Nach den Auseinandersetzungen um die Ernennung des Churer Bischofs Wolgang Haas kam der Wahl eines neuen Bischofs in der Diözese Basel - mit 10 Kantonen und 1,1 Mio Katholiken das grösste Schweizer Bistum - besondere Bedeutung zu. Aufgrund des Konkordates von 1828, welches dem Domkapitel und den Regierungen der betroffenen Kantone weltweit einmalige Rechte bei der Wahl eines Bischofs zugesteht, konnte davon ausgegangen werden, dass sich so umstrittene Vorkommnisse wie bei der Einsetzung von Haas nicht wiederholen würden. Die Wahl verlief denn auch ungestört und ohne laute Töne. Gewählt - und vom Papst bestätigt - wurde der Stadtberner Pfarrer und Dekan Hansjörg Vogel, der in Kirchenkreisen als profiliert und aufgeschlossen gilt.

Gleichzeitig mit der Bestätigung Vogels ernannte der Papst den eher als traditionalistisch eingeschätzten Walliser Priester Pierre Burcher zum neuen Weihbischof des Bistums Freiburg-Lausanne-Genf.

Die von der schweizerischen Bischofskonferenz erwogene Möglichkeit, die Kontroverse um Bischof Haas durch eine Abtrennung des Kantons Zürich — und eventuell auch der Innerschweiz — vom Bistum Chur (beispielsweise in Form einer apostolischen Administratur) zu entschärfen, wurde von Rom vorläufig verworfen. Ohne die offizielle Stellungnahme des Vatikans abzuwarten, erklärte der Vorsitzende der Glaubenskongregation und enge Vertraute des Papstes, Kardinal Rauber, Haas werde im Amt bleiben, und er sehe keine juristische oder institutionelle Lösung des Konfliktes. Auch in der Schweiz war der Vorschlag verschiedentlich als Scheinlösung kritisiert worden, die verkenne, dass es sich hier nicht um eine Gebietsfrage, sondern um ein personelles Problem in Gestalt des äusserst konservativen, der Glaubensgemeinschaft "Opus Dei" nahestehenden Haas handle.