Sowohl das Bündner wie auch das Zürcher Stimmvolk äusserten sich im Berichtsjahr zur Frage, ob die Kirchensteuer für juristische Personen abgeschafft werden soll. Dabei zeigte sich in beiden Kantonen ein auffallend ähnliches Bild der beiden vom Jungfreisinn lancierten Volksinitiativen: Der städtische Kanton Zürich schmetterte das Anliegen im Mai mit 71,8% Nein-Stimmen annähernd so deutlich ab wie das ländlich geprägte Graubünden an der Februarabstimmung mit 73,6%. Parallelen zeigten sich anfänglich ebenfalls bezüglich Unterstützung durch die Mutterparteien. Entgegen einem früher gefassten Beschluss stellte sich die FDP-Fraktion im Zürcher Kantonsrat gegen das Anliegen ihrer Jungpartei. Mit 59 zu 49 Stimmen beschloss die Zürcher FDP schliesslich an ihrer Delegiertenversammlung nach emotionaler Diskussion die Ja-Parole. Die Bündner FDP äusserte sich an ihrer Delegiertenversammlung hingegen mit ähnlichem Stimmverhältnis ablehnend zur Volksinitiative. Sowohl Bündner wie auch Zürcher Wirtschaftsverbände lehnten das Volksanliegen klar ab. Gemäss der Zürcher Handelskammer und des Bündner Gewerbeverbands zahlt ein Grossteil der kleinen Betriebe keine Kirchensteuer, womit die Initiative in erster Linie Grossunternehmen entlasten würde. Darüber hinaus anerkenne man durchaus die Leistungen der Kirche für das Gemeinwesen. Im Kanton Zürich zahlte das Gewerbe 2012 über CHF 100 Mio. Kirchensteuern an die beiden grossen Zürcher Landeskirchen, womit diese 40% ihrer Ausgaben für gesamtgesellschaftliche Leistungen finanzierten. Unter diese nicht-kultischen Ausgaben in den Bereichen Bildung, Kultur und Soziales fallen auch die Auslagen für die Instandhaltung von Kirchen, Pfarrhäusern und Kirchgemeindehäusern. Detaillierte Angaben zu den Auslagen nach Posten wurden während des Abstimmungskampfes nicht bekannt. Nicht eingerechnet in die Auslagen der Kirchen ist hingegen die Freiwilligenarbeit. Gemäss Angaben im Abstimmungsbüchlein summiert sich diese allein für die evangelisch-reformierte Kirche im Kanton Zürich auf rund 1 Mio. Stunden jährlich.

Die Kirchensteuer für juristische Personen gelangte auch im Berichtsjahr auf die politische Agenda einzelner Kantone. In den Kantonen Graubünden und Zürich stehen Abstimmungen zu Volksinitiativen bevor, welche die Aufhebung dieser Steuer fordern. Darüber hinaus gab die Staatskanzlei des katholisch geprägten Kantons Nidwalden im Juni des Berichtsjahrs das Zustandekommen eines ähnlich lautenden Volksanliegens bekannt. Ende Jahr zogen die Initianten ihr Anliegen jedoch wieder zurück, mit der Begründung, im Moment könne im Kanton keine Mehrheit für das Begehren gefunden werden.

In der katholischen Kirchgemeinde Röschenz (BL) erreichte ein seit längerem schwelender Streit zwischen Kirchenbasis und Bistum Basel, gewissermassen eine kleine «causa Haas basiliensis», eine neue Dimension. Erneut ging es um das Verhältnis zwischen übergeordneter Kirchenbehörde und Basis, damit auch indirekt um das Verhältnis zwischen katholischer Kirche und Staat resp. Zivilgesellschaft. Seit längerem schon hatte das Bistum versucht, den fortschrittlichen Gemeindepfarrer zu disziplinieren und hatte ihm schliesslich die «Missio canonica», das Recht, die Sakramente zu spenden, in der katholischen Kirche die Voraussetzung für eine Anstellung als Pfarrer in einer Kirchgemeinde, entzogen. Die Basis hatte sich aber stets geschlossen hinter ihren Pfarrer gestellt. Im Juni nun verfügte der Landeskirchenrat, die Gemeinde müsse den Pfarrer entlassen. Diese weigerte sich und appellierte ans Kantonsgericht.

Die Regierung des Kantons Zürich änderte die Bestattungsverordnung und schuf damit für die Gemeinden die Möglichkeit, separate Gräberfelder für Angehörige ausserchristlicher Glaubensgemeinschaften einzurichten. Sie kam damit einem Wunsch strenggläubiger Muslime nach, die eine gemeinsame Bestattung mit Angehörigen anderer Religionen ablehnen. In einer gemeinsamen Medienmitteilung befürworteten der Evangelisch-Reformierte Kirchenrat und die Römisch-Katholische Zentralkommission diese Liberalisierung als wichtigen Beitrag für das friedliche Nebeneinander der verschiedenen Religionen und Kulturen. In Basel setzten die Landeskirchen je einen Muslimbeauftragten ein, um die gegenseitige Verständigung zu fördern und in Genf beschloss der Kantonsrat, ein entsprechendes Integrationsbüro einzurichten.

Der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragte dem Kantonsrat, die vor Jahresfrist eingereichte Volksinitiative zur Trennung von Kirche und Staat ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen. Zuvor hatten sich schon die katholische Zentralkonferenz und die protestantische Synode dezidiert gegen die Initiative ausgesprochen. Im Kanton Aargau lehnten Regierung und Kirchen eine analoge Motion der SD ebenfalls ab.

Im Kanton Zürich wurde eine Volksinitiative auf Trennung von Kirche und Staat eingereicht. Offiziell wurde dabei der Grundsatz der Rechtsgleichheit angesprochen, gegen welchen der Staat, nach Ansicht der Initianten, durch die finanzielle Bevorzugung einzelner Religionsgemeinschaften verstösst. Dem rechtsbürgerlichen Initiativkomitee wurde allerdings unterstellt, dass es ihm in erster Linie darum gehe, die Kirchen über eine Schmälerung ihrer materiellen Basis politisch mundtot zu machen, da die engagierten Stellungnahmen kirchlicher Kreise zu Zeitfragen vielen bürgerlichen Kritikern schon lange ein Dorn im Auge seien. Die Kantonsregierung und die Landeskirchen sprachen sich gegen die Initiative aus. Gewissermassen als Gegengewicht zur Volksinitiative verlangte eine parlamentarische Initiative aus CVP-Kreisen, dass neben den drei Landeskirchen auch weiteren Religionsgemeinschaften die Möglichkeit einer öffentlichrechtlichen Anerkennung zu gewähren sei.

Im Unterschied zum Kanton Bern wurde im Kanton Freiburg hingegen wurde der israelitischen Kultusgemeinde ziemlich diskussionslos der öffentlich-rechtliche Status zuerkannt. Damit ist Freiburg nach Baselstadt der zweite Kanton, der Christentum und Judentum juristisch gleichstellt.

Dass sich hinter dieser lauen Glaubenshaltung dennoch starke religiöse Sensibilitäten verbergen können, bewiesen die Stimmberechtigten des Kantons Bern. Gegen ein sehr offen formuliertes Gesetz über die Voraussetzungen und Wirkungen der öffentlich-rechtlichen Anerkennung von Religionsgemeinschaften, welches ermöglicht hätte, auch nichtchristliche Glaubensgemeinschaften unter gewissen Bedingungen anzuerkennen, hatte die EDU erfolgreich das Referendum ergriffen. Im Abstimmungskampf wurde sie nur von den SD (ehemals NA) aktiv unterstützt. Aber hinter den Kulissen entfachte sich ein wahrer Glaubenskrieg, der nicht frei war von rassistischen Untertönen. Er richtete sich in erster Linie gegen die Möglichkeit, dass auch der Islam anerkannt werden könnte, obgleich von dieser Seite bisher kein Interesse signalisiert worden war. Und die Flüsterpropaganda hatte Erfolg: entgegen den Abstimmungsparolen aller grossen Parteien – mit Ausnahme der SVP, welche trotz innerer Differenzen die Nein-Parole ausgab – lehnte das Berner Stimmvolk das neue Gesetz bei einer Stimmbeteiligung von lediglich 15,1% mit rund 55% Nein-Stimmen ab.