Bereits im März des Berichtsjahrs wurde über den Rücktritt von Bundesrat Hans-Rudolf Merz spekuliert, den dieser dann am 6. August ankündigte. Die FDP betonte ihren Anspruch auf den frei werdenden Bunderatssitz und warnte die anderen Parteien vor einem Spiel mit dem Feuer. Im Gegensatz zur Nachfolgeregelung bei Pascal Couchepin 2009 wirkte die FDP gut vorbereitet. Die Parteispitzen kündigten sofort an, nicht zu kandidieren. Als Kronfavoriten kristallisierten sich die St. Galler Regierungsrätin Karin Keller-Sutter und der Berner Nationalrat Johann Schneider-Ammann heraus, die Anfang September von der Bundeshausfraktion auch offiziell nominiert wurden. Ruedi Noser (ZH), Peter Malama (BS) und Ignazio Cassis (TI) scheiterten in der parteiinternen Ausmarchung. Bei den Wahlen vom 22. September setzte sich Johann Schneider-Amann gegen Keller-Sutter und vor allem gegen den SVP-Sprengkandidaten Jean-François Rime durch. An der Delegiertenversammlung Mitte Oktober in Herisau wurde Hans-Rudolf Merz mit stehenden Ovationen verabschiedet. Parteipräsident Pelli würdigte ihn als „erfolgreichsten Finanzminister Europas“, weil der Bund unter seiner Amtsführung die Schulden beträchtlich reduziert hat.

Die SVP trat an den Bundesratsersatzwahlen im Herbst des Berichtjahres für beide durch die Rücktritte von Moritz Leuenberger (sp) und Hans-Rudolf Merz (fdp) frei gewordenen Bundesratssitze mit einer Kampfkandidatur an. Allerdings gestaltete sich die Kandidatensuche schwierig. Weder Caspar Baader (BL), noch Peter Spuhler (TG) oder Ulrich Giezendanner (AG) stellten sich zur Verfügung. Schliesslich trat Jean-François Rime (FR) an, der bereits für den frei gewordenen Sitz von Pascal Couchepin 2009 als Kampfkandidat zur Verfügung gestanden hatte. Dank der geschlossenen Unterstützung seiner Fraktion wurde Rime in beiden Ersatzwahlen jeweils erst im letzten Wahlgang geschlagen.

2010 traten mit Moritz Leuenberger und Hans-Rudolf Merz gleich zwei Bundesräte zurück. War der Rücktritt von Merz erwartet worden, so überraschte die Ankündigung der Demission von Leuenberger am 9. Juli auf Ende des Jahres. Der Rücktritt war deshalb überraschend, weil spekuliert wurde, dass Leuenberger sein drittes Präsidialjahr 2011 noch abwarten würde. Der Magistrat begründete seinen Rücktritt mit der langen Amtsdauer – Leuenberger sass seit 1995 in der Regierung – und nicht etwa mit dem Arbeitsklima im Bundesrat. In der Presse wurden die rhetorischen Fähigkeiten, die Mediengewandtheit und Leuenbergers Einsatz für mehr Transparenz in der Politik hervorgehoben. Darüber hinaus habe er mit der Fusion der Verkehrs- und Umweltpolitik eine ökologische Klammer geschaffen, die nachhaltig bleiben werde.

Die SVP reagierte prompt und kündigte bereits wenige Minuten nach der Medienkonferenz ihren Angriff auf den SP-Sitz an. Caspar Baader (BL) wurde als Sprengkandidat vorgestellt. In der Presse wurde nicht nur über allfällige Nachfolgerinnen von Leuenberger gemutmasst (am häufigsten wurden Simonetta Sommaruga, Jacqueline Fehr, Anita Fetz, Eva Herzog, Hans-Jürg Fehr und Claude Janiak genannt), sondern auch darüber spekuliert, dass Hans-Rudolf Merz ebenfalls seinen baldigen Rücktritt einreichen werde, was dieser schliesslich am 6.August per Anfang Oktober auch tat. Die Bilanz der fünfjährigen Amtszeit von Merz fiel in der Presse zwiespältig aus. Auf der einen Seite wurde anerkannt, dass der Finanzminister einen gesunden und nachhaltig sanierten Haushalt hinterlasse. Auf der anderen Seite hätte sich der Bundesrat aber insbesondere auf internationalem Terrain nicht sehr überzeugend bewegt. Beim Steuerstreit mit der EU, bei der Informationspolitik rund um die UBS-Krise oder bei seinem naiven Vorgehen in der Libyen-Affäre hätte der Magistrat viel Goodwill verspielt.

Auch für die Nachfolge Merz begann sich das Kandidatenkarussell rasch zu drehen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse schon früh Karin Keller-Sutter und Johann Schneider-Ammann genannt. Diesmal kündigten nicht nur die SVP sondern auch die Grünen an, den Sitz der FDP anzugreifen. Einiges an Diskussionen löste der Umstand aus, dass die Rücktrittsankündigungen nicht koordiniert worden waren. Es wurde davor gewarnt, dass zwei aufeinanderfolgende Bundesratswahlen (im September und im Dezember) die Sachpolitik für Monate überlagern würden. Nachdem sich die SP und die FDP gegenseitig die Schuld für die schlechte Koordination in die Schuhe schoben, verlegte Bundesrat Leuenberger schliesslich seinen Rücktritt vor. Dies brachte der SP einen taktischen Vorteil, weil die Ersatzwahl von Leuenberger vor jener von Merz stattfand.

Am 12. Dezember trat die Vereinigte Bundesversammlung zur Wahl des Bundesrates für die neue Legislaturperiode zusammen. Am zahlenmässigen Kräfteverhältnis zwischen den Blöcken hatte sich im neuen Parlament gegenüber demjenigen von 2003 wenig geändert. Trotz der Sitzgewinne der SVP im Nationalrat verfügten diejenigen Parteien, die 2003 Blocher gegen die CVP-Bundesrätin Metzler unterstützt hatten (SVP, FDP, LP und kleine Rechtsparteien), über drei Sitze weniger als 2003 und blieben mit 118 Sitzen deutlich unter dem absoluten Mehr von 123. Noch nicht klar war, wie sich die CVP verhalten würde, nachdem ihr Präsident Darbellay (VS) in den Medien mit seiner eigenen Kandidatur gegen Blocher kokettiert hatte. Am Tag vor der Wahl wurde er dann von seiner Fraktion zurückgepfiffen, welche mehrheitlich beschloss, nicht mit einem eigenen Kandidaten anzutreten, aber auch Blocher nicht zu unterstützen. Die meisten professionellen Beobachter rechneten nicht damit, dass es wie 2003 zur Nichtwiederwahl eines Amtsinhabers kommen würde, wobei allerdings für viele offen war, ob es Blocher bereits im 1. Wahlgang schaffen würde.

Obwohl alle bisherigen Bundesräte wieder kandidierten, beantragte einzig die FDP-Fraktion, sie alle in ihrem Amt zu belassen. Die SVP empfahl nur ihre beiden eigenen Vertreter Christoph Blocher und Samuel Schmid sowie die FDP-Bundesräte Pascal Couchepin und Hans-Rudolf Merz zur Wahl. Die SP und die CVP/EVP/GLP-Fraktion sprachen sich für alle Bisherigen mit Ausnahme von Blocher aus, und die Grünen unterstützten in ihrem schriftlichen Antrag nur die beiden SP-Bundesräte Micheline Calmy-Rey und Moritz Leuenberger und präsentierten den grünen Ständerat Luc Recordon (VD) als Kandidaten. Nachdem die Sprecher der SP und der CVP dargelegt hatten, dass sie der SVP ihren zweiten Sitz nicht streitig machen wollten, darauf aber nicht mehr Blocher sehen möchten, trat Zisyadis (pda, VD) ans Rednerpult und schlug die Bündner SVP-Regierungsrätin Eveline Widmer-Schlumpf zur Wahl vor. In den Medien war Widmer-Schlumpf zusammen mit Nationalrat Zuppiger (svp, ZH) als mögliche Alternative für Blocher bereits in der Berichterstattung über die CVP-Fraktionssitzung erwähnt worden. Baader (svp, BL) als Fraktionssprecher appellierte anschliessend an die CVP, Blocher zu wählen und sicherte zu, dass in diesem Fall entgegen ihrem schriftlichen Antrag die SVP auch Doris Leuthard (cvp) unterstützen würde.

Anschliessend schritt das Parlament zur Besetzung der Bundesratssitze in der Reihenfolge der Amtsdauer der bisherigen Inhaber. Zuerst wurde Leuenberger mit 157 Stimmen gewählt, dann Couchepin mit 205, Schmid mit 201 und Calmy-Rey mit 153. Vor der Besetzung des Sitzes von Blocher meldete sich Baader nochmals zu Wort und legte dar, dass Blocher in den letzten vier Jahren „einen Leistungsausweis erbracht (habe) wie kaum ein anderes Regierungsmitglied“. Frösch (BE) zog im Namen der Grünen die Kandidatur Recordons „zugunsten einer aussichtsreicheren Kandidatur“ zurück. Im ersten Wahlgang erzielte Widmer-Schlumpf mit 116 Stimmen das bessere Resultat als Blocher mit 111. Das absolute Mehr von 120 verfehlte sie aber; sechs Stimmzettel waren leer, zwei ungültig und elf entfielen auf andere Namen. Im zweiten Wahlgang entfielen nur noch zwei Stimmen auf Diverse, vier blieben leer und keiner war ungültig. Das absolute Mehr stieg damit auf 122. Widmer-Schlumpf übertraf es mit 125, Blocher kam nur auf 115 und verlor damit seinen Sitz. Nachdem ein Ordnungsantrag der SVP auf Verschiebung der weiteren Wahlen abgelehnt worden war, bestätigte die Bundesversammlung Merz und Leuthard mit 213 resp. 160 Stimmen in ihren Ämtern.

Die SP griff im Wahlkampf einen der zwei FDP-Bundesratssitze an. SP-Präsident Fehr äusserte sich im Juli, die Abwahl von Bundesrat Couchepin oder Bundesrat Merz sei für ihn kein Tabu. Die SP könnte eventuell einen CVP-Kandidaten unterstützen.

Bei den eidgenössischen Wahlen musste die FDP die grössten Verluste aller Parteien hinnehmen: Sie verlor insgesamt 11 Parlamentsmandate, davon 4 Ständeratssitze. In der Folge kam es – auch im Hinblick auf die Bundesratswahlen (die Nachfolge für Kaspar Villiger und die ultimative Forderung der SVP, ihr einen zweiten Sitz zuzugestehen, der mit Christoph Blocher zu besetzen sei) zu Diskussionen über die Ausrichtung der Partei: Als neugewählte FDP-Parlamentarier sich aktiv für das Referendum der SVP gegen die Mutterschaftsversicherung engagierten und sich damit von einer Vorlage, die unter der Ägide der FDP zustande gekommen war, distanzierten, verwarnten Fraktionsmehrheit und Parteispitze die Abtrünnigen, da extreme Abweichungen eine klare Positionierung der Partei beeinträchtigten. Im November stellten Rechtsbürgerliche den politischen Kurs der Parteileitung in Frage und verlangten eine Standortbestimmung, während Mitglieder der Parteileitung Überlegungen dahingehend anstellten, ob die FDP vorübergehend auf einen ihrer beiden Sitze in der Regierung verzichten oder gar den Gang in die Opposition erwägen solle. Schliesslich beschlossen die Freisinnigen, am Anspruch auf zwei Regierungssitze festzuhalten und nominierten Christine Beerli (BE) und Hans-Rudolf Merz (AR) als Kandidaten für die Nachfolge von Bundesrat Kaspar Villiger. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Hans-Rudolf Merz in die Regierung.

Bei der Departementsverteilung kam es zu keiner Rochade. Alle Bisherigen behielten ihre Departemente und die Neuen übernahmen die frei werdenden Ressorts: Blocher das EJPD und Merz das Finanzdepartement.

Während sich die Wirtschaft über das Wahlergebnis freute, reagierte die Linke, und dabei insbesondere ihre weiblichen Vertreterinnen mit Empörung. Nicht nur zog der von ihnen kategorisch als nicht wählbar erklärte Blocher in die Landesregierung ein, sondern durch den Sieg von Merz über die von der Linken unterstützte Beerli wurde die Vertretung der wirtschaftsnahen Rechten im Bundesrat noch zusätzlich verstärkt. Dazu kam, dass mit der Nichtwiederwahl Metzlers und der Niederlage von Beerli die Frauenvertretung in der Regierung auf Calmy-Rey zusammenschrumpfte. Daran waren allerdings die SP-Parlamentarierinnen nicht ganz unschuldig, hatten sie doch nach eigener Aussage bei der Besetzung des CVP-Sitzes für den ihnen politisch näher stehenden Deiss und nicht für Metzler gestimmt. Unzufrieden mit dem Wahlausgang waren aber auch die Frauen der CVP und der FDP. Am Abend nach der Wahl fand in Bern eine erste Protestdemonstration statt, welche am folgenden Samstag in grösserem Rahmen mit rund 12'000 Teilnehmenden wiederholt wurde.