantragte die Annahme des neuen Entwurfs. Und auch die SP, deren geschlossene Stimmenthaltung in der Herbstsession die Ablehnung begünstigt hatte, empfahl die Annahme, da ihre Forderungen nach einem verbesserten Datenschutz erfüllt worden seien. Damit verblieben auf der Gegenseite nur die Grünen, die durch die Minderheit Fivaz (gp, NE) einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Fivaz argumentierte, dass sich seit der Herbstsession bezüglich des Datenschutzes und des Ausländerrechts nichts Grundlegendes geändert habe. Die verdeckte Verschärfung des Ausländer- und Integrationsrechts sei nicht nötig, um die Vorlage umzusetzen, und verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Unterstützung erhielt er von seiner Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH), welche die repressive Politik Europas an den Aussengrenzen kritisierte. Schlatter forderte den Nationalrat auf, sich gegen Verschärfungen zu wehren, die in einer Vorlage enthalten seien, zu deren Annahme «man quasi gezwungen sei». Die anwesende Bundesrätin Keller-Sutter warnte davor, den Nichteintretensantrag anzunehmen, da dies den Austritt aus dem Schengen-Verbund zur Folge hätte. Der Nationalrat beschloss mit 149 zu 30 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) auf die Vorlage einzutreten und nahm diese mit 148 zu 32 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Der Widerstand der Grünen reichte nach dem Meinungsumschwung der SP und der SVP nicht aus, um das Geschäft zu versenken.
In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage zur Änderung des BGIAA vom Nationalrat mit 157 zu 37 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und vom Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Auch die Vorlage zum SIS fand im Nationalrat mit 157 zu 36 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) und im Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) deutlich Zuspruch.

In der Herbstsession 2020 befasste sich der Nationalrat mit der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS, nachdem die SiK-NR das Geschäft mit 15 zu 3 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) zur Annahme empfohlen hatte. Eine Minderheit Fivaz (gp, NE) wollte nicht auf das Geschäft eintreten, eine zweite Minderheit Addor (svp, VS) verlangte die Rückweisung an den Bundesrat. Kommissionssprecher Thomas Rechsteiner (cvp, AI) begründete die Ablehnung des Antrags auf Nichteintreten in der Kommission damit, dass das SIS ein sehr erfolgreiches Instrument für die Zusammenarbeit von Migrations-, Polizei-, Zoll- und Justizbehörden in der EU und den assoziierten Schengen-Staaten sei und es einen wichtigen Beitrag zur Gewährleistung eines hohen Sicherheitsniveaus in der Schweiz leiste. Auch den Rückweisungsantrag lehnte die Kommission ab, da sie die Sorge, dass die von der Verfassung und den Gesetzen vorgegebenen Grundsätze der Landesverweisung bei der Anwendung der neuen SIS-Verordnungen verletzt werden könnten, nicht teile. Fabien Fivaz kritisierte im Namen seiner Minderheit und der Grünen Partei die zunehmend striktere Migrationspolitik und die Stärkung der polizeilichen Massnahmen der EU, die mit der Angst vor Kriminalität begründet werde. Der Vorschlag der weiteren Einschränkung der Ausländerrechte verstosse aus Sicht der Grünen zudem gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Zudem seien die Datenschutzprobleme im Zusammenhang mit der SIS-Datenbank ebenfalls inakzeptabel. Auch der zweite Minderheitenführer, Jean-Luc Addor, verteidigte seinen Antrag. Zwar hege die SVP wenig Sympathie für das Schengen-System, man wolle aber für die Sicherheit der Bürgerinnen und Bürger trotzdem auf das Geschäft eintreten. Eine Rückweisung sei gemäss Addor aber unumgänglich, da die Schweiz ihre legislative Autonomie zu verlieren drohe, weil man bei der Frage der Landesverweisungen der Praxis des EuGH unterstünde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter beschwichtigte, dass der Datenschutz beim Erarbeitungsprozess umfassend berücksichtigt worden sei und man für die Umsetzung in Schweizer Recht auch den EDÖB involviert habe. Sie wies zudem darauf hin, dass für die Umsetzung der Schengen-Weiterentwicklung eine Frist von zwei Jahren gelte, die aufgrund der Verschiebung im parlamentarischen Prozess bereits um fünf Monate überzogen worden sei. Hinsichtlich der Minderheit Addor machte die Bundesrätin klar, dass die Vorlage keine Auswirkung auf die Anordnung einer Landesverweisung habe, die weiterhin autonom von der Schweiz ausgesprochen würde. Der Rat beschloss mit 154 zu 33 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf das Geschäft einzutreten und lehnte den Rückweisungsantrag mit 140 zu 51 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) ab.
In der Folge lehnte der Rat einen weiteren Minderheitsvorschlag der SVP ab, der eine Nichtanwendung der Rückführungsrichtlinie auf die strafrechtliche Landesverweisung vorsah. Mehrere Minderheiten der SP und Grünen forderten verschiedene Änderungen, unter anderem zu Einreiseverboten, Sozialhilfe und Datenschutz. Bundesrätin Keller-Sutter versuchte die Argumente der Minderheiten mit ihren Ausführungen zu entkräften, was zumindest teilweise gelang, da sämtliche Minderheiten abgelehnt wurden. Die Fraktionen der Minderheitsführenden konnten sich jedoch in der Gesamtabstimmung durchsetzen, in welcher der Entwurf mit 79 zu 74 Stimmen (bei 38 Enthaltungen) knapp abgelehnt wurde. Die Nein-Stimmen stammten von der SVP und der Grünen Partei, während sich die SP fast gänzlich enthielt.
Damit nahm der Nationalrat eine Konfrontation mit der EU in Kauf, da die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme des neuen EU-Rechts verpflichtet ist. Die FDP übte am Tag darauf lautstark Kritik an der SVP und vor allem an der SP. Beat Walti (fdp, ZH) warf der SP vor, «auf verantwortungslose Weise mit der Sicherheit der Schweiz zu taktieren», und die NZZ schrieb von einem «Coup der Sozialdemokraten». Die eigentliche Frist im November 2020 sei sowieso nicht mehr zu erreichen und mit dem taktischen Spiel der SP und dem Nein im Nationalrat werde sich die Umsetzung noch weiter verzögern, so die Zeitung weiter.