Die SVP trat an den Bundesratsersatzwahlen im Herbst des Berichtjahres für beide durch die Rücktritte von Moritz Leuenberger (sp) und Hans-Rudolf Merz (fdp) frei gewordenen Bundesratssitze mit einer Kampfkandidatur an. Allerdings gestaltete sich die Kandidatensuche schwierig. Weder Caspar Baader (BL), noch Peter Spuhler (TG) oder Ulrich Giezendanner (AG) stellten sich zur Verfügung. Schliesslich trat Jean-François Rime (FR) an, der bereits für den frei gewordenen Sitz von Pascal Couchepin 2009 als Kampfkandidat zur Verfügung gestanden hatte. Dank der geschlossenen Unterstützung seiner Fraktion wurde Rime in beiden Ersatzwahlen jeweils erst im letzten Wahlgang geschlagen.

Die SP griff im Wahlkampf einen der zwei FDP-Bundesratssitze an. SP-Präsident Fehr äusserte sich im Juli, die Abwahl von Bundesrat Couchepin oder Bundesrat Merz sei für ihn kein Tabu. Die SP könnte eventuell einen CVP-Kandidaten unterstützen.

Bei den eidgenössischen Wahlen musste die FDP die grössten Verluste aller Parteien hinnehmen: Sie verlor insgesamt 11 Parlamentsmandate, davon 4 Ständeratssitze. In der Folge kam es – auch im Hinblick auf die Bundesratswahlen (die Nachfolge für Kaspar Villiger und die ultimative Forderung der SVP, ihr einen zweiten Sitz zuzugestehen, der mit Christoph Blocher zu besetzen sei) zu Diskussionen über die Ausrichtung der Partei: Als neugewählte FDP-Parlamentarier sich aktiv für das Referendum der SVP gegen die Mutterschaftsversicherung engagierten und sich damit von einer Vorlage, die unter der Ägide der FDP zustande gekommen war, distanzierten, verwarnten Fraktionsmehrheit und Parteispitze die Abtrünnigen, da extreme Abweichungen eine klare Positionierung der Partei beeinträchtigten. Im November stellten Rechtsbürgerliche den politischen Kurs der Parteileitung in Frage und verlangten eine Standortbestimmung, während Mitglieder der Parteileitung Überlegungen dahingehend anstellten, ob die FDP vorübergehend auf einen ihrer beiden Sitze in der Regierung verzichten oder gar den Gang in die Opposition erwägen solle. Schliesslich beschlossen die Freisinnigen, am Anspruch auf zwei Regierungssitze festzuhalten und nominierten Christine Beerli (BE) und Hans-Rudolf Merz (AR) als Kandidaten für die Nachfolge von Bundesrat Kaspar Villiger. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Hans-Rudolf Merz in die Regierung.

Während sich die Wirtschaft über das Wahlergebnis freute, reagierte die Linke, und dabei insbesondere ihre weiblichen Vertreterinnen mit Empörung. Nicht nur zog der von ihnen kategorisch als nicht wählbar erklärte Blocher in die Landesregierung ein, sondern durch den Sieg von Merz über die von der Linken unterstützte Beerli wurde die Vertretung der wirtschaftsnahen Rechten im Bundesrat noch zusätzlich verstärkt. Dazu kam, dass mit der Nichtwiederwahl Metzlers und der Niederlage von Beerli die Frauenvertretung in der Regierung auf Calmy-Rey zusammenschrumpfte. Daran waren allerdings die SP-Parlamentarierinnen nicht ganz unschuldig, hatten sie doch nach eigener Aussage bei der Besetzung des CVP-Sitzes für den ihnen politisch näher stehenden Deiss und nicht für Metzler gestimmt. Unzufrieden mit dem Wahlausgang waren aber auch die Frauen der CVP und der FDP. Am Abend nach der Wahl fand in Bern eine erste Protestdemonstration statt, welche am folgenden Samstag in grösserem Rahmen mit rund 12'000 Teilnehmenden wiederholt wurde.