Ende Oktober 2016 legte die EFK eine Evaluation der prospektiven Folgeabschätzungen von Gesetzesentwürfen vor. Anlass für die Analyse war die krasse Fehleinschätzung des Bundesrates bei der Unternehmenssteuerreform II hinsichtlich der Steuerausfälle. Die Regierung war in ihrer Botschaft und in den Abstimmungsunterlagen – gegen die Vorlage wurde letztlich erfolglos das fakultative Referendum ergriffen – von kurzfristigen Steuerausfällen, aber längerfristigen Einnahmen ausgegangen. Seit 2011 war jedoch klar, dass die Steuerausfälle wesentlich grösser sind als ursprünglich geschätzt. Zudem hatte das Bundesgericht eine Abstimmungsbeschwerde wegen Verletzung der Abstimmungsfreiheit aufgrund lückenhafter Informationen zwar abgelehnt, war aber zum Schluss gelangt, dass in der Tat die vorgängige Information keine zuverlässige Meinungsbildung erlaubt habe und rügte entsprechend die Exekutive.
Die EFK wollte aufgrund dieses Falles die Genauigkeit der Abschätzungen der Folgen von Gesetzesvorlagen in den Botschaften des Bundesrates einer Prüfung unterziehen und analysierte deshalb rund 50 Botschaften. Die Schlussfolgerung der Evaluation barg einigen Sprengstoff. Rund ein Drittel der Botschaften erfüllten die Standards der EFK nicht, ein Fünftel genügte nicht einmal den Mindestanforderungen, beschrieben also etwa die Auswirkungen auf Umwelt, Gesellschaft oder Kantone nur ungenügend oder schätzten sie zu wenig gründlich. In mehr als der Hälfte der Botschaften fehle eine notwendige Folgenabschätzung sogar ganz.
Bei drei Botschaften wollte es die EFK noch genauer wissen: Bei der Revision des Bundesgesetzes über die technischen Handelshemmnisse, bei der steuerlichen Entlastung von Familien mit Kindern und bei der Reform der Luftfahrt seien die Prognosen nicht zuverlässig und die Überlegungen dazu alles andere als gründlich durchdacht gewesen. Die EFK forderte entsprechend wirksame Qualitätskontrollen bei Folgenabschätzungen. Vor allem müsse methodisch kohärenter vorgegangen, transparenter informiert und die für Gesetzesentwürfe zuständigen Personen in prospektiver Evaluation geschult werden.
Der Bundesrat begrüsste den Bericht, der dazu beitrage, die Qualität seiner Botschaften zu verbessern. Im Rahmen der Motion Vogler (csp, OW) und der Motion der FDP-Fraktion erarbeite das WBF zudem mögliche Vorschläge für eine verbesserte Regulierungsfolgenabschätzung (RFA).