Der Bundesrat beschloss Anfang November 2019, die Revision der Stilllegungs- und Entsorgungsfondsverordnung (SEFV) per Jahresbeginn 2020 in Kraft treten zu lassen. Er setzte damit fünf Anpassungen um, die er zuvor in die Vernehmlassung geschickt hatte. Die Änderungen betrafen unter anderem die Beitragspflichten der Atomkraftwerkbetreiber. Diese Zahlungen hätten erhöht werden sollen, da (aufgrund der angepassten Anlagerendite und Teuerungsrate) die Beitragspflichten von jährlich insgesamt CHF 96 Mio. auf CHF 183.7 Mio. angestiegen wären.
Am 6. Februar 2020 gab jedoch das Bundesgericht einer am 9. Mai 2018 eingereichten Beschwerde der Axpo Power AG, der BKW, der beiden Kernkraftwerke Gösgen-Däniken und Leibstadt sowie des Zwischenlagers Würenlingen gegen eine Verfügung des UVEK vom 12. April 2018 statt. In jener Verfügung hatte das UVEK die Kosten für die beiden Fonds festgelegt und die Beträge gegenüber jenen der Verwaltungskommission des STENFO beim Stilllegungsfonds um CHF 46 Mio. und beim Entsorgungsfonds um CHF 1.051 Mrd. erhöht. Der Bundesrat hatte zwar am 7. Oktober 2015 eine Änderung der Verordnung zum Kernenergiegesetz beschlossen, wonach ab 2016 das UVEK die Jahresbeiträge bestimmen soll, das Bundesgericht hielt jedoch fest, dass das Kernenergiegesetz keine solche Delegation an das UVEK vorsehe und die Verwaltungskommission des STENFO, in welcher auch Beitragspflichtige vertreten sind, die Jahressätze zu bestimmen habe. Gemäss Bundesgericht dürfe also nicht das UVEK, sondern nur die Verwaltungskommission des STENFO Verfügungen zu den berechneten Stilllegungs- und Entsorgungskosten erlassen. Der Bundesrat sei durch das UVEK lediglich befugt, Regeln darüber erlassen, wie die Beiträge zu bemessen seien, hielt das Bundesgericht weiter fest. Als Folge des Entscheids wird nun die Verwaltungskommission des STENFO über die Höhe der Einzahlungen für den Zeitraum 2017–2021 befinden. Der Entscheid des Bundesrates zur Delegation der Kostendefinition an das UVEK wurde infolgedessen korrigiert.
Wie in der Medienmitteilung des Bundesrates Ende 2019 zu lesen war, sollte mit der Revision sichergestellt werden, dass die Atomkraftbetreiber für die gesamten Kosten für die Stilllegung und Entsorgung der Atomkraftwerke und des atomaren Abfalls aufkommen: «Wesentlich ist, dass die Beitragspflichtigen für die gesamten Stilllegungs- und Entsorgungskosten aufkommen müssen. An dieser Verpflichtung ändert sich nichts.» Ungemach in diesen Grundsatz brachte im Sommer 2020 jedoch ein vom «Blick» veröffentlichtes geheimes Gutachten eines Anwaltsbüros im Auftrag der Verwaltungskommission des STENFO, wonach ein hohes Risiko bestehe, dass am Ende der Bund – und damit die Steuerzahlenden – bei der Finanzierung in die Bresche springen müssten. Grund dafür sei die Gefahr eines Dominoeffekts, bei dem Partner von AKW-Betreiberfirmen die finanzielle Notlage einer gewichtigen Atomkraftbetreiberin – wie beispielsweise Alpiq oder Axpo – nicht mehr ausgleichen könnten und selbst in Geldnöte gerieten.
Dass die Frage der Finanzierungsaspekte noch nicht vollständig geklärt ist und sich auch die AKW-Betreiberfirmen nicht immer einig sind, zeigte sich nebst den vielen Anpassungen und Diskussionen auch durch Gerichtsentscheide: Ende 2020 unterlagen beispielsweise die BKW vor Bundesgericht einem Anliegen ihrer Konkurrentinnen Axpo und Alpiq bezüglich der Rendite der Fondsgelder. Geringste Anpassungen bei den Vorgaben können aufgrund des langen Zeithorizontes der Geldanlagen zu grossen Kostenunterschieden führen und bieten damit einen Nährboden für verschiedenste Unstimmigkeiten zwischen den Akteuren.