Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.

Obschon die CVP einen aufwändigen Wahlkampf betrieben hatte, musste sie 7 Nationalratsmandate abgeben; besonders hoch waren die Verluste in ihren traditionellen Stammlanden. Als erste Reaktion auf die Wahlniederlage stellte CVP-Präsident Philipp Stähelin sein Amt zur Verfügung; die Parteileitung sprach ihm jedoch das Vertrauen aus. Sie schloss den Rückzug eines ihrer Bundesratsmitglieder zugunsten von Christoph Blocher (svp, ZH), den SVP-Präsident Ueli Maurer am Wahlabend gefordert hatte, aus; für die Regierungsbildung stehe die Handlungsfähigkeit des künftigen Bundesrates im Vordergrund. Dieser Entscheid stiess parteiintern nicht auf einhellige Zustimmung; so erklärte der ehemalige CVP-Präsident, Ständerat Carlo Schmid (AI), man käme um einen Bundesrat Blocher nicht mehr herum. Ende Oktober entschied die CVP-Fraktion mit 33:5 Stimmen, mit beiden Bundesratsmitgliedern zur Wiederwahl anzutreten und der Vereinigten Bundesversammlung damit die Entscheidung über die künftige Regierungszusammensetzung zu überlassen. Gemäss Fraktionschef Jean-Michel Cina (VS) anerkenne die CVP den Anspruch der SVP auf einen zweiten Bundesratssitz. Ihrer Meinung nach solle die SVP jedoch den Sitz des zurücktretenden FDP-Bundesrats Kaspar Villiger einnehmen; mit drei Sitzen im Bundesrat und mit der Bundeskanzlerin sei der gemäss Cina neu formierte Rechtsblock von SVP und FDP angemessen vertreten. Dieses Vorgehen stiess bei einigen CVP-Kantonalparteien wie jener von Luzern auf Kritik, weil diese auf die Zusammenarbeit mit der FDP angewiesen sind. Am 10. Dezember bestätigte das Parlament nicht CVP-Bundesrätin Ruth Metzler, sondern wählte Christoph Blocher (svp, ZH) in die Regierung. Die Parteileitung der CVP wies jegliche Mitschuld an der Abwahl ihres Regierungsmitglieds von sich und erklärte, die CVP wolle ihr Glück in einer „Politik der radikalen Mitte“ suchen und sich programmatisch erneuern. Die Fraktion werde Ende Januar 2004 in Klausur gehen und im Frühling einen „Grundsatzparteitag“ durchführen.

Bei den eidgenössischen Wahlen musste die FDP die grössten Verluste aller Parteien hinnehmen: Sie verlor insgesamt 11 Parlamentsmandate, davon 4 Ständeratssitze. In der Folge kam es – auch im Hinblick auf die Bundesratswahlen (die Nachfolge für Kaspar Villiger und die ultimative Forderung der SVP, ihr einen zweiten Sitz zuzugestehen, der mit Christoph Blocher zu besetzen sei) zu Diskussionen über die Ausrichtung der Partei: Als neugewählte FDP-Parlamentarier sich aktiv für das Referendum der SVP gegen die Mutterschaftsversicherung engagierten und sich damit von einer Vorlage, die unter der Ägide der FDP zustande gekommen war, distanzierten, verwarnten Fraktionsmehrheit und Parteispitze die Abtrünnigen, da extreme Abweichungen eine klare Positionierung der Partei beeinträchtigten. Im November stellten Rechtsbürgerliche den politischen Kurs der Parteileitung in Frage und verlangten eine Standortbestimmung, während Mitglieder der Parteileitung Überlegungen dahingehend anstellten, ob die FDP vorübergehend auf einen ihrer beiden Sitze in der Regierung verzichten oder gar den Gang in die Opposition erwägen solle. Schliesslich beschlossen die Freisinnigen, am Anspruch auf zwei Regierungssitze festzuhalten und nominierten Christine Beerli (BE) und Hans-Rudolf Merz (AR) als Kandidaten für die Nachfolge von Bundesrat Kaspar Villiger. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Hans-Rudolf Merz in die Regierung.

In den eidgenössischen Wahlen gelang es der SVP, 11 zusätzliche Nationalratsmandate und einen zusätzlichen Ständeratssitz zu erobern. Am Abend des Wahlsonntags überraschte SVP-Parteipräsident Ueli Maurer die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl des Bundesrates vom Dezember Christoph Blocher (ZH) zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Gegen dieses Ultimatum regte sich parteiinterner Widerstand. So forderte die Berner SVP eine allfällige Urabstimmung, sollte sich die SVP Schweiz aus der Regierungsverantwortung zurückziehen. An einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung in Sempach (LU) bekräftigten die Mitglieder der SVP das Partei-Ultimatum für die Bundesratswahl mit 449:7 Stimmen bei 57 Enthaltungen. Kritische Voten gegen das Vorgehen wurden mit für die SVP ungewohnt viel Respekt aufgenommen, der Vorbehalt von Bundesrat Samuel Schmid, er wolle über sein Verbleiben in der Regierung frei entscheiden, respektiert. In einem Zusatzbeschluss stützten die Delegierten auf Antrag welscher SVP-Mitglieder auch die Variante, dass Blocher in der sechsten Wahlrunde den Sitz von SP-Bundesrätin Micheline Calmy-Rey angreifen solle, falls die SVP zuvor keinen Sitz der CVP erobern könne; auf den frei werdenden Sitz der Freisinnigen erhob die SVP hingegen keinen Anspruch. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Christoph Blocher in den Bundesrat; erstmals seit 131 Jahren wurde mit Ruth Metzler (cvp) ein Regierungsmitglied nicht bestätigt. Tags darauf kündigte die SVP in Inseraten mit dem Titel „SVP: Wählerauftrag verpflichtet – auch im Bundesrat“ an, auch als gestärkte Regierungspartei ihrem Programm treu zu bleiben und ihre Doppelrolle als Regierungs- und Oppositionspartei nicht aufgeben zu wollen. Bei der Departementsverteilung wurde Christoph Blocher mit der Leitung des EJPD betraut; damit ist er mit der Asyl- und der Ausländerpolitik für jene Bereiche zuständig, in denen seine Partei bis anhin besonders deutlich in Opposition zum Bundesrat stand. – Bei den kantonalen Parlamentswahlen eroberte die SVP 14 zusätzliche Sitze, bei den Regierungsratswahlen errang sie in Appenzell Ausserrhoden ein zweites Mandat.

In der von der Öffentlichkeit mit grosser Spannung erwarteten Wahl vom 10. Dezember setzte sich die SVP gegen die von der SP und der GP unterstützte CVP durch. Nachdem die amtsältesten Leuenberger und Couchepin mit guten Resultaten wiedergewählt worden waren, musste Ruth Metzler gegen Christoph Blocher antreten. Da 1999 die Wahl von Metzler vor derjenigen von Deiss stattgefunden hatte, galt sie als Amtsältere und musste demnach zuerst antreten. Nach einem Patt (116:116) im ersten Wahlgang und einem leichten Vorsprung für Blocher im zweiten (119:117), setzte sich dieser im dritten Wahlgang mit 121:116 bei einem absoluten Mehr von 119 Stimmen (vier waren ungültig, fünf leer) durch. Bei der anschliessenden Wahl von Deiss, welcher von CVP-Fraktionschef Cina (VS) noch einmal ausdrücklich als einziger CVP-Kandidat für diesen Wahlgang empfohlen wurde, stimmten die SVP und eine Mehrheit der FDP für Metzler, welche 96 Stimmen erhielt. Deiss schaffte aber mit 138 Stimmen das absolute Mehr von 121 Stimmen im ersten Wahlgang problemlos. Nachdem anschliessend Schmid und Calmy-Rey im ersten Wahlgang wiedergewählt worden waren, schritt der Rat zur Neubesetzung des Sitzes von Villiger. Bereits im ersten Wahlgang lag Merz mit 115 Stimmen klar vor Beerli (83). Im zweiten Wahlgang wurde er mit 127 bei einem absoluten Mehr von 120 gewählt; Beerli war auf 96 Stimmen gekommen. Der 61jährige Hans-Rudolf Merz vertrat seit 1997 den Kanton Appenzell Ausserrhoden im Ständerat. Politisch gilt der Volkswirtschafter als Rechtsfreisinniger mit starkem Engagement für Fragen der Finanzpolitik und der Finanzmärkte.

Am Abend des Wahlsonntags überraschte der Präsident der SVP, Ueli Maurer, die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl vom Dezember Christoph Blocher anstelle einer der bisherigen CVP-Vertreter in den Bundesrat zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Wie sich in letzterem Fall der amtierende Bundesrat der SVP, Samuel Schmid, verhalten würde, blieb offen. Die SVP-Fraktionsführung und später auch die Fraktion und eine Delegiertenversammlung sanktionierten dieses in kleinem Kreis vorbereitete Vorgehen Maurers erst im Nachhinein, aber ohne wesentliche Opposition. Die rasch verstummende parteiinterne Kritik monierte, dass die üblichen Prozeduren bei der Kandidatennomination missachtet würden, und dass ein so wichtiger Entscheid wie ein Regierungsaustritt nur von einer Delegiertenversammlung oder einer Urabstimmung gefällt werden könne.

Die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien reagierten unterschiedlich. Die FDP kritisierte zwar das aggressive Vorgehen der SVP, sah aber keinen Grund, deren Anspruch auf einen der beiden CVP-Sitze und die Kandidatur Blocher zu bekämpfen. Die von der SVP anvisierte CVP erklärte hingegen, dass ihre Vertreter nicht zurücktreten würden und die Partei sie dabei voll unterstützen werde. Auch ihre Bundesräte Deiss und Metzler liessen nie Zweifel daran aufkommen, dass sie wieder kandidieren würden. Obwohl es an der kompromisslosen Haltung der CVP auch parteiinterne Kritik gab, welche befürchtete, dass nach dem neuerlichen Wahlsieg der SVP ein Beharren auf den zwei Bundesratssitzen für die CVP kontraproduktiv wäre, hielt die CVP-Spitze bis zur Bundesratswahl vom 10. Dezember an dieser Linie fest. In der Vorbereitung des Terrains für die Bundesratswahl machte sich die CVP die Idee der SP zu Eigen, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten solle. Dabei griff sie die FDP auch inhaltlich an: Mit ihrer Unterstützung der Kandidatur Blocher sei diese zum Anhängsel der SVP geworden und nicht mehr repräsentativ für ihre gemässigt bürgerliche Wählerschaft. Diese werde einzig noch durch die CVP vertreten, weshalb deren Anspruch auf zwei Sitze gerechtfertigt sei. Eine Woche vor der Wahl beschloss die Fraktion, an der Wiederkandidatur sowohl von Deiss als auch von Metzler festzuhalten. Zudem entschied sie, dass die zuerst antretende Metzler bei einer Nichtwahl nicht gegen den nach ihr zu wählenden Deiss antreten dürfe.

Die Haltung der SP war nicht eindeutig und zudem stark von taktischen Interessen geprägt. Im Sommer hatte Parteipräsidentin Brunner eine gewisse Bereitschaft erkennen lassen, der SVP einen zweiten Regierungssitz zulasten der CVP einzuräumen. Sie begründete diese von einem Teil der Linken als Tabubruch empfundene Unterstützung der SVP nicht mit deren Wählerstärke, sondern mit dem Verhalten der CVP, welche zu weit nach rechts gerückt sei. Indirekt gab sie damit der CVP zu verstehen, dass eine SP-Unterstützung für die Verteidigung ihrer beiden Regierungssitze nicht gratis zu haben sei. In der Phase der Wahlvorbereitungen konkretisierte die SP-Spitze diesen Preis und verlangte von der CVP Zusicherungen, in konkreten sozial-, wirtschafts- und finanzpolitischen Fragen die SP-Positionen mitzutragen. Derartige Vorstösse wurden auch von den Grünen gemacht, welche aber rasch zur Erkenntnis kamen, dass die Positionen der CVP und der GP zu weit voneinander entfernt sind, um eine tragfähige Mitte-Links-Regierung zu bilden. Rechnerisch wäre eine derartige Koalition möglich gewesen, verfügte doch die Linke mit der CVP über eine knappe Mehrheit von 125:121 Stimmen in der Bundesversammlung. Obwohl die CVP der SP keine inhaltlichen Zugeständnisse machte, beschloss die SP-Fraktion eine Woche vor der Wahl, die beiden Kandidierenden der CVP zu unterstützen. Nach den Nationalratswahlen war von Brunner auch die von der CVP dankbar aufgenommene Idee ins Spiel gebracht worden, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten könnte.

Die Grünen kündigten kurz nach Ogis Demission an, dass sie eine eigene Kandidatin aufstellen würden, was sie mit der Nominierung von Nationalrätin Cécile Bühlmann (LU) dann auch taten. Die SP versuchte vergeblich, die FDP und die CVP von der Opportunität eines Rauswurfs der SVP aus der Regierung zu überzeugen. Ihr Angebot, zu diesem Zweck eine freisinnige Kandidatur zu unterstützen, fand lediglich bei einigen Freisinnigen aus der Romandie Interesse. Der Versuch, die SVP aus dem BR abzuwählen, fand in der SP-Fraktion mit 29:5 Stimmen eine klare Mehrheit. Danach lancierten einzelne SP-Politiker die Idee, mit Ulrich Siegrist wenigstens einen möglichst weit vom politischen Kurs seiner Partei entfernten Vertreter der SVP zu wählen. Ganz zum Schluss der Kampagne versuchte die SP dann auch noch, den FDP-Präsidenten Franz Steinegger (UR) ins Spiel zu bringen. Die FDP und die CVP hatten zwar keine Lust, der SVP den Bundesratssitz zu entreissen; aber sie machten von Anfang an klar, dass sie niemanden unterstützen würden, der auf der radikalen aussenpolitischen Linie von Nationalrat Blocher und seiner Zürcher SVP politisiert. Da Eberle und auch Fuhrer sowohl beim UNO-Beitritt als auch bei der Frage der Bewaffnung von schweizerischen Armeekontingenten bei Friedenseinsätzen im Ausland eine von Blocher divergierende Meinung vertreten, waren für sie grundsätzlich alle vier SVP-Politiker wählbar. Beide Fraktionen verzichteten darauf, eine bestimmte Kandidatur zu unterstützen. Die Fraktion der Liberalen sprach sich für Schmid aus.

Bei den eidgenössischen Wahlen erzielte die SVP einen Erdrutschsieg und wurde – gemessen am Wähleranteil – von der viertgrössten zur stärksten Partei. Sie forderte einen zweiten Sitz im Bundesrat, zuerst auf Kosten der CVP, dann der SP. Für die Gesamterneuerungswahl vom Dezember schickte die SVP-Fraktion Christoph Blocher gegen die beiden SP-Vertreter ins Rennen. Seine Kandidatur erhielt aber praktisch keine Unterstützung von ausserhalb der SVP und unterlag deutlich.

Der Wahlsieg der SVP bei den Nationalratswahlen, welcher sie von der viertgrössten zur wählermässig stärksten Partei hatte anwachsen lassen, belebte die sporadisch aufkeimende Diskussion um die Fortführung der sogenannten Zauberformel für die parteipolitische Zusammensetzung der Landesregierung. Unmittelbar nach den Nationalratswahlen verlangten Parteipräsident Maurer (ZH) und Nationalrat Blocher (svp, ZH) einen der beiden CVP-Sitze, da diese nun zur schwächsten Bundesratspartei geworden sei. Diese Forderung wurde von der SVP übernommen; die von der Partei reklamierte Aussprache über eine neue Regierungszusammensetzung stiess aber bei den anderen Bundesratsparteien auf kein Interesse. Die FDP zeigte keine Lust, einen der beiden im Frühjahr frisch gewählten CVP-Vertreter bereits wieder abzuwählen, und auch die SP konnte kein Interesse an der Schwächung der politischen Mitte zugunsten der SVP haben. In der Folge änderte deshalb die SVP ihre Stossrichtung und verlangte einen der beiden SP-Sitze. Mit dieser Forderung konnte sie zwar bei einigen Freisinnigen auf Unterstützung hoffen, provozierte aber auch eine Gegenreaktion bei der SP, welche erklärte, dass bei einer Abwahl eines ihrer beiden Regierungsmitglieder auch das andere zurücktreten würde. Die FDP gestand zwar zu, dass eine rein bürgerliche Regierung nicht ohne Reiz wäre, gab aber zu bedenken, dass die bestehenden Volksrechte die Regierungspolitik lähmen könnten und zudem der SP ihre Oppositionsrolle zu einfach machen würden. Ende November nominierte die SVP-Fraktion ihren Bisherigen Adolf Ogi sowie, als Herausforderer für die beiden Sozialdemokraten, Christoph Blocher. Die CVP-Fraktion sprach sich einstimmig und die FDP-Fraktion bei einigen Gegenstimmen für die Bestätigung der Bisherigen und damit gegen die Wahl von Blocher aus.