Nach der Beratung durch den Zweitrat im Sommer 2015 verblieben fünf grundsätzliche Differenzen in der Beratung zum Nachrichtendienstgesetz. Als erstes stellte sich bei Art. 23 NDG die Frage, ob der NDB Personen anhalten darf oder ob diese Kompetenz ausschliesslich den Polizeibehörden vorbehalten bleiben soll. Die Mehrheit der SiK-NR beantragte, dem Ständerat zu folgen und diese Kompetenz bei den Polizeibehörden zu belassen. Demgegenüber wollte eine von der SVP und der CVP unterstützte Minderheit in Ausnahmefällen auch dem NDB diese polizeilichen Befugnisse einräumen. Mit 107 zu 77 Stimmen bei einer Enthaltung wurde der Antrag der Kommissionsmehrheit gegen den Widerstand der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion und der Mehrheit der CVP-Fraktion angenommen.
In Art. 28 Abs. 6 NDG wird das Bundesverwaltungsgericht verpflichtet, einen Tätigkeitsbericht über die Ausübung seiner Funktion als Bewilligungsinstanz für genehmigungspflichtige Beschaffungsmassnahmen zuhanden der GPDel zu verfassen. Strittig war hier, ob dieser Bericht mindestens in seinem allgemeinen Teil öffentlich zugänglich sein muss oder ob der Entscheid über eine allfällige Veröffentlichung der GPDel als Adressatin des Berichtes überlassen werden soll. Während eine links-grüne Minderheit für mehr Transparenz plädierte, sah die Kommissionsmehrheit in der Veröffentlichungspflicht eine Beschneidung der Kompetenzen der GPDel. Die bürgerliche Mehrheit konnte sich in diesem Punkt klar mit 117 zu 69 Stimmen bei 3 Enthaltungen durchsetzen.
Derselbe ideologische Graben zeigte sich in der Diskussion um Art. 36 NDG, dem eigentlichen Kernstück der Vorlage. Der erste Streitpunkt war hier, ob der Bundesrat Entscheide über das Eindringen in Computernetzwerke im Ausland, von welchen Angriffe auf kritische Infrastrukturen in der Schweiz ausgehen, an den Chef oder die Chefin des VBS bzw. an den Direktor oder die Direktorin des NDB delegieren kann oder nicht. Entgegen einem Minderheitsantrag aus dem linken Lager und der Empfehlung des Bundesrates hielt die grosse Kammer mit 107 zu 80 Stimmen an dieser Delegationsmöglichkeit fest. Nicht weniger umstritten war das Eindringen in Computernetzwerke im Ausland zwecks Informationsbeschaffung. Während der Ständerat hier das gleiche Bewilligungsverfahren wie für die genehmigungspflichtigen Beschaffungsmassnahmen vorgesehen hatte, war inzwischen klar, dass das Bundesverwaltungsgericht nicht bereit ist, solche Aktionen auf ausländischem Territorium zu bewilligen. Diese Kontrollmöglichkeit fiel somit aus. Infolgedessen beantragte eine linke Kommissionsminderheit, die betreffenden Befugnisse des NDB vollständig zu streichen. Mit 128 zu 59 Stimmen folgte der Nationalrat jedoch seiner Kommissionmehrheit und hielt an seinem letzten Beschluss, welcher auch der Fassung des Bundesrates entsprach, fest. Diese Regelung sieht vor, dass „in politisch heiklen Fällen“ der Chef oder die Chefin des VBS einer solchen Massnahme zustimmen muss.
Die vierte Kontroverse drehte sich um Art. 66 NDG und damit um die Ausnahme des NDB vom Öffentlichkeitsprinzip. Der Ständerat hatte in der Sommersession beschlossen, das gesamte NDG vom Öffentlichkeitsprinzip auszuschliessen. Diese Extremlösung stand im Nationalrat gar nicht mehr zur Debatte, dafür aber ihr Gegenstück: Eine linke Minderheit wollte das gesamte Gesetz grundsätzlich dem Öffentlichkeitsprinzip unterstellen, blieb damit aber chancenlos. Mit 132 zu 55 Stimmen sprach sich die grosse Kammer für den Kompromissantrag der Kommissionsmehrheit und des Bundesrates aus, nach welchem nur der Bereich der Informationsbeschaffung vom Öffentlichkeitsprinzip ausgenommen wird.
Als fünfte grosse Differenz bestand noch die Frage der Aufsicht über den NDB. Die SiK-NR arbeitete hier detailliertere Regelungen aus als jene, welche der Ständerat im Sommer mehr oder weniger „provisorisch“ eingefügt hatte, um die Diskussion am laufen zu halten. Diese neuen Bestimmungen stiessen im Nationalrat auf überwiegend positive Resonanz und wurden ohne nennenswerten Schlagabtausch angenommen. Ein Minderheitsantrag von linker Seite, welcher noch eine Ergänzung anbringen wollte, blieb erfolglos. Somit übergab die grosse Kammer die Vorlage mit verbleibenden drei grossen Differenzen an den Ständerat.
Ausser beim umstrittenen Art. 36 NDG stimmte die kleine Kammer überall dem Entwurf des Nationalrates zu und räumte die Differenzen aus. Mit der vom Nationalrat erneut beschlossenen Delegationsmöglichkeit bei Entscheiden über das Eindringen in Computersysteme, welche sich im Ausland befinden, wollte sich der Ständerat nicht abfinden und hielt im Gegenzug ebenfalls an seiner Version ohne Delegationsmöglichkeit fest. Bundesrat Maurer unterstrich noch einmal ausdrücklich, dass dies auch der Haltung des Bundesrates entspreche. In Bezug auf das Eindringen in Computernetzwerke im Ausland zur Informationsbeschaffung genügte dem Ständerat die vom Nationalrat beschlossene Regelung nicht. Anstatt nur in politisch heiklen Fällen seine Zustimmung zu geben, soll der Vorsteher oder die Vorsteherin des VBS die Departementsvorstehungen des EDA und des EJPD konsultieren und anschliessend den NDB zu einer solchen Massnahme ermächtigen. Diese beiden Regelungen fanden auch im Nationalrat stillschweigende Zustimmung, womit die letzten Differenzen beseitigt waren. In der Schlussabstimmung wurde das NDG schliesslich im Nationalrat mit 145 zu 58 Stimmen bei 8 Enthaltungen und im Ständerat mit 35 zu 5 Stimmen bei 3 Enthaltungen angenommen. Die ablehnenden Stimmen kamen wenig überraschend mehrheitlich aus dem links-grünen Lager, welches auch schon das Referendum angekündigt hatte.
Dossier: Staatliche Überwachung
Dossier: Vorstösse und Massnahmen zur Bekämpfung islamistischer Radikalisierungstendenzen