Mehrfach unter Beschuss geriet Bundesanwältin Carla Del Ponte. So löste eine Telefonüberwachungsaktion gegen verschiedene Journalisten, welche sie veranlasst hatte, um Urhebern von Amtsgeheimnisverletzungen auf die Spur zu kommen, heftige Proteste der Medien aus. Bundesrat Koller verzichtete – mit dem Argument der Gewaltentrennung – zwar auf Massnahmen gegen die eifrige Beamtin, äusserte aber die Meinung, dass er solche Aktionen für unverhältnismässig erachte. Umstritten war auch die Informationspraxis der Bundesanwaltschaft. Der Nationalrat überwies ein Postulat seiner GPK, welches eine klare Koordination und Abgrenzung zwischen der Informationstätigkeit der Verwaltung einerseits und der Strafverfolgungsbehörden andererseits verlangt.

Ein Artikel über FIS-Waffenkäufe in der Schweiz, der sich auf Ermittlungsakten der Untersuchungsbehörden stützte, hat die "Sonntags-Zeitung" in Konflikt mit der Bundesanwaltschaft (BA) gebracht. Durch den Artikel sei nach Ansicht der BA monatelange Arbeit zunichte gemacht worden, weshalb sie ein Verfahren wegen Amtsgeheimnisverletzung und Begünstigung gegen Redaktoren der Zeitung eröffnete sowie eine Hausdurchsuchung anordnete. Die Redaktion hingegen machte öffentliches Interesse sowie Quellenschutz geltend. Die Medien verurteilten die Hausdurchsuchungen, angeordnet von Bundesanwältin Carla del Ponte, fast einhellig als krassen Verstoss gegen die Pressefreiheit, andererseits konnten viele Kritiker auch kein öffentliches Interesse für den "SZ"-Artikel ausmachen.