Der Nationalrat befasste sich sodann in der Herbstsession 2021 mit dem Entwurf der RK-SR zur parlamentarischen Initiative Luginbühl (bdp, BE) zum Gemeinnützigkeits- und Stiftungswesen von 2014. Eintreten sowie die Forderung der vorberatenden RK-NR, dem Ständerat zu folgen und somit nur zwei der acht in der parlamentarischen Initiative vorgeschlagenen Änderungen umzusetzen, waren unbestritten. Damit könnten Stifterinnen und Stifter neu auch Änderungen bezüglich der Organisation ihrer Stiftung beantragen, zudem dürfe die Aufsichtsbehörde selbst sogenannte «unwesentliche Änderungen der Stiftungsurkunde» vornehmen, nachdem sie das oberste Stiftungsorgan angehört habe, wie Kommissionssprecherin Bellaïche (glp, ZH) erklärte. Diese beiden Punkte seien unbestritten gewesen, da sie der Realität gerecht würden und die Stiftungen entlasteten.
Zusätzlich schlug die RK-NR jedoch zwei neue Punkte vor. Einerseits sollten «Personen mit einem berechtigten Kontrollinteresse» Beschwerden bei der Aufsichtsbehörde einreichen können. Derzeitig könne das Beschwerderecht sogar Stifterinnen und Stiftern verwehrt werden, auch wenn die Stiftungsführung nicht rechtskonform handle. Da kein Gegenantrag gestellt wurde, hiess der Nationalrat diese Änderung in der Folge diskussionslos gut.
Mit der zweiten Änderung wollte die Kommissionsmehrheit ermöglichen, dass Stiftungen auch steuerbefreit werden können, wenn sie ihre Stiftungsorgane angemessen entschädigen. Damit solle gemäss Kommissionssprecherin eine Professionalisierung von Stiftungen und somit eine Stärkung des Stiftungsstandorts vorangetrieben werden. Eine Minderheit um Baptiste Hurni (sp, NE) wollte diesen Zusatz streichen, da er unter anderem bereits in der Vernehmlassung stark umstritten gewesen sei. Zudem sei mit der Formulierung einer «angemessene[n] Vergütung» nicht klar, ab wann eine Stiftung noch steuerbefreit werden könne. Kommissionssprecherin Bellaïche hielt dagegen, dass die derzeitige Gesetzgebung je nach Kanton variiere und durch diese Änderung eine grössere Rechtssicherheit geschaffen würde. Der Nationalrat sprach sich mit 121 zu 68 Stimmen (bei 1 Enthaltung) für die Ergänzung aus. Einzig die Fraktionen der SP und der Grünen sowie die Mitglieder der EVP stimmten für den Minderheitsantrag.
In der Gesamtabstimmung wurde der Entwurf einstimmig mit 188 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Damit ging das Geschäft mit den zwei neu geschaffenen Differenzen zurück an den Ständerat.