In der ersten Woche der Sommersession 2018 wurde die Motion Quadri (lega, TI) auch vom Ständerat behandelt. Robert Cramer (gp, GE) wies in seiner Funktion als Kommissionssprecher den Rat darauf hin, dass ein Kommissionsmitglied seit der Veröffentlichung des Kommissionsberichtes im April offensichtlich eine Positionsänderung vollzogen habe. Während sich die RK-SR in ihrem Bericht noch mit 10 zu 0 Stimmen bei einer Enthaltung geschlossen für die Ablehnung der Motion ausgesprochen hatte, beantragte nun Ständerat Minder (parteilos, SH) – er hatte sich zuvor noch der Stimme enthalten – mittels eines Einzelantrags die Annahme derselben. Als Antrieb des Meinungswechsels führte Minder die jüngst erteilte Baubewilligung zum Bau der Aksa-Moschee in seinem Heimatkanton Schaffhausen an, welche von ihm selbst auch als neustes «Sorgenkind» im Rahmen dieses Vorstosses betitelt wurde. Die Kantonsbevölkerung habe ob diesem Grossprojekt grosse Bedenken und es herrsche eine weitläufige Aufregung, nicht nur aufgrund der Bedenken hinsichtlich einer zunehmenden Islamisierung, sondern auch weil sich vermehrt die Frage nach der Finanzierung des Projektes aufdränge – folglich die gleiche Frage, wie sie von der angeführten Motion aufgegriffen werde. Die Diskrepanz zwischen den von der Bauherrschaft angegebenen und von externen Bauexperten geschätzten Kosten sei dermassen frappant, dass sich der Vorstand des Türkisch-Islamischen Vereins genötigt gesehen habe, einen öffentlichen Informationsanlass zu veranstalten, um der sowohl medial als auch in der Bevölkerung geschürten Debatte Einhalt zu gebieten. Laut Minder seien Grossmoscheen in der Schweiz definitiv ein heikles Thema, nicht zuletzt auch seit der Schliessung der An-Nur-Moschee in Winterthur. Zudem zeige der Umstand, dass die Motion von einem Tessiner Volksvertreter eingereicht wurde, dass sich das Problem mittlerweile auf mehrere Kantone ausgeweitet habe. Wenn man die Bedenken der Bevölkerung nicht ernst nehme, sei es lediglich noch eine Frage der Zeit, bis diese eine entsprechende Volksinitiative lancieren werde. Diese würde dann entweder Grossmoscheen gänzlich verbieten oder die Forderung der vorliegenden Motion eines Verbots der Auslandsfinanzierung islamischer Gebetsstätten in der Schweiz sowie einer Offenlegungspflicht der Herkunft ihrer finanziellen Mittel aufgreifen. Daher bat Minder den Ständerat, es dem Nationalrat gleichzutun und die Motion anzunehmen.
Der Ständerat kam dieser Bitte aber nicht nach und lehnte den Vorstoss mit 29 zu 7 Stimmen bei 4 Enthaltungen ab. Offensichtlich hatten die abschliessenden Worte von Bundesrätin Sommaruga zu diesem Thema eine grössere Überzeugungskraft als jene von Ständerat Minder. Mit dem Verweis, dass sie mit dem genannten Projekt in Schaffhausen nicht vertraut sei und entsprechend keine Stellung dazu nehmen könne, bat sie Ständerat Minder, dennoch eine klare Trennlinie zwischen dem Bau einer Moschee und den Überlegungen zur Verhinderung von Terrorismusfinanzierung zu ziehen. Wenn jeder Moscheebau mit dem Generalverdacht der Terrorismusfinanzierung einhergehe, sei dies weder ein Dienst an den hiesigen Behörden, die sich effektiv mit dieser Problematik auseinandersetzten, noch ermögliche dies der muslimischen Gemeinschaft, ihre Gebetskultur in der Schweiz zu pflegen. Mit dem Nationalen Aktionsplan zur Verhinderung und Bekämpfung von Radikalisierung und gewalttätigem Extremismus seien genau solche Fragen mit Nachdruck diskutiert worden und man habe sich über die verschiedenen Staatsebenen auf 26 Massnahmen mit entsprechenden Zuständigkeiten geeinigt, deren Umsetzung nun vom Sicherheitsverbund Schweiz in Angriff genommen werde. Die Bundesrätin erläuterte dem Plenum, dass sie am Vorabend der Debatte an einer Diplomübergabe im Rahmen einer Weiterbildung für religiöse Betreuungspersonen an der Universität Bern teilgenommen habe und dort auf einen regen Austausch zwischen verschiedenen Religionsgruppen gestossen sei. Dies zeige ihr auf, wie man religiöse Betreuung in gewünschter Weise sicherstellen könne: interreligiös und in gegenseitigem Respekt vor den unterschiedlichen Religionen. Es gelte folglich, solche Bestrebungen zu unterstützen; und nicht etwa eine Motion, die einfach generell etwas sage und damit ganze Religionsgemeinschaften unter Generalverdacht stelle.

Mit einer Motion Addor (svp, VS) sollte der Bundesrat beauftragt werden, die gesetzliche Grundlage für ein Verbot der Finanzierung von Moscheen und islamischen Gebetsräumen durch Staaten, die Terroristen unterstützen und die Menschenrechte verletzen, zu schaffen. Als Stein des Anstosses – einer unter vielen, wie Addor betonte – führte der Motionär die Eröffnung des Museums für islamische Zivilisation in La Chaux-de-Fonds an. Wie bei vielen anderen Projekten stelle sich auch hier die Frage nach dem Ursprung der finanziellen Mittel. Es sei bis anhin bekannt, dass viele muslimische Einrichtungen direkt oder indirekt über Länder wie die Türkei oder die Golfstaaten finanziert würden; darunter befänden sich auch Staaten, welche terroristische Organisationen unterstützten oder im Verdacht stünden, die Menschenrechte nicht einzuhalten. Des Weiteren bestehe ein wesentliches Problem darin, dass das Einbringen eines fundamentalistischen und politischen Islams über die finanzielle Unterstützung durch diese Länder die innere Sicherheit der Schweiz gefährde, da der nationale Zusammenhalt sowie die nationale Identität durch den wachsenden Kommunitarismus bedroht seien. Gerade zum Schutz der eigenen Souveränität sei es essentiell, über entsprechende Mittel und zuallererst über die gesetzlichen Grundlagen zur Identifikation dieser Geberstaaten zu verfügen.
Der Bundesrat erläuterte in seiner Stellungnahme, dass er sich der Risiken für die innere Sicherheit und den Religionsfrieden, die vom religiösen Extremismus ausgingen, durchaus bewusst sei, empfahl die Vorlage aber dennoch zur Ablehnung. Mit Verweis auf die Stellungnahme zur Motion Quadri betonte Bundesrätin Sommaruga, dass es bereits verschiedentliche Grundlagen hinsichtlich der Bekämpfung dieses Phänomens gebe, welche juristisch zugesichert würden. Spezifische bundesrechtliche Grundlagen zur systematischen Erfassung von Geldquellen der muslimischen Gemeinschaft gebe es zwar keine, die Identifizierung dieser Quellen sei hingegen gestützt auf Art. 5 ZNDG möglich. Zudem könne sich der Bund auch auf allgemein zugängliche Informationsquellen stützen. Des Weiteren wurde die Bundesrätin nicht müde zu betonen, dass religionspolitische Fragen klar dem Zuständigkeitsbereich der Kantone zugeordnet seien. In jenen Kantonen, die bereits rechtliche Voraussetzungen für die Anerkennung anderer Religionsgemeinschaften geschaffen hätten, bestünden bereits solche Transparenzvorschriften. Ein abschliessender Kritikpunkt an der Vorlage galt deren ausschliessendem Charakter: Mit der Motion würde das Finanzierungsverbot ausschliesslich die muslimischen Gemeinschaften erfassen und berge folglich auch die Gefahr, eine ganze Religionsgemeinschaft unter Generalverdacht zu stellen.
Die bundesrätlichen Argumente schienen die Nationalrätinnen und Nationalräte eher überzeugt zu haben und so stimmten diese, ohne weitere Wortmeldungen, mit 96 zu 90 Stimmen bei sieben Enthaltungen gegen den Vorstoss.

Einen Tag vor Ablauf der Sammelfrist Mitte September 2019 gab das Egerkinger Komitee in den Medien bekannt, die benötigten 100'000 Unterschriften für die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» beisammen zu haben und die Initiative pünktlich am 15. September bei der Bundeskanzlei einreichen zu wollen. Dies sei dem Komitee durch einen «massiven Schlussspurt» gelungen, so Initiant Walter Wobmann (svp, SO) gegenüber der Basler Zeitung. Kurz zuvor war bekannt geworden, dass das Initiativkomitee mit einer massiv erhöhten Zahl an ungültigen Unterschriften zu kämpfen hatte. Mitte Oktober bestätigte die Bundeskanzlei sodann das Zustandekommen der Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» mit 105'553 gültigen Unterschriften.
Während sich emanzipierte Frauen und Feministinnen aller Couleur in den Medien um die Frage stritten, ob die Burka verboten gehört oder nicht, sprach sich die Bundeshausfraktion der CVP als erste mehrheitlich für das Verhüllungsverbot aus, wie Parteipräsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) in der Presse bekanntgab, obgleich das Verbot nicht unbedingt in der Verfassung verankert werden müsse. Auch ihre Basis stehe hinter dem Verbot, so Pfister weiter. Die SP arbeitete indessen an einem Gegenentwurf zur Stärkung der Frauenrechte. Es bestehe Handlungsbedarf, nicht nur familiäre und berufliche, sondern auch gesellschaftliche Benachteiligungen von Frauen zu beseitigen, und zwar nicht nur, aber auch bei Ausländerinnen, zitierte der Tages-Anzeiger die Berner SP-Nationalrätin Nadine Masshardt. Dazu soll der Gleichstellungsartikel in der Verfassung ausgeweitet werden. Darüber hinaus wollte der Entwurf der SP die Förderung der Gleichstellung von Mann und Frau zum expliziten Ziel der schweizerischen Aussenpolitik erklären. Für Initiant Wobmann war dieser Vorschlag «an den Haaren herbeigezogen» und ohne Bezug zur Initiative. Die Frage, ob die Gleichstellung von Migrantinnen allgemein stärker gefördert werden müsse, müsse in einem anderen Kontext diskutiert werden, liess er im Tages-Anzeiger verlauten. Ebenfalls der Initiative mit einem Gegenvorschlag gegenübertreten wollte gemäss der Sonntags-Zeitung Justizministerin Simonetta Sommaruga, wobei sie den Fokus jedoch auf das Verbot des Verhüllungszwangs zu legen plante.

Eine Motion Quadri (lega, TI) beauftragt den Bundesrat mit einem Gesetzesentwurf für ein Verbot der Auslandfinanzierung islamischer Gebetsstätten in der Schweiz sowie eine Offenlegungspflicht der Herkunft ihrer finanziellen Mittel. Des Weiteren sollen die Imame dazu verpflichtet werden, ihre Predigten jeweils in der ortsgebundenen Landessprache vorzutragen. Der Motionär verwies in seinen Erläuterungen auf das Nachbarland Österreich, welches vor dem Hintergrund eines sich rasch ausweitenden politischen Islams auf ebendiese Massnahmen zurückgegriffen habe. In der Schweiz sei bekannt, dass rund 35 Moscheen und islamische Zentren von der türkischen Regierung finanziert würden, wobei man nicht mit Sicherheit das bewusste Engagement für einen radikalen Islam abstreiten könne. Während in der Schweiz seit Jahren, im Rahmen der Diskussion um die Parteifinanzierung, die Forderungen nach mehr Transparenz immer lauter würden, sei es nicht nachvollziehbar, weshalb man – im Wissen um die Möglichkeit der Herausbildung von radikalen Tendenzen – die gleichen Forderungen nicht auch an islamische Gebetsstätten richte.
Der Bundesrat indes beantragte die Motion zur Ablehnung. Er sei sich durchaus der Risiken, die von extremistischen Predigern ausgehen, bewusst. Sollten die Voraussetzungen für die Gefährdung der nationalen Sicherheit, des Religionsfriedens oder der Gesellschaftsentwicklung erfüllt sein, würden die Bundes- und Kantonsbehörden im Rahmen der gesetzlichen Grundlagen selbstverständlich auch handeln. Jedoch müsse dem Motionär auch klar sein, dass muslimische Gesellschaften und Imame nicht diskriminiert und unter Generalverdacht gestellt werden dürften, da Grundrechte wie die Religions-, Vereins- oder Sprachenfreiheit für die muslimischen Religionsgemeinschaften genauso gälten wie für nichtmuslimische und nichtreligiöse. Zudem wies Bundesrätin Sommaruga den Motionär darauf hin, dass sein Vergleich mit Österreich etwas hinke, da es zwischen den beiden Ländern einen wesentlichen Unterschied gebe: In Österreich seien die islamischen Religionsgemeinschaften auf nationaler Ebene anerkannt, zudem seien im Rahmen entsprechender Gesetze auch klare Voraussetzungen definiert, welche erfüllt sein müssen. Die eingereichte Motion sei dahingehend nicht zielführend, da sie zwar Pflichten vorgebe, aber keine Rechte zusprechen wolle.
In der nationalrätlichen Abstimmung wurde, ungeachtet des Bundesratsvotums, die Vorlage mit 94 zu 89 Stimmen bei fünf Enthaltungen angenommen – da konnte auch der Einwand des Zürcher Freisinnigen Hans-Peter Portmann, dass die Motion gegen das verfassungsrechtliche Prinzip der Gleichbehandlung verstosse, kein Gegengewicht bieten. Der Vorstoss wird somit an den Ständerat zur Zweitberatung überwiesen.

Ein Postulat Regazzi (cvp, TI) wollte den Bundesrat Ende 2015 damit beauftragen, bis Mitte 2016 einen Bericht zu erstellen, in welchem mögliche Präventionsstrategien und -massnahmen gegen islamischen Extremismus aufgezeigt werden sollen. Konkret solle eine Bestandsaufnahme wissenschaftlicher Untersuchungen der letzten 10 Jahre zur Integration muslimischer Gemeinschaften vorgenommen werden. Zudem solle jeweils eine Analyse der Wirksamkeit heutiger Präventionsmassnahmen und Verbesserungsmöglichkeiten der Integrationsstrukturen sowie Massnahmen und Empfehlungen jüngster Untersuchungen gemacht werden. Des Weiteren solle ein Vorschlag eingebracht werden, der eine adäquate Vernetzbarkeit bestehender wissenschaftlicher Kompetenzzentren aufzeigen soll.
Der Bundesrat beantragte das Postulat zur Ablehnung. Bundesrätin Sommaruga erläuterte, dass das Anliegen zwar durchaus seine Berechtigung habe, sich seit dem Einreichen des Vorstosses in puncto Extremismusprävention aber auch schon einiges getan habe. Der Sicherheitsverbund Schweiz habe bereits im Juli 2016 einen Bericht zum Thema Präventionsmassnahmen zur Verhinderung von Radikalisierung publiziert, welcher nun als Grundlage zur Erarbeitung eines Aktionsplans – gemeinsam mit Kantonen, Städten und Gemeinden – dienen soll. In diesem Sinne seien die Forderungen des eingereichten Postulats bereits im Rahmen dieses Aktionsplans in Erarbeitung. Regazzi zeigte aufgrund der Erläuterungen der Bundesrätin Einsicht und zog daraufhin in der Herbstsession 2017 seinen Vorstoss zurück.

Die Veröffentlichung des Ergebnisses der Vorprüfung durch die Bundeskanzlei Mitte März 2016 war für das Egerkinger Komitee der Startschuss zur Unterschriftensammlung für die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot», deren Text sich am Tessiner Verhüllungsverbot orientierte. Die dazugehörige medienwirksame Inszenierung auf dem Bundesplatz, bei der einige Komitee-Mitglieder als vermummte Chaoten und Burkaträgerinnen – zum Teil mit Sprengstoffgürtel-Attrappe – verkleidet posierten, hatte für das Komitee ein juristisches Nachspiel. Im Kanton Bern gilt seit 1999 ein Vermummungsverbot bei unbewilligten Demonstrationen, weshalb die Stadt Bern das Komitee wegen «Kundgebung ohne Bewilligung» mit 500 Franken büsste, wie die Aargauer Zeitung berichtete. Da die eidgenössischen Räte sich später aber gegen die Aufhebung der parlamentarischen Immunität Walter Wobmanns – Präsident des Komitees und Nationalrat – entschieden, musste die Busse nicht bezahlt werden.
Einige Monate nach Anlaufen der Unterschriftensammlung, im Sommer 2016, vereinnahmte der Zürcher SP-Regierungsrat Mario Fehr die Schlagzeilen zur Burka-Debatte, indem er sich als prominenter Vertreter des linken Lagers zu den bisher hauptsächlich rechtsbürgerlichen Befürwortern eines Verhüllungsverbots gesellte. Burkas gehörten nicht in die Schweiz, denn in einer liberalen Gesellschaft zeige man das Gesicht, zitierte ihn die Presse. Erwartungsgemäss löste er mit dieser «Provokation», wie die NZZ seinen öffentlichen Positionsbezug gegen die Parteilinie nannte, weit über seine eigene Partei hinaus einen Sturm der Entrüstung aus. Linke wie Liberale warfen ihm ein seltsames Verständnis von Liberalismus vor. Doch es zeigte sich auch, dass die SP in dieser Frage keineswegs geeint war. Mit Pierre-Yves Maillard (sp, VD) und Anita Fetz (sp, BS) sprachen sich in den Tagen darauf zwei weitere SP-Aushängeschilder gegen die Burka in der Schweiz aus und auch bei der Parteibasis erfreue sich Fehr – nicht nur, aber auch wegen seiner Haltung in der Burka-Frage – grosser Beliebtheit, erklärte der Zürcher SP-Präsident Daniel Frei. Christian Levrat (sp, FR), Präsident der SP Schweiz, betonte gegenüber «La Liberté» unterdessen, dass die Burka aus der Schweiz verschwinden müsse, aber die Initiative der SVP der falsche Weg sei. Einig waren sich die Beteiligten letztlich darin, dass die Debatte über das Burkaverbot parteiintern noch geführt werden müsse.
Damit war die SP jedoch nicht allein; gespalten zeigten sich in der Burka-Frage auch die FDP, die CVP und sogar die SVP, deren Nationalräte Claudio Zanetti (svp, ZH) und Alfred Heer (svp, ZH) zu den prominentesten Gegnern des Burkaverbots gehörten. Handkehrum sprachen sich nach dem «Bekenntnis» Fehrs auch immer mehr bürgerliche Politikerinnen und Politiker öffentlich für ein Burkaverbot aus, auch wenn dieses ihrer Meinung nach nicht in die Verfassung gehöre, sondern vielmehr auf Gesetzesebene oder kantonal geregelt werden solle. Den «rasanten Meinungsumschwung» im bürgerlichen Lager beäugte Initiant Walter Wobmann eher skeptisch und brachte den Vorwurf des politischen Opportunismus aufs Tapet.
Nichts zur Entkräftung dieses Vorwurfs beitragen konnten die Ende August publizierten Resultate einer repräsentativen Umfrage von «Le Matin Dimanche» und der Sonntagszeitung, wonach 71 Prozent der befragten Stimmberechtigten ein Verhüllungsverbot in der Schweiz befürworteten. Fast alle (96%) der befragten SVP-Wählerinnen und -Wähler sprachen sich dafür aus; bei den anderen bürgerlichen Parteien BDP, CVP und FDP äusserten sich rund drei Viertel positiv zu einem Verbot. Die Wählerschaften der GLP und der SP zeigten sich mit 54 bzw. 47 Prozent Zustimmung gespalten, während die Basis der Grünen als einzige klare Ablehnung signalisierte. Eine weitere Umfrage im Auftrag der «Schweiz am Sonntag», deren Ergebnisse drei Wochen später veröffentlicht wurden, bestätigte diese Tendenz, wenn auch in leicht abgeschwächter Form. Hier sprachen sich schweizweit rund 61 Prozent der Befragten für ein Verhüllungsverbot aus, ältere deutlich stärker als jüngere.
Als Alternative zum Burkaverbot in der Verfassung, das allenfalls Signalwirkung habe, aber keine Probleme löse, erneuerte CVP-Präsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) unterdessen die Idee eines Religionsartikels in der Verfassung. Es müsse eine grundsätzliche und breitere Diskussion darüber stattfinden, «welche Werte in unserer Gesellschaft für alle gelten sollen» und «wie unsere Rechtsordnung gegen fundamentalistische Ideologien durchgesetzt werden» könne, so Pfister gegenüber dem St. Galler Tagblatt. Der Aargauer SP-Nationalrat Cédric Wermuth griff die Idee Pfisters auf und präsentierte in der «Schweiz am Sonntag» einen Entwurf für einen solchen Religionsartikel, den er als «Koalitionsangebot an die progressiven Kräfte – nicht nur, aber auch im Islam» bezeichnete. Der Vorschlag sah Gleichbehandlung und Nichtdiskriminierung für alle religiösen Gemeinschaften bei gleichzeitiger Verpflichtung derselben auf die Werte der Bundesverfassung vor und gründete in der Hoffnung, durch die staatliche Anerkennung des Islams dessen fundamentalistische Strömungen zurückzudrängen. Da ein solcher Toleranzartikel jedoch einerseits die Abschaffung des Minarettverbots bedeutete und andererseits viele neue Fragen nach tolerablen und intolerablen Glaubensäusserungen aufwürfe, räumten ihm die Medien keine allzu grossen Erfolgschancen ein. Auch von Seiten christlicher und muslimischer Religionsgemeinschaften äusserten sich kritische Stimmen zu diesem Vorhaben.
Zur Halbzeit der Sammelfrist, Anfang 2017, gab Initiant Walter Wobmann in der Presse bekannt, sein Komitee habe bereits 70'000 Unterschriften beisammen und schaue somit zuversichtlich dem Ablauf der Frist Mitte September entgegen. Derweil zeichnete sich auch immer deutlicher ab, dass ein indirekter Gegenvorschlag mit einem Verbot auf Gesetzesstufe durchaus denkbar sein würde und dass ein solcher bei vielen v.a. bürgerlichen Parlamentarierinnen und Parlamentariern wohl auf Unterstützung zählen könnte. Darauf liess sich Wobmann im «Blick» zitieren: Falls der Inhalt des Gegenvorschlags deckungsgleich zu jenem der Volksinitiative wäre, werde man den Rückzug der Initiative in Betracht ziehen.
Anfang September 2017, also noch vor Ablauf der Sammelfrist, präsentierte der Ausserrhoder FDP-Ständerat Andrea Caroni bereits ein Nein-Komitee zum Verhüllungsverbot, für dessen Co-Präsidium er Vertreterinnen und Vertreter aus allen Fraktionen gewinnen konnte. Zu seinen Mitstreitenden zählten gemäss «Sonntags-Blick» SVP-Nationalrat Claudio Zanetti, die Zürcher Nationalrätinnen Tiana Angelina Moser von der GLP, Barbara Schmid-Federer von der CVP und Rosmarie Quadranti von der BDP sowie die Ständeräte Hans Stöckli (sp, BE) und Robert Cramer (gp, GE). Caroni nannte die Initiative des Egerkinger Komitees «Symbolpolitik», die ein «Scheinproblem» lösen wolle. Es gehe den Initianten nicht um Frauenrechte, sondern um den «Kulturkampf gegen den Islam». Ausserdem verletze ein nationales Verbot den Föderalismus; einen Entscheid sollte jeder Kanton für sich treffen, präsentierte er seine Argumente im «Sonntags-Blick». Initiant Wobmann kommentierte die Gründung des Gegenkomitees laut «Blick» mit der Bemerkung, Caroni verfüge über «spezielle Hirnwindungen». Unverständlich sei für ihn auch, was in seinen Parteikollegen Zanetti gefahren sei, dass er sich so vehement gegen die Initiative engagiere.