Rund 70 Terrorismusstrafverfahren waren Medienberichten zufolge Anfang 2020 am Bundesstrafgericht hängig. Eine Handvoll weitere kamen im Verlauf des Jahres hinzu. Im Dunstkreis der Genfer IS-Zelle um die Moschee Petit-Saconnex, die unter anderem den enthüllten Terroranschlag auf das Treibstofflager in Vernier geplant hatte, kam es etwa zu neuen Anklagen gegen zwei Männer, die 2015 versucht hatten, nach Syrien zu reisen und sich dem IS anzuschliessen. Obwohl sie von den türkischen Behörden an der Weiterreise nach Syrien gehindert worden seien, hätten sie bereits in der Türkei logistische Unterstützung des IS in Anspruch genommen und diesen finanziell unterstützt, lauteten die Vorwürfe. Grosse Medienaufmerksamkeit generierte auch die Messerattacke von Morges (VD) im September, als ein nachrichtendienstlich bekannter Islamist einen Kunden eines Kebaplokals mit einem Messer angriff und tödlich verletzte. Die Bundesanwaltschaft ermittelte zu diesem Zeitpunkt bereits seit einem Jahr wegen versuchter Brandstiftung an einer Tankstelle gegen den Mann, weil die Polizei bereits damals Hinweise auf einen dschihadistischen Hintergrund festgestellt hatte. Ob die Tat von Morges als erster islamistischer Terroranschlag in der Schweiz gelten kann, wird gemäss Einschätzung der NZZ allerdings nur schwer zu klären sein. Die Grenze zwischen religiösem Fanatismus und psychischer Erkrankung könne nicht klar gezogen werden und es stehe die Frage im Raum, inwiefern radikal-islamistische Kreise die angebliche psychische Erkrankung des Mannes für ihre Zwecke missbraucht hätten, so die Zeitung.
Ebenfalls 2020 brachte das Bundesstrafgericht zwei Verfahren gegen Islamisten aus dem Netzwerk um die An'Nur-Moschee in Winterthur zum Abschluss, die auf reges mediales Interesse stiessen. Im August standen Sandro V. – die mutmassliche Schlüsselfigur im Winterthurer Islamistennetzwerk – sowie ein weiterer Mann aus diesem Umfeld vor den Richtern in Bellinzona. Als Syrien-Rückkehrer – bereits 2013 und damals noch unbehelligt verbrachte Sandro V. drei Wochen im Kriegsgebiet, nach eigenen Aussagen lediglich auf einer humanitären Hilfsmission – wurde der Hauptangeklagte in der Szene als «Emir» verehrt, genoss hohes Ansehen und grossen Einfluss. Laut Anklageschrift hatte er eine «Intermediärstellung» zu radikalen Geistlichen im Ausland inne. Als Verantwortlicher der Koranverteilungsaktion «Lies!» in der Schweiz und der Kampfsportschule «MMA Sunna» schuf er ein «Auffangbecken für die Jugendlichen, die sich vom radikalen Islamismus angezogen fühlten» und wurde zum «Dschihad-Reiseleiter», wie die NZZ ausführte. Schlagzeilen machten während des Prozesses nicht zuletzt die Zeugen, die ihre wichtigsten belastenden Aussagen aus den Ermittlungen nun nicht mehr bestätigten und so die Beweisführung der Bundesanwaltschaft erheblich erschwerten. Nichtsdestotrotz sah das Gericht die Vorwürfe gegen Sandro V. als erwiesen an und verurteilte ihn wegen Beteiligung und Unterstützung einer kriminellen Organisation sowie wegen Besitzes von Gewaltdarstellungen zu 50 Monaten Freiheitsstrafe – mehr als die Anklage gefordert hatte. Die Presse zitierte aus dem Urteil, der Mann habe als «fanatischer Anhänger des IS» und als «ideologische[r] Überzeugungstäter» mit «grosse[r] kriminelle[r] Energie» «kaltblütig und menschenverachtend» Dschihad-Reisende, darunter auch Minderjährige, rekrutiert. Seinem Mitangeklagten wurde eine bedingte Geldstrafe wegen der Verbreitung von IS-Propagandabildern auferlegt. Der Vorwurf, er habe eine Beziehung zu einem 15-jährigen Mädchen geführt und sie zur Reise ins Kriegsgebiet verführt – sie war der weibliche Teil des medial bekannten minderjährigen Geschwisterpaars aus Winterthur, das in den Dschihad gezogen war –, konnte mangels Beweisen nicht bestätigt werden. Die NZZ beklagte anschliessend, dass der Prozess der «ratlosen Öffentlichkeit» keine Antworten geliefert habe; es gebe immer noch keine einleuchtende Erklärung für die «merkwürdig[e] Häufung von Jihad-Reisen aus dem Raum Winterthur» und es bleibe offen, wie gefährlich diese radikalen Kreise für die Sicherheit der Schweiz seien.
Einen Monat später musste sich auch Azad M., der in der Winterthurer An'Nur-Moschee als Hilfs-Imam amtete, vor dem Bundesstrafgericht verantworten. Laut Anklage soll er die Schweiz als sicheren Hafen benutzt haben, um von hier aus unbemerkt dem IS zu dienen. Das Gericht kam zum Schluss, er habe sich «in multifunktionaler Rolle und mit grossem Zeitaufwand» für den IS eingesetzt. So habe er in Kontakt mit der Führungsriege des IS und selbst in «mittlerer Kaderrolle» gestanden, Geld an den IS überwiesen und zusammen mit seiner Frau ein Selbstmordattentat im Libanon geplant. Dass er auch Terroranschläge in der Schweiz vorbereitet haben soll, wie die Bundesanwaltschaft vermutet hatte, sei indes «reine Spekulation». Der Iraker wurde zu einer Freiheitsstrafe von fünf Jahren und zehn Monaten, wovon er gut die Hälfte bereits in Untersuchungshaft verbüsst hatte, und 15 Jahren Landesverweis verurteilt. Gemäss NZZ sei dies die höchste Strafe, die bisher gegen einen IS-Anhänger in der Schweiz ausgesprochen worden sei.
Bereits zum zweiten Mal verhandelte das Bundesstrafgericht im Herbst 2020 den Fall der Terrorpropaganda durch den IZRS. Dessen Präsident Nicolas Blancho und der Medienverantwortliche Qaasim Illi waren 2018 wegen Formfehlern seitens der Bundesanwaltschaft noch freigesprochen worden; nur der dritte im Bunde, Naim Cherni, der den strittigen Film über den islamistischen Geistlichen Abdallah al-Muhaysini in Syrien realisiert hatte, war verurteilt worden. Das Bundesgericht hatte im März 2020 dann die Verurteilung Chernis bestätigt und die Entscheide Blancho und Illi ans Bundesstrafgericht zurückgewiesen. Dieses annullierte die Freisprüche im Herbst, sprach die beiden IZRS-Exponenten der Terrorismusunterstützung schuldig und verhängte bedingte Freiheitsstrafen von 18 Monaten für Illi und 15 Monaten für Blancho. Der Film sei Propaganda, weil die dschihadverherrlichenden und antisemitischen Aussagen des Interviewten nicht kritisch dargestellt und in keinerlei Kontext gesetzt würden. Somit hätten sich Illi mit der Veröffentlichung und Blancho mit der Bewerbung des Videos strafbar gemacht.

Im Nachgang der Minarettinitiative bemühten sowohl Befürworter als auch Gegner des Minarettverbots die Gerichte. Das Langenthaler Komitee „Stopp Minarett“ war nach der Ablehnung seiner Baubeschwerde gegen das Minarett an das Berner Verwaltungsgericht gelangt, dessen Entscheid Ende 2011 noch ausstand. Muslimische Organisationen reichten beim Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) zwei Einsprachen ein. Erstmals in der Geschichte ihrer Beziehungen zum EGMR legte die Schweiz ihr Veto ein und blockierte damit die Behandlung der beiden Einsprachen durch die Grosse Kammer des EGMR. Eine kleine Kammer beurteilte die Klagen im Juli, allerdings ohne dabei auf die Frage der Vereinbarkeit von Minarettverbot und der durch die europäische Menschenrechtskonvention geschützten Religionsfreiheit einzutreten. Das Gericht hielt – inhaltlich übereinstimmend mit dem EJPD – fest, dass die Kläger den nationalen Instanzenweg hätten gehen müssen. Das Klagerecht beim EGMR wäre ihnen unter der Bedingung gewährt worden, dass Schweizer Behörden und Gerichte ein konkret geplantes oder eingereichtes Baugesuch mit Berufung auf das Minarettverbot abgelehnt hätten.

Das Kopftuchtragen einer muslimischen Frau rechtfertigt keine Verweigerung einer Einbürgerung. Zu diesem Grundsatzurteil kam das Bundesgericht im Fall von zwei Beschwerden. Das Tragen eines Kopftuches als religiöses Bekenntnis sei durch die verfassungsrechtliche Verankerung der Glaubens- und Gewissensfreiheit geschützt. Wenn keine anderen Gründe gegen eine Einbürgerung sprächen, beispielsweise eine mangelnde Beherrschung einer Landessprache, verletze eine verweigerte Einbürgerung das Diskriminierungsverbot der Verfassung.

Das Bundesgericht verneinte einen Anspruch von ausserchristlichen Glaubensgemeinschaften auf Begräbnismöglichkeiten im öffentlichen Raum, wenn deren Riten den Bestattungsverordnungen in der Schweiz widersprechen, befand aber, dass man insbesondere den Musulmanen die Möglichkeit geben sollte, eigene Friedhöfe zu eröffnen. Dieses Urteil bewog die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich, den Wunsch der Muslime nach separaten Grabfeldern auf öffentlichen Friedhöfen endgültig abschlägig zu beantworten. Anders verhielt sich die Stadt Bern, welche den Moslems ab 2000 auf einem der städtischen Friedhöfe ein eigenes Gräberfeld zur Verfügung stellen wird, in welchem die Gläubigen des Islam zwar nicht vollumfänglich nach den Ritualen ihrer Religion, aber dennoch nach deren wichtigsten Regeln (Ausrichtung auf Mekka, möglichst lange – wenn auch nicht ewige – Grabesruhe) bestattet werden können. Nach wie vor keine Lösung ist für die Hindus abzusehen, welche die Asche ihrer Verstorbenen nach den Gesetzen ihres Glaubens einem fliessenden Gewässer übergeben sollten, was ihnen vom Schweizer Gewässerschutz her verboten ist.

Das Bundesgericht befand, einer zum Islam konvertierten Primarlehrerin sei zu Recht verboten worden, während des Unterrichts ein Kopftuch oder einen Schleier zu tragen. Die Lausanner Richter vermochten in dem vom Genfer Erziehungsdepartement erlassenen Kopftuchverbot keine Verletzung der Glaubens- und Gewissenfreiheit erblicken. Von Bedeutung sei hingegen, dass die Lehrerin an der Primarschule und damit Kinder unterrichte, die besonders leicht beeinflussbar seien. Würde man der Lehrerin erlauben, das als stark einzustufende Symbol des Kopftuchs im Unterricht zu tragen, so käme dies laut Bundesgericht einem Präjudiz gleich. Es wäre auch schwer mit dem Verbot des Aufhängens eines Kruzifixes in den öffentlichen Schulen vereinbar.

Das Bundesgericht sprach sich indirekt für Toleranz gegenüber Religionen aus, die in der Schweiz öffentlichrechtlich nicht anerkannt sind. Es stützte die Beschwerde eines muslimischen Vaters, der gegen die Schulbehörden des Kantons Zürichs rekurrierte, weil diese seine Tochter zwingen wollten, am (gemischtgeschlechtlichen) obligatorischen Schwimmunterricht teilzunehmen. Das Bundesgericht befand einstimmig, das öffentliche Interesse am Schwimmunterricht sei nicht so gewichtig, dass deswegen auf religiöse Anschauungen einer Minderheit keine Rücksicht genommen werden könne. Auch das Bundesamt für Ausländerfragen zeigte Verständnis für Bräuche ausserchristlicher Religionen. Es wies die kantonalen und kommunalen Behörden an, Personen, die aus religiösen Gründen eine Kopfbedeckung tragen, zu gestatten, sich für Identitätsausweise so photographieren zu lassen. Mit dieser Regelung konnte der "Schleier-Streit" beigelegt werden, den Türkinnen in Biel ausgelöst hatten, als sie sich den Weisungen der dortigen Fremdenpolizei widersetzten, sich ohne Kopftuch ablichten zu lassen.

Hingegen lehnte das Bundesgericht die Beschwerde eines Sikhs ab, welcher die Helmtragpflicht als Verletzung seiner Religionsfreiheit angefochten hatte, da es beim Wechsel vom Turban zum Helm zu einem von seiner Religion verbotenen Entblössen des Kopfes in der Öffentlichkeit komme.